[日本語] English
万見
- PDB-6ww6: Crystal structure of EutV bound to RNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ww6
タイトルCrystal structure of EutV bound to RNA
要素
  • Response regulator
  • eutP P2
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA binding / ANTAR domain / antitermination / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Signal transduction response regulator, antiterminator / ANTAR domain / ANTAR domain / ANTAR domain profile. / ANTAR / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / : / RNA / RNA (> 10) / Response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Ataide, S.F. / Walshe, J.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of the ANTAR antiterminator domain bound to RNA.
著者: Walshe, J.L. / Siddiquee, R. / Patel, K. / Ataide, S.F.
履歴
登録2020年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Response regulator
B: Response regulator
E: eutP P2
F: eutP P2
D: eutP P2
C: eutP P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2208
ポリマ－113,0886
非ポリマー1322
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)258.483, 258.483, 258.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Space group name HallI4bd2c3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/4,-z+1/4,y+3/4
#3: x+1/4,z+3/4,-y+3/4
#4: z+1/4,y+3/4,-x+3/4
#5: -z+1/4,y+3/4,x+1/4
#6: -y+1/4,x+3/4,z+1/4
#7: y+1/4,-x+1/4,z+3/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y,-z+1/2,x
#11: z,-x,-y+1/2
#12: -y+1/2,z,-x
#13: -z,-x+1/2,y
#14: -z+1/2,x,-y
#15: y,-z,-x+1/2
#16: x,-y,-z+1/2
#17: -x+1/2,y,-z
#18: -x,-y+1/2,z
#19: y+1/4,x+3/4,-z+3/4
#20: -y+1/4,-x+1/4,-z+1/4
#21: z+1/4,-y+1/4,x+3/4
#22: -z+1/4,-y+1/4,-x+1/4
#23: -x+1/4,z+3/4,y+1/4
#24: -x+1/4,-z+1/4,-y+1/4
#25: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#26: x+3/4,-z+3/4,y+5/4
#27: x+3/4,z+5/4,-y+5/4
#28: z+3/4,y+5/4,-x+5/4
#29: -z+3/4,y+5/4,x+3/4
#30: -y+3/4,x+5/4,z+3/4
#31: y+3/4,-x+3/4,z+5/4
#32: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#33: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#34: -y+1/2,-z+1,x+1/2
#35: z+1/2,-x+1/2,-y+1
#36: -y+1,z+1/2,-x+1/2
#37: -z+1/2,-x+1,y+1/2
#38: -z+1,x+1/2,-y+1/2
#39: y+1/2,-z+1/2,-x+1
#40: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#41: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#42: -x+1/2,-y+1,z+1/2
#43: y+3/4,x+5/4,-z+5/4
#44: -y+3/4,-x+3/4,-z+3/4
#45: z+3/4,-y+3/4,x+5/4
#46: -z+3/4,-y+3/4,-x+3/4
#47: -x+3/4,z+5/4,y+3/4
#48: -x+3/4,-z+3/4,-y+3/4

-
要素

#1: タンパク質 Response regulator


分子量: 21529.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Dimeric EutV bound simultaneously to two seperate dual hexaloops RNA molecules. Each EutV chain binds a single hexaloop from different RNA molecules with the 2nd hexaloop binding to the ...詳細: Dimeric EutV bound simultaneously to two seperate dual hexaloops RNA molecules. Each EutV chain binds a single hexaloop from different RNA molecules with the 2nd hexaloop binding to the symmetry related EutV chain in a neighbouring ASUs
由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
遺伝子: BZG32_08120, CUN08_06285, DVW78_01210, FKY84_00940, KUB3007_C13700
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q1FU69
#2: RNA鎖
eutP P2


分子量: 17507.568 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 発現宿主: Cloning vector pUC19 (その他) / 参照: GenBank: 295112306
#3: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Sodium chloride 0.1 M HEPES 1.4-1.8 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→47.19 Å / Num. obs: 14773 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 129.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3.8→4.25 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4093 / CC1/2: 0.733 / Rpim(I) all: 0.489 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3758精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WSH

6wsh


解像度: 3.8→47.19 Å / SU ML: 0.4632 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9921
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 729 4.94 %
Rwork0.2331 14020 -
obs0.2336 14749 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 158.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→47.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2989 1484 8 0 4481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00634678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95766631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0488831
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.32662016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-4.090.34841460.32152698X-RAY DIFFRACTION98.41
4.09-4.50.30511470.24962778X-RAY DIFFRACTION99.97
4.5-5.150.26071590.24132778X-RAY DIFFRACTION99.97
5.16-6.490.28661190.27292837X-RAY DIFFRACTION99.63
6.49-47.190.1831580.18932929X-RAY DIFFRACTION98.63

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る