PDB-6wv2: Crystal Structure of Streptococcal Bacteriophage Hyaluronidase: P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wv2

タイトル

Crystal Structure of Streptococcal Bacteriophage Hyaluronidase: Presence of a Prokaryotic Collagen and Elucidation of Catalytic Mechanism

要素

Hyaluronan Lyase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / HylP /

Hyaluronidase (ヒアルロニダーゼ) / S. pyogenes phage H4489A /

Beta-elimination (ベータ水素脱離)

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx /

ヒアルロニダーゼ / hyalurononglucosaminidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope /

virion component
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes phage H4489A (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Deivanayagam, C. / Schormann, N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Streptococcal Bacteriophage Hyaluronidase: Presence of a Prokaryotic Collagen and Elucidation of Catalytic Mechanism
著者: Lee, J.H. / Schormann, N. / Rajashankar, K.R. / Deivanaygam, C.

履歴

登録	2020年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wv2.cif.gz	317.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wv2.ent.gz	259.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/6wv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/6wv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wwxC 6wxaC 6x3mC 2c3fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wwx-d 6wxa-d 6ejp-d 2wb3-1 2yn3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hyaluronan Lyase

B: Hyaluronan Lyase

C: Hyaluronan Lyase

ヘテロ分子

94.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.451, 86.789, 168.152
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 107 through 377)
2	1	chain B
3	1	chain C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 107 - 377 / Label seq-ID: 21 - 291

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	(chain A and resid 107 through 377)	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C

#1: タンパク質	Hyaluronan Lyase / HylP / Hyaluronate Lyase 分子量: 31532.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes phage H4489A (ファージ) 遺伝子: HYLP1, HYLP / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15316, hyaluronate lyase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% (V/V) 2-PROPANOL AND 20% (W/V) PEG 4000 IN 0.1 M HEPES, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 50393 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 31.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Χ²: 1.337 / Net I/av σ(I): 26.9 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 4986 / Χ²: 1.35 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2C3F

2c3f

解像度: 2.21→38.609 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2368	2383	4.77 %
R_work	0.2127	47657	-
obs	-	50040	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 144.15 Å² / B_iso mean: 42.9976 Å² / B_iso min: 16.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.21→38.609 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6100	0	1	282	6383
B_iso mean	-	-	65.83	41.79	-
残基数	-	-	-	-	815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6181
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.997	8299
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	942
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.516	3817

