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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wxh | ||||||||||||
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タイトル | Colicin E1 fragment in nanodisc-embedded TolC | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic efflux / bacteriocin / TRANSPORT PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of ion transmembrane transporter activity / MacAB-TolC complex / enterobactin transport / pore-forming activity / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport ...negative regulation of ion transmembrane transporter activity / MacAB-TolC complex / enterobactin transport / pore-forming activity / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / efflux transmembrane transporter activity / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / monoatomic ion channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / transmembrane transporter binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kaelber, J.T. / Budiardjo, S.J. / Firlar, E. / Case, D.A. / Ikujuni, A.P. / Slusky, J.S.G. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: Colicin E1 opens its hinge to plug TolC. 著者: S Jimmy Budiardjo / Jacqueline J Stevens / Anna L Calkins / Ayotunde P Ikujuni / Virangika K Wimalasena / Emre Firlar / David A Case / Julie S Biteen / Jason T Kaelber / Joanna S G Slusky / 要旨: The double membrane architecture of Gram-negative bacteria forms a barrier that is impermeable to most extracellular threats. Bacteriocin proteins evolved to exploit the accessible, surface-exposed ...The double membrane architecture of Gram-negative bacteria forms a barrier that is impermeable to most extracellular threats. Bacteriocin proteins evolved to exploit the accessible, surface-exposed proteins embedded in the outer membrane to deliver cytotoxic cargo. Colicin E1 is a bacteriocin produced by, and lethal to, that hijacks the outer membrane proteins (OMPs) TolC and BtuB to enter the cell. Here, we capture the colicin E1 translocation domain inside its membrane receptor, TolC, by high-resolution cryo-electron microscopy to obtain the first reported structure of a bacteriocin bound to TolC. Colicin E1 binds stably to TolC as an open hinge through the TolC pore-an architectural rearrangement from colicin E1's unbound conformation. This binding is stable in live cells as indicated by single-molecule fluorescence microscopy. Finally, colicin E1 fragments binding to TolC plug the channel, inhibiting its native efflux function as an antibiotic efflux pump, and heightening susceptibility to three antibiotic classes. In addition to demonstrating that these protein fragments are useful starting points for developing novel antibiotic potentiators, this method could be expanded to other colicins to inhibit other OMP functions. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wxh.cif.gz | 439.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wxh.ent.gz | 364.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wxh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wxh_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wxh_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6wxh_validation.xml.gz | 52.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wxh_validation.cif.gz | 78.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/6wxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/6wxh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53783.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 遺伝子: tolC, colE1-i, mtcB, mukA, refI, toc, weeA, b3035, JW5503 プラスミド: pTrc99a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02930 #2: タンパク質 | | 分子量: 21491.807 Da / 分子数: 1 / Fragment: colE1-T residues 1-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cea / プラスミド: pET303 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02978 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 205000 X / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2100 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 20 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 35.96 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 10644 / 詳細: 5 frames per second |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 0.92/v8 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Linux / タイプ: package | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 339779 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179834 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: Additional map (C3 refinement) is 2.81Angstrom resolution クラス平均像の数: 29 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: colE1 built ab initio TolC from 1TQQ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1TQQ Accession code: 1TQQ / Source name: PDB / タイプ: experimental model |