PDB-6wxa: Crystal structure of truncated Streptococcal bacteriophage hyalur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wxa

タイトル

Crystal structure of truncated Streptococcal bacteriophage hyaluronidase complexed with unsaturated hyaluronan hexa-saccharides

要素

Hyaluronan lyase

キーワード

LYASE / HylP / Hyaluronidase / S. pyogenes phage H4489A / Beta-elimination / unsaturated Hyaluronan hexa-saccharides

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / hyaluronoglucosaminidase / hyalurononglucosaminidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virion component
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes phage H4489A (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Deivanayagam, C. / Schormann, N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Streptococcal Bacteriophage Hyaluronidase: Presence of a Prokaryotic Collagen and Elucidation of Catalytic Mechanism
著者: Lee, J.H. / Schormann, N. / Rajashankar, K.R. / Deivanaygam, C.

履歴

登録	2020年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wxa.cif.gz	323.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wxa.ent.gz	266.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wxa_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wxa_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6wxa_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	6wxa_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/6wxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/6wxa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wv2SC 6wwxC 6x3mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wv2-d 6wwx-d 6ejp-d 3wp8-1 2yn5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hyaluronan lyase

B: Hyaluronan lyase

C: Hyaluronan lyase

ヘテロ分子

99.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.296, 86.492, 168.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	A	A	103 - 376	17 - 290
2	1	LYS	LYS	B	B	103 - 376	17 - 290
1	2	GLU	GLU	A	A	104 - 376	18 - 290
2	2	GLU	GLU	C	C	104 - 376	18 - 290
1	3	GLU	GLU	B	B	104 - 376	18 - 290
2	3	GLU	GLU	C	C	104 - 376	18 - 290

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Hyaluronan lyase / HylP / Hyaluronate Lyase 分子量: 31532.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes phage H4489A (ファージ) 遺伝子: HYLP1, HYLP / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15316, hyaluronate lyase

-
糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖

4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1137.950 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122A-1b_1-5][a21eEA-1a_1-5]/1-2-1-2-1-3/a3-b1_b4-c1_c3-d1_d4-e1_e3-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-4-deoxy-IdopA]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 979.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122A-1b_1-5]/1-2-1-2-1/a3-b1_b4-c1_c3-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 758.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122A-1b_1-5][a21eEA-1a_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-4-deoxy-GlcpA]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 139分子

#5: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% (v/v) 2-PROPANOL, 20% (w/v) PEG 4000, 0.1M HEPES PH 7.5; Addition of unsaturated Hyaluronan Hexa-saccharides prior to crystallization

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 44512 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 41.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1.573 / Net I/av σ(I): 29 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 4399 / Χ²: 1.345 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0189	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6WV2

6wv2

解像度: 2.3→44.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 16.233 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2426	2231	5 %	RANDOM
R_work	0.2098	-	-	-
obs	-	42152	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 140.4 Å² / B_iso mean: 52.3 Å² / B_iso min: 28.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.32 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.17 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→44.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6182	0	328	138	6648
B_iso mean	-	-	57.11	46.59	-
残基数	-	-	-	-	825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	6625
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	6168
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.605	1.95	8875
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.969	3	14473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.927	5	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.49	26.311	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.865	15	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.816	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1099

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12888	0.08
1	2	B	12888	0.08
2	1	A	12804	0.09
2	2	C	12804	0.09
3	1	B	12866	0.08
3	2	C	12866	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.38 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	236	-
R_work	0.338	4091	-
obs	-	-	98.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0707	-0.0214	0.2588	0.1373	0.0922	1.4666	0.012	-0.0464	0.0111	-0.0809	0.0171	-0.0369	0.0423	-0.0942	-0.0292	0.3625	0.0176	-0.0204	0.0477	-0.015	0.0166	29.2302	26.3607	57.085
2	0.0801	-0.0166	0.0967	0.1321	0.1455	1.4155	0.0014	-0.0615	0.0151	-0.0774	0.0023	-0.0151	0.0622	-0.0507	-0.0037	0.3761	0.0174	-0.0275	0.0495	-0.0116	0.0078	28.9137	26.0275	57.3395
3	0.0586	-0.0277	0.146	0.1184	0.0437	1.309	0.0141	-0.0579	0.0012	-0.0866	0.0323	-0.0152	0.022	-0.0557	-0.0465	0.364	0.0159	-0.0239	0.0681	-0.0081	0.007	29.4249	25.9934	57.8393

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	102 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	117 - 174
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	175 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	195 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	235 - 254
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	255 - 294
7	X-RAY DIFFRACTION	1	A	295 - 353
8	X-RAY DIFFRACTION	1	A	354 - 377
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	103 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	117 - 134
11	X-RAY DIFFRACTION	2	B	135 - 174
12	X-RAY DIFFRACTION	2	B	175 - 194
13	X-RAY DIFFRACTION	2	B	195 - 214
14	X-RAY DIFFRACTION	2	B	215 - 234
15	X-RAY DIFFRACTION	2	B	235 - 274
16	X-RAY DIFFRACTION	2	B	275 - 294
17	X-RAY DIFFRACTION	2	B	295 - 327
18	X-RAY DIFFRACTION	2	B	328 - 353
19	X-RAY DIFFRACTION	2	B	354 - 377
20	X-RAY DIFFRACTION	3	C	104 - 175
21	X-RAY DIFFRACTION	3	C	176 - 235
22	X-RAY DIFFRACTION	3	C	236 - 353
23	X-RAY DIFFRACTION	3	C	354 - 377

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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