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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wvb | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Takifugu rubripes VKOR-like with warfarin | |||||||||||||||||||||
要素 | Vitamin K epoxide reductase-like protein, termini restrained by green fluorescent protein | |||||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Vitamin K epoxide Reductase / VKOR / VKOR-like protein / VKORL | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive) / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive) activity / vitamin K metabolic process / quinone binding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia virus RB43 (ウイルス) Takifugu rubripes (トラフグ) Aequorea victoria (オワンクラゲ) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.872 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Liu, S. / Sukumar, N. / Li, W. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Structural basis of antagonizing the vitamin K catalytic cycle for anticoagulation. 著者: Liu, S. / Li, S. / Shen, G. / Sukumar, N. / Krezel, A.M. / Li, W. #1: ジャーナル: To Be Published タイトル: Termini restraining of small membrane proteins enables structure determination at atomic resolution 著者: Liu, S. / Li, S. / Yang, Y. / Li, W. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wvb.cif.gz | 179.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wvb.ent.gz | 140.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wvb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wvb_validation.pdf.gz | 785.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wvb_full_validation.pdf.gz | 790.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6wvb_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wvb_validation.cif.gz | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/6wvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/6wvb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46782.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia virus RB43 (ウイルス), (組換発現) Takifugu rubripes (トラフグ), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: Vkorc1l1, gfp / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) 参照: UniProt: K0NYR4, UniProt: Q6TEK8, UniProt: A0A059PIQ0, UniProt: P42212*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-SWF / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5 / 詳細: 23% PEG400, 0.1 M Sodium nitrate, 0.1 M MES pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月27日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.872→50 Å / Num. obs: 10896 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 58.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 1.217 / Net I/σ(I): 6.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2B3P 解像度: 2.872→40.513 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 142.88 Å2 / Biso mean: 59.972 Å2 / Biso min: 31.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.872→40.513 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 75.8144 Å / Origin y: 22.8179 Å / Origin z: 182.6501 Å
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精密化 TLSグループ |
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