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万見
- PDB-6wya: RTX (Reverse Transcription Xenopolymerase) in complex with a DNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wya
タイトルRTX (Reverse Transcription Xenopolymerase) in complex with a DNA duplex and dAMPNPP
要素
  • DNA polymerase
  • DNA strand 1
  • DNA strand 2
キーワードTRANSFERASE/DNA / Reverse transcription / proofreading / 3' to 5' exonuclease / Thumb / RTX / KOD / Reverse Tanscription Xenopolymerase / REPLICATION / RNA / DNA / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family ...: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-DZ4 / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Choi, W.S. / He, P. / Pothukuchy, A. / Gollihar, J. / Ellington, A.D. / Yang, W.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: How a B family DNA polymerase has been evolved to copy RNA.
著者: Choi, W.S. / He, P. / Pothukuchy, A. / Gollihar, J. / Ellington, A.D. / Yang, W.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Synthetic evolutionary origin of a proofreading reverse transcriptase.
著者: Ellefson, J.W. / Gollihar, J. / Shroff, R. / Shivram, H. / Iyer, V.R. / Ellington, A.D.
履歴
登録2020年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
B: DNA strand 1
C: DNA strand 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,13013
ポリマ－103,2133
非ポリマー91710
水4,738263
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area38990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.960, 96.360, 112.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 90023.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWU9, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA strand 1


分子量: 7033.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
#3: DNA鎖 DNA strand 2


分子量: 6155.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)

-
非ポリマー , 6種, 273分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DZ4 / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine


分子量: 490.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O11P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium acetate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月18日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→50 Å / Num. obs: 39853 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 50.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.02
反射 シェル解像度: 2.41→2.47 Å / 冗長度: 10.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 2913 / CC1/2: 0.714 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4K8Z

4k8z


解像度: 2.41→42.78 Å / SU ML: 0.2733 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4691
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1002 2.52 %
Rwork0.1659 38819 -
obs0.1672 39821 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→42.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6207 855 55 263 7380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00877422
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01110209
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05781101
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061156
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.78122918
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.540.29691450.25655449X-RAY DIFFRACTION99.95
2.54-2.70.27291380.23845487X-RAY DIFFRACTION99.95
2.7-2.90.30851430.22125491X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.20.25671400.20185499X-RAY DIFFRACTION99.98
3.2-3.660.25321430.17475535X-RAY DIFFRACTION99.96
3.66-4.610.19311410.13275587X-RAY DIFFRACTION100
4.61-42.780.16311520.13735771X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.621894412040.875167012484-0.2193917416583.859409554322.80082192016.76970211324-0.0490638898790.0953185539169-0.3575965836610.295257660414-0.1893144303430.2844442119350.655877013244-1.101333190610.2156097853520.332194494873-0.0542233585990.05558982810690.55669166624-0.001716891272590.380391976938-123.436163096188.83710096745.6728778285
24.519639369690.6715776752292.735161199011.387385214291.047797429025.56194522646-0.0322107065524-0.6746126835890.4572616978380.122418367077-0.0372902616926-0.178899286781-0.6512876271080.2003853496090.1191057594520.472659567649-0.1016327912990.1036364225840.545989109069-0.06352878037380.370206398179-98.8455111077206.41577659763.3224861825
33.87464114838-0.01549420348470.4121699134861.68689633113-0.07486070876523.505343955240.133571994701-0.5279460864090.1641944897110.077647147109-0.106091613231-0.304266827821-0.3804923571120.516174399512-0.003881322759070.444516368904-0.1213462324050.02771410702930.469806047774-0.09641443944530.363147319458-92.4323889643204.65289003458.9771339368
42.716122761780.66271251806-1.878393944580.947890928615-0.7830448398042.783361690450.1885869697070.1346551985190.02273595518170.0618378608125-0.0884224817483-0.0406561768752-0.145914272014-0.157360188955-0.05565742956140.2961611761330.0287315170227-0.01813516612190.2879662075450.0128437102980.245687684401-98.4339514717198.12832930624.2873857529
52.15361321832-0.6141937020851.249473352471.32036174087-1.49425167084.74905466444-0.0333009514704-0.1892656919760.07651593024470.115857203931-0.0690825492599-0.206251296791-0.160656415790.2232141526160.1438382704620.340039522193-0.00608100729369-0.01396018654560.289401030407-0.05123011023480.401908096225-71.1436730588198.70108087137.2207580932
69.33887528455-1.87906162141-7.05940916851.161812941651.572770283725.43544418432-0.823751532557-1.52240911825-0.792573496070.914847410446-0.0480081647216-0.4422604254110.5434741098611.549069088630.981893370040.76324463959-0.125802963985-0.01082273608260.5625660852330.0352141010760.600767603386-93.7811480591189.15950277136.2375342312
70.57907798660.823905081259-0.07522707096275.04527775577-2.259752742988.681948175220.2137418446110.319813849995-1.287055326260.601692838702-0.574435335322-0.2948477302040.5883319352650.899228158620.2300341094830.6399445532220.0867616464584-0.02478555075440.5116739538590.06530441822160.993354888263-73.6610057007181.26229433936.125016668
87.80006984557-3.76280938814.951936447543.69246854838-4.799690799116.461497501880.9998915654161.15355274184-1.421799059610.37471425128-0.5878504705140.1429946174450.5964141416732.22728547029-0.2598259155141.412096116330.431831881316-0.3513176321181.126945791640.04992187685781.44763051688-55.8173005399161.07260452545.9279355908
99.1247286845-6.538084191737.130844438514.85861749453-5.541739241426.93860038882-0.0484986110216-0.112841450307-0.5250410778710.6179280679060.5062911208011.31729217145-0.3733277375150.139993788115-0.4291825171641.511580089380.413838112401-0.07648736229791.078711313970.2661940191161.35892725882-58.5351392417162.27721985846.6373615051
109.239835431872.214873939020.8937106400146.61653688523-2.525375316444.255034622450.380597744350.451267352351-1.02283411072-0.53033369679-0.7592201565380.1856183392690.7459830870420.6233629940020.3961867205160.5151439706130.0712437093943-0.00588889871840.553947911316-0.01909223130470.449675147347-78.5662797782185.41152641735.0846992435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 110 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 214 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 215 through 337 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 338 through 552 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 553 through 756 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 5 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 6 through 15 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 16 through 22 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 10 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 11 through 20 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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