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- PDB-6wuw: Crystal structure of Human Serum Albumin complex with JMS-053 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wuw
タイトルCrystal structure of Human Serum Albumin complex with JMS-053
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Albumin / HSA / Drug transport / JMS-053 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / Chem-UAY / Unknown ligand / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Czub, M.P. / Cooper, D.R. / Shabalin, I.G. / Lazo, J.S. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2020
タイトル: Structure of the Complex of an Iminopyridinedione Protein Tyrosine Phosphatase 4A3 Phosphatase Inhibitor with Human Serum Albumin.
著者: Czub, M.P. / Boulton, A.M. / Rastelli, E.J. / Tasker, N.R. / Maskrey, T.S. / Blanco, I.K. / McQueeney, K.E. / Bushweller, J.H. / Minor, W. / Wipf, P. / Sharlow, E.R. / Lazo, J.S.
履歴
登録2020年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年8月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _cell.angle_alpha / _cell.angle_beta / _cell.angle_gamma / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Atomic clashes
詳細: The fatty acid present in drug site 3 has been replaced by a PEG molecule and renamed as an unknown ligand (UNL).
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,96822
ポリマ－133,1422
非ポリマー3,82520
水7,800433
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,44211
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,87110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,52611
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,95510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.443, 93.440, 94.908
Angle α, β, γ (deg.)74.630, 89.630, 80.440
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 584 / Label seq-ID: 3 - 584

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768

-
非ポリマー , 7種, 453分子

#2: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-UAY / 7-imino-2-phenylthieno[3,2-c]pyridine-4,6(5H,7H)-dione


分子量: 256.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H8N2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸


分子量: 144.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2
#6: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 311 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Prior to crystallization, protein was incubated with myristic acid (5 mM final concentration of fatty acid) for several hours at 37 oC. Then, 0.2 ul of 100 mg/ml protein in 25 mM Tris (pH 7.4) ...詳細: Prior to crystallization, protein was incubated with myristic acid (5 mM final concentration of fatty acid) for several hours at 37 oC. Then, 0.2 ul of 100 mg/ml protein in 25 mM Tris (pH 7.4) and 50 mM NaCl were mixed with 0.2 ul of the well condition (25% PEG 3350, 50 mM K2HPO4 at pH 7.0), the crystallization plate was incubated at 37oC for several days and, after growth of the first HSA crystals, the plate was transferred to RT. JMS-053 powder (~50 ug) was added to the crystallization drop containing crystals, and then incubated for 48 h before harvesting.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 59720 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.835 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 156912
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.242.50.67829810.6090.5250.8620.92991
2.24-2.282.50.54829070.7240.4180.6930.87890
2.28-2.322.50.54727350.6830.4160.6910.94486
2.32-2.372.60.43230030.7750.3220.5420.96194
2.37-2.422.70.35430850.8630.2650.4450.96995.2
2.42-2.482.70.30229550.8820.2250.3790.95193.7
2.48-2.542.60.24930690.9230.1850.3120.95294.3
2.54-2.612.60.20530430.9320.1530.2580.91894.4
2.61-2.692.60.16829440.9480.1260.2110.88792.5
2.69-2.772.60.13329360.9660.10.1670.9390.3
2.77-2.872.60.10628200.9750.080.1340.87689
2.87-2.992.60.08331510.9830.0640.1060.82196.1
2.99-3.122.70.06430150.9870.0490.0810.75995.1
3.12-3.292.70.05130520.9870.040.0650.75994.9
3.29-3.492.70.04130320.9910.0320.0520.69193.1
3.49-3.762.60.03828180.9880.0290.0480.69589.3
3.76-4.142.70.03431140.9920.0260.0430.65796.5
4.14-4.742.70.03330780.9930.0250.0410.6195.1
4.74-5.972.60.03829440.9880.0280.0470.72992.1
5.97-502.70.03830380.9910.030.0490.83694.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HSC

