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- PDB-6wy0: CRYSTAL STRUCTURE OF MYELOPEROXIDASE SUBFORM C (MPO) COMPLEX WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wy0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MYELOPEROXIDASE SUBFORM C (MPO) COMPLEX WITH Compound-40 A.K.A 7-[(1R)-1-phenyl-3-{[(1r,4r)-4-phenylcyclohexyl]amino}propyl]-3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-5-amine
要素(Myeloperoxidase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / MYELOPEROXIDASE / MPO / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / azurophil granule / response to food ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / azurophil granule / response to food / response to mechanical stimulus / defense response to fungus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / Neutrophil degranulation / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Chem-UFA / Myeloperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.799 Å
データ登録者Khan, J.A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery and structure activity relationships of 7-benzyl triazolopyridines as stable, selective, and reversible inhibitors of myeloperoxidase.
著者: Shaw, S.A. / Vokits, B.P. / Dilger, A.K. / Viet, A. / Clark, C.G. / Abell, L.M. / Locke, G.A. / Duke, G. / Kopcho, L.M. / Dongre, A. / Gao, J. / Krishnakumar, A. / Jusuf, S. / Khan, J. / ...著者: Shaw, S.A. / Vokits, B.P. / Dilger, A.K. / Viet, A. / Clark, C.G. / Abell, L.M. / Locke, G.A. / Duke, G. / Kopcho, L.M. / Dongre, A. / Gao, J. / Krishnakumar, A. / Jusuf, S. / Khan, J. / Spronk, S.A. / Basso, M.D. / Zhao, L. / Cantor, G.H. / Onorato, J.M. / Wexler, R.R. / Duclos, F. / Kick, E.K.
履歴
登録2020年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myeloperoxidase light chain
B: Myeloperoxidase heavy chain
D: Myeloperoxidase light chain
E: Myeloperoxidase heavy chain
F: Myeloperoxidase light chain
G: Myeloperoxidase heavy chain
H: Myeloperoxidase light chain
I: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,21140
ポリマ－261,1838
非ポリマー11,02832
水2,684149
1
A: Myeloperoxidase light chain
B: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,95110
ポリマ－65,2962
非ポリマー2,6558
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14610 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
2
D: Myeloperoxidase light chain
E: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,19011
ポリマ－65,2962
非ポリマー2,8949
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14870 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area22150 Å2
手法PISA
3
F: Myeloperoxidase light chain
G: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,15410
ポリマ－65,2962
非ポリマー2,8598
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14810 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area22070 Å2
手法PISA
4
H: Myeloperoxidase light chain
I: Myeloperoxidase heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9169
ポリマ－65,2962
非ポリマー2,6207
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14400 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.348, 151.402, 229.728
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
Myeloperoxidase ... , 2種, 8分子 ADFHBEGI

#1: タンパク質
Myeloperoxidase light chain / MPO


分子量: 11974.420 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164, myeloperoxidase
#2: タンパク質
Myeloperoxidase heavy chain / MPO


分子量: 53321.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05164, myeloperoxidase

-
糖 , 3種, 12分子

#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 169分子

#5: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物
ChemComp-UFA / 7-{(1R)-1-phenyl-3-[(trans-4-phenylcyclohexyl)amino]propyl}-3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-5-amine


分子量: 426.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 150mM NaCl, 20-25%(V/V)PEG3350.Crystals were cryoprotected by supplementing the mother liquor with 15% (v/v) ethylene glycol and harvested by flash-cooling in liquid nitrogen
PH範囲: 7.5?

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.799→47.69 Å / Num. obs: 62583 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.799→2.82 Å / Num. unique obs: 1251 / CC1/2: 0.01

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (17-DEC-2019)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5QJ2

5qj2


解像度: 2.799→47.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.321
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2162 3170 5.07 %RANDOM
Rwork0.1846 ---
obs0.1862 62543 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 108.9 Å2 / Biso mean: 55.74 Å2 / Biso min: 9.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.37 Å20 Å20 Å2
2---8.2949 Å20 Å2
3---3.9249 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.799→47.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17864 0 731 149 18744
Biso mean--56.01 42.18 -
残基数----2272
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6554SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3343HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19112HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2533SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15165SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d19112HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg26111HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.84
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 60 4.8 %
Rwork0.2294 1191 -
all0.2299 1251 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27980.2160.82191.97610.29332.2708-0.0562-0.1322-0.06540.0268-0.19710.20540.0488-0.46030.2533-0.1686-0.04620.1451-0.0853-0.1336-0.055140.80421.847822.8388
21.23390.21410.3041.23840.35261.9180.0448-0.1459-0.32680.121-0.19630.28940.3556-0.550.1515-0.1924-0.16120.1569-0.1084-0.1157-0.0259135.1512.992525.4094
30.2013-0.51440.03370.5223-0.1730-0.08010.19920.0671-0.03060.02220.0669-0.0762-0.13760.05790.07020.02530.0126-0.07860.0452-0.0153126.56958.451829.2063
41.71510.43810.19761.95570.89212.1447-0.0326-0.0646-0.05280.02810.0624-0.0226-0.2257-0.0608-0.0298-0.0602-0.05970.0663-0.1844-0.0218-0.1421164.65939.932739.3637
51.09730.20750.05671.29430.80111.8399-0.10170.08380.0806-0.19450.1874-0.2022-0.45580.3253-0.0857-0.0348-0.1470.061-0.1454-0.0413-0.1318173.09146.091335.9106
61.16390.23380.8151.48160.02841.46690.06010.0748-0.012-0.0809-0.03230.1606-0.02160.0456-0.0278-0.11170.0626-0.0632-0.0476-0.0206-0.1145105.40956.027318.3
71.00310.13870.31131.0426-0.06141.1840.10740.0745-0.1952-0.0409-0.04580.23360.2044-0.1517-0.0616-0.0863-0.0144-0.0883-0.1028-0.0468-0.055298.643447.968321.7064
81.694-0.2928-0.37561.75350.0942.2427-0.05360.13030.11770.0643-0.062-0.1538-0.10210.03420.1156-0.1191-0.0149-0.1066-0.15950.0785-0.0744124.42878.719835.544
91.3195-0.09410.04781.02710.19391.1958-0.06310.19640.3050.00820.0073-0.299-0.27970.27460.0558-0.1302-0.0793-0.1123-0.10560.1005-0.0204133.76283.788233.253
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B114 - 577
3X-RAY DIFFRACTION3{ Q|* }Q1 - 4
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E113 - 577
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F1 - 104
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G114 - 577
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H1 - 103
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }I113 - 577

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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