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- PDB-6wvg: human CD53 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wvg
タイトルhuman CD53
要素Green fluorescent protein, Leukocyte surface antigen CD53 chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CD53 / tetraspanin-25
機能・相同性
機能・相同性情報


neutrophil degranulation / positive regulation of myoblast fusion / plasma membrane => GO:0005886 / tertiary granule membrane / immunological synapse / specific granule membrane / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / cell-cell junction / Neutrophil degranulation ...neutrophil degranulation / positive regulation of myoblast fusion / plasma membrane => GO:0005886 / tertiary granule membrane / immunological synapse / specific granule membrane / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / cell-cell junction / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Leukocyte surface antigen CD53 / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yang, Y. / Liu, S. / Li, W.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL121718 米国
Other privateForefront of Science Award 米国
Other privateMCII 2020-854 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R21 EY028705 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM131008 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124165 米国
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: Open conformation of tetraspanins shapes interaction partner networks on cell membranes.
著者: Yang, Y. / Liu, X.R. / Greenberg, Z.J. / Zhou, F. / He, P. / Fan, L. / Liu, S. / Shen, G. / Egawa, T. / Gross, M.L. / Schuettpelz, L.G. / Li, W.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Termini restraining of small membrane proteins enables structure determination at atomic resolution
著者: Liu, S. / Li, S. / Yang, Y. / Li, W.
履歴
登録2020年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein, Leukocyte surface antigen CD53 chimera
B: Green fluorescent protein, Leukocyte surface antigen CD53 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1659
ポリマ－102,9402
非ポリマー2,2257
水32418
1
A: Green fluorescent protein, Leukocyte surface antigen CD53 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1186
ポリマ－51,4701
非ポリマー1,6475
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green fluorescent protein, Leukocyte surface antigen CD53 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0483
ポリマ－51,4701
非ポリマー5782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.310, 209.770, 73.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 151 through 356)
21(chain B and resid 151 through 356)
12(chain A and resid 151 through 354)
22(chain B and resid 151 through 354)
13(chain A and (resid 2 through 142 or resid 366 through 449))
23(chain B and (resid 2 through 142 or resid 366 through 449))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSLYSLYS(chain A and resid 151 through 356)AA151 - 356149 - 354
211LYSLYSLYSLYS(chain B and resid 151 through 356)BB151 - 356149 - 354
112LYSLYSILEILE(chain A and resid 151 through 354)AA151 - 354149 - 352
212LYSLYSILEILE(chain B and resid 151 through 354)BB151 - 354149 - 352
113SERSERGLUGLU(chain A and (resid 2 through 142 or resid 366 through 449))AA2 - 1422 - 140
123SERSERTHRTHR(chain A and (resid 2 through 142 or resid 366 through 449))AA366 - 449364 - 447
213SERSERGLUGLU(chain B and (resid 2 through 142 or resid 366 through 449))BB2 - 1422 - 140
223SERSERTHRTHR(chain B and (resid 2 through 142 or resid 366 through 449))BB366 - 449364 - 447

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein, Leukocyte surface antigen CD53 chimera / Cell surface glycoprotein CD53 / Tetraspanin-25 / Tspan-25


分子量: 51470.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: GFP, CD53, MOX44, TSPAN25 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: P19397
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 / 詳細: 30% PEG 400, 0.1 M KH2PO4, 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 30225 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 64.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.158 / Χ2: 1.101 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 84126
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-2.952.80.73815480.7220.5280.9121.03997.2
2.95-32.80.6515700.7840.4590.7990.99897.8
3-3.062.80.61415640.8070.4270.750.99297
3.06-3.122.80.48515730.9070.3390.5941.07896.7
3.12-3.192.80.49315580.8360.3460.6051.05597.2
3.19-3.272.70.38315800.9120.2690.4711.10797.3
3.27-3.352.60.36515250.8830.2630.4521.1694.6
3.35-3.442.50.2714490.9220.2040.341.13190.6
3.44-3.542.70.27415420.9150.1970.3391.21193.7
3.54-3.652.90.23115690.9480.160.2821.22597.2
3.65-3.7830.19315750.9690.130.2341.14397.9
3.78-3.942.90.16715650.9670.1150.2041.17797.5
3.94-4.112.90.14515750.9810.10.1771.16296.4
4.11-4.332.80.10515480.9870.0720.1281.16896.3
4.33-4.62.10.0978280.9840.0740.1221.15651.1
4.6-4.962.60.06815160.9930.0480.0841.05792.4
4.96-5.462.70.06515010.9940.0470.081.04193.3
5.46-6.243.10.07815900.9910.0530.0951.01496.5
6.24-7.8630.05615410.9950.0380.0671.03195.7
7.86-502.80.02715080.9980.0190.0331.12890.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B3P