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3806	X-RAY DIFFRACTION	13.761	TORSIONAL
1	2	B	3806	X-RAY DIFFRACTION	13.761	TORSIONAL
1	3	C	3806	X-RAY DIFFRACTION	13.761	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度: 2.21→2.289 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3134	209	-
R_work	0.2987	4729	-
obs	-	-	99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0065	-0.0014	0.1344	-0.0826	-0.0528	2.3035	0.06	0.2421	0.259	-0.1622	0.059	-0.1874	0.0773	0.1844	0.0052	0.7615	-0.0807	0.1032	0.6657	0.0469	0.4188	30.4141	17.968	-7.8196
2	0.2606	0.0603	0.044	0.3676	0.1354	1.4757	-0.0185	0.0778	-0.0016	-0.1041	0.0489	-0.0653	0.0007	0.001	0.0044	0.2748	0.0175	0.0005	0.2039	0.026	0.3824	29.2768	25.2298	43.1277
3	0.469	0.0241	0.2553	1.2042	0.3606	1.9855	0.0122	-0.1577	-0.0247	0.1276	-0.0422	0.0052	0.1097	-0.023	0.0069	0.1639	0.0198	-0.0274	0.1899	0.0425	0.3088	30.1968	25.0208	74.2821
4	0.0889	-0.124	0.6871	0.654	-0.2806	1.8471	-0.1351	-0.1502	0.0612	0.1831	0.1243	0.0553	-0.2577	-0.2119	0.0345	0.312	0.0853	-0.0285	0.5246	-0.0342	0.356	27.9115	36.0389	111.7553
5	0.397	-0.2162	-0.4454	0.0945	0.1294	1.6703	-0.0897	0.5086	0.3555	-0.1055	0.2993	0.417	0.172	-0.68	-0.0206	0.8437	-0.2092	-0.0814	0.9225	0.1349	0.3628	27.1928	20.4234	-6.3617
6	0.4785	0.0866	0.0252	0.4281	-0.0203	1.1038	-0.0202	0.0044	0.0465	-0.1263	0.04	-0.0224	0.05	0.0084	0.0098	0.2734	0.0156	-0.0099	0.1717	0.0092	0.3703	28.4894	24.392	43.235
7	1.2885	0.1163	-0.3234	0.6957	0.041	1.9952	-0.0338	-0.1834	0.0541	0.0518	0.012	-0.0798	-0.0645	0.0543	0.0198	0.1969	0.0261	-0.0251	0.2436	0.0168	0.3379	31.5148	30.2476	73.6272
8	-0.134	-0.6424	0.6753	1.0874	0.3221	1.6377	-0.1128	-0.251	0.0277	0.255	0.1373	0.0103	0.0262	-0.2958	0.0053	0.3105	0.045	-0.0477	0.6066	0.0069	0.3749	28.1671	29.0892	112.5703
9	0.0117	0.0661	0.0967	0.8487	0.8797	2.3011	0.4701	0.2061	-0.4935	0.1624	-0.1453	-0.1034	0.4425	0.2608	-0.0147	1.1602	0.1205	0.073	0.8749	-0.0036	0.7885	32.932	12.3468	-19.8512
10	0.0128	-0.0182	-0.1367	0.013	0.2179	2.1132	0.0298	0.3464	-0.0744	-0.698	0.2053	0.302	0.5253	-0.7312	-0.0159	1.0019	-0.0672	-0.0303	0.5765	-0.0231	0.3141	23.4896	18.2824	1.5604
11	0.9227	0.6542	0.4719	0.4685	0.1958	2.2117	-0.0636	0.1584	-0.0973	-0.4009	0.1324	-0.3556	-0.0672	0.2619	-0.0032	0.3734	0.0108	0.0344	0.2035	-0.0083	0.3593	33.984	24.2098	28.6359
12	0.8762	0.1281	0.3861	1.0708	0.1057	1.6086	0.0072	-0.0239	-0.0888	-0.1144	0.0371	0.0117	0.0776	-0.1772	-0.007	0.2327	0.0042	0.0016	0.1683	0.0256	0.3569	24.9481	23.7736	46.7212
13	0.5764	0.314	0.5775	1.3361	-0.1903	1.8365	-0.0567	-0.1254	0.1032	0.0278	0.0675	-0.0521	-0.004	-0.2752	0.0011	0.1286	0.0268	0.0183	0.206	0.0164	0.2959	24.8336	29.3809	65.0438
14	0.817	-0.7941	-0.3394	1.3998	0.0382	1.5734	-0.0603	-0.2147	-0.1307	-0.0531	0.2326	-0.0363	0.4392	-0.2366	0.028	0.3257	-0.0207	-0.0329	0.2102	0.0766	0.3738	26.7532	11.9025	71.6399
15	0.6541	0.1808	-0.1886	0.682	0.6583	2.3407	0.017	-0.1376	-0.0721	0.0573	-0.0652	-0.0532	-0.3484	0.1672	-0.0105	0.2126	-0.0041	-0.0426	0.3506	0.0339	0.3606	32.6601	34.2928	86.7315
16	1.7183	-0.1637	0.3317	1.4737	0.0531	2.1382	-0.1174	0.2038	0.268	0.2527	0.0901	-0.1568	-0.6733	0.51	0.0004	0.3894	0.0982	-0.0435	0.5111	-0.009	0.4212	36.4002	32.7358	124.431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 105 through 135 )	A	105 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 136 through 255 )	A	136 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 256 through 327 )	A	256 - 327
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 328 through 377 )	A	328 - 377
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 107 through 135 )	B	107 - 135
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 136 through 255 )	B	136 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 256 through 327 )	B	256 - 327
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 328 through 377 )	B	328 - 377
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 107 through 116 )	C	107 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 117 through 135 )	C	117 - 135
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 136 through 175 )	C	136 - 175
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 176 through 235 )	C	176 - 235
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 236 through 275 )	C	236 - 275
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 276 through 295 )	C	276 - 295
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 296 through 353 )	C	296 - 353
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 354 through 377 )	C	354 - 377

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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