2b3p


解像度: 2.9→35.61 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 1232 5.07 %
Rwork0.2157 23069 -
obs0.2183 24301 75.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.79 Å2 / Biso mean: 62.9899 Å2 / Biso min: 24.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→35.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6948 0 107 18 7073
Biso mean--67.73 54.4 -
残基数----885
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1235X-RAY DIFFRACTION4.563TORSIONAL
12B1235X-RAY DIFFRACTION4.563TORSIONAL
21A1223X-RAY DIFFRACTION4.563TORSIONAL
22B1223X-RAY DIFFRACTION4.563TORSIONAL
31A1335X-RAY DIFFRACTION4.563TORSIONAL
32B1335X-RAY DIFFRACTION4.563TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-3.020.3208210.309139341412
3.02-3.150.3309640.28041276134037
3.15-3.320.34911470.27882661280877
3.32-3.530.3431740.26513135330992
3.53-3.80.30011890.23413302349198
3.8-4.180.27861880.2083261344997
4.18-4.790.26521240.19582589271375
4.79-6.020.22481550.18983232338794
6.02-35.610.21561700.19783220339093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04950.38720.19544.1951-0.08082.5253-0.0657-0.04840.0110.27440.0998-0.17420.05910.0168-0.03260.15970.01930.02250.21640.00840.22046.3233.01577.262
22.18962.43550.99152.96610.5321.9649-0.3616-0.2867-0.2604-0.299-0.1055-0.2036-0.23630.08440.32240.3127-0.00580.03490.35460.12530.42849.59924.02278.161
30.75150.01490.08254.9459-0.34631.1638-0.06010.06670.0654-0.09280.20870.4828-0.1561-0.2691-0.04440.13510.02270.00070.26990.05890.33820.32356.0977.276
40.8694-0.4406-0.03244.5814-0.18170.24940.13660.08250.2745-0.3867-0.0328-0.4279-0.24450.0765-0.07950.30340.0220.06710.33050.02810.285828.61676.06278.498
53.01230.11730.82157.2443-0.46912.0419-0.1457-0.15990.12730.5525-0.1621-0.8047-0.3409-0.16550.25730.39180.0539-0.0740.2329-0.06550.325316.08112.32783.556
60.25910.10420.04813.8756-1.94061.03540.1557-0.62220.30830.8415-0.10770.8146-0.03240.1057-0.01920.52590.0195-0.15140.3766-0.04250.334210.5191.23388.402
72.4069-0.4736-0.91332.9987-0.01962.15660.0170.0880.21940.2477-0.0022-0.9235-0.37020.35850.04870.2026-0.03860.02330.3387-0.02960.483814.5877.78271.535
82.2402-0.22470.57014.55030.14191.6857-0.0413-0.16540.0189-0.37640.03180.3359-0.0261-0.34350.03360.32540.0366-0.00250.3535-0.0280.216121.094101.715109.859
90.8302-0.64960.54693.18921.6372.78840.16570.0718-0.42960.49560.4720.24260.9437-0.8415-0.61780.7632-0.0378-0.16390.47140.12060.601521.87180.669107.117
101.0083-0.51750.24613.0282-0.85680.85370.04370.1088-0.27920.2713-0.07310.5338-0.14650.0290.02570.43770.0724-0.06020.3478-0.06720.273230.21848.65798.275
110.96090.56670.24033.1547-0.86180.76270.05340.07720.0020.17670.0658-0.20410.16860.0919-0.07190.2706-0.0040.00770.28490.00010.293535.12628.93490.84
121.7689-1.2604-0.34485.64840.0140.6189-0.0119-0.0843-0.2405-0.63760.004-0.15320.0602-0.2565-0.1010.62790.1451-0.07750.4443-0.10520.499421.20992.41498.471
130.9229-0.70390.813.0351-1.13151.1676-0.16970.0913-0.0862-1.21870.13231.1631-0.0584-0.5550.09160.54170.1105-0.10990.6074-0.09680.314814.721103.35499.771
142.8701-0.30430.28373.3952-1.15484.19080.0507-0.0788-0.127-0.70640.1431-0.4104-0.10720.2314-0.110.32270.04830.02870.4127-0.08450.406830.61696.534106.977
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:128 )A2 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 129:151 )A129 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 152:249 )A152 - 249
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 250:352 )A250 - 352
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 353:394 )A353 - 394
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 395:417 )A395 - 417
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 418:451 )A418 - 451
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 2:128 )B2 - 128
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 129:151 )B129 - 151
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 152:249 )B152 - 249
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 250:352 )B250 - 352
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 353:394 )B353 - 394
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 395:417 )B395 - 417
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 418:450 )B418 - 450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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