6hsc
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.2→46.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 15.997 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.43 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2469 2640 4.9 %RANDOM
Rwork0.1924 ---
obs0.195 51130 84.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 205.39 Å2 / Biso mean: 44.29 Å2 / Biso min: 11.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20.28 Å20.35 Å2
2--0.74 Å2-0.2 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→46.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9256 0 255 433 9944
Biso mean--55.86 37.49 -
残基数----1164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0139761
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0180.0179168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1431.65313122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4321.5821433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.04651170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.79723.427499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.543151750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0031548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.21216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021918
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18667 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 90 -
Rwork0.26 1743 -
all-1833 -
obs--38.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.15062.02641.57259.01882.45543.5202-0.0596-0.12540.15170.4705-0.14480.1030.0561-0.04550.20450.0563-0.0434-0.02650.08790.01910.05728.345109.38122.844
24.45684.26382.636113.28666.72016.7266-0.10910.49110.2457-0.50610.09690.2057-0.3140.11250.01210.0894-0.0516-0.06070.12180.06920.077527.325115.55916.448
37.63670.89381.13783.30971.81521.9257-0.15160.42750.16510.03890.12290.6431-0.1493-0.23670.02860.1534-0.04640.01530.25680.16290.307113.45113.38722.053
44.3148-4.9874-7.87269.943512.229616.7579-0.64690.2816-0.1830.82610.14960.55731.2361-0.08530.49730.1899-0.0972-0.06750.33990.04510.407113.5697.66518.891
52.9125-1.9027-1.97543.08531.9164.96360.02690.1485-0.24330.00210.03-0.10810.09370.2877-0.05680.1049-0.0811-0.01220.1396-0.04410.135133.3293.97310.614
619.3887-4.4259-19.72311.13963.764724.4859-0.1903-0.1227-0.35120.06230.01370.07580.14210.12820.17650.2233-0.0928-0.01130.06170.04660.250326.63785.92422.675
715.00661.18613.39713.8009-0.4056.47130.03330.25640.3929-0.03740.070.1481-0.0086-0.0586-0.10320.076-0.0072-0.03130.01770.0360.078526.1685.17242.42
82.2564-1.68740.87723.2986-1.9483.5382-0.07460.04230.17230.36640.0340.0785-0.4829-0.00850.04050.1753-0.0757-0.0810.11710.04710.176228.79697.37541.203
90.9565-0.90932.76778.3938-7.653511.4841-0.01720.28640.0599-0.1627-0.5195-0.6958-0.01121.09540.53680.093-0.0845-0.02930.41280.07440.288941.16293.44736.434
102.88640.1737-0.94191.3895-0.24864.9612-0.2288-0.1788-0.19790.43450.08970.0260.31360.26770.13910.22320.0632-0.00580.05250.06130.138427.21675.58655.214
111.9548-0.4565-3.8261.13064.766222.6983-0.32830.1777-0.24320.26240.2988-0.02861.06690.91850.02940.30140.0361-0.01030.1445-0.02410.200230.38863.66536.856
123.07010.22432.32141.92231.31638.6168-0.02530.5390.042-0.06250.11940.0116-0.09940.843-0.09420.1267-0.0709-0.02670.2396-0.01080.091426.32168.04122.546
137.0326-0.84995.77062.68952.753819.2983-0.6563-0.33440.6892-0.2485-0.05050.3952-1.2324-1.69540.70670.13670.0825-0.12750.2258-0.02510.227615.65473.15228.594
140.764-0.44791.27634.52313.38876.61820.24170.30120.038-0.603-0.17280.00560.47290.2826-0.06890.7124-0.1681-0.1240.40560.00830.171620.24157.6874.991
153.2239-0.9055-0.53767.36641.28152.389-0.17-0.176-0.19990.09580.02350.20060.11940.01550.14640.0245-0.00240.01780.07660.02310.074731.8616.21571.723
166.1752-0.7959-0.53422.31130.5971.6387-0.0898-0.3610.03960.03680.2550.40620.1247-0.2684-0.16510.10820.00770.00850.1880.09490.25417.8515.69368.436
177.53960.26032.81541.95442.27786.10230.3059-0.12110.2255-0.0744-0.0691-0.01150.0367-0.1316-0.23680.0646-0.0531-0.01580.1587-0.02710.152633.61223.75785.717
186.6195-1.9836-0.19275.27352.07437.4292-0.002-0.36790.4708-0.23520.12780.2829-0.24660.0587-0.12580.12390.0085-0.03290.0415-0.03810.115629.23520.66973.98
194.5217-0.56044.21580.1373-0.84229.0227-0.0742-0.0380.6132-0.0349-0.0851-0.0779-0.09120.35410.15930.2178-0.0103-0.00560.1568-0.02020.239736.94329.66674.331
201.8093-0.14260.10984.0783-2.18054.399-0.0783-0.0164-0.1686-0.21310.00020.08780.45870.09940.07810.078-0.02790.04550.09480.0060.116832.53524.76149.58
212.86941.4111-2.90179.2721-7.43238.917-0.0733-0.2787-0.02050.263-0.5042-0.67180.13151.08060.57750.0650.0296-0.0050.3780.06880.197744.63124.86356.151
222.0509-1.02572.09711.8056-0.2365.9193-0.20670.37460.3878-0.2063-0.0702-0.04650.00840.61970.27680.2597-0.1366-0.0190.18990.05840.259533.20940.16437.253
232.26290.50421.39111.56082.63978.5411-0.2764-0.04850.354-0.36840.08810.1705-0.85890.07490.18820.2294-0.0851-0.08340.05750.04650.225429.28851.12145.799
244.6594-0.2015-3.23621.31140.85285.0573-0.2082-0.3212-0.12960.29980.19930.10760.35570.37870.00880.1378-0.0084-0.00890.12810.02260.153125.11546.88467.883
252.70730.7891-1.01573.7451.24324.76650.1063-0.53990.02930.8255-0.13510.28990.0927-0.04640.02880.2435-0.01820.08140.18650.02180.197120.25953.38678.41
264.5685-0.8830.89773.3497-3.870714.0680.2328-0.29260.23040.7526-0.5293-0.0825-0.27740.70960.29650.4843-0.1173-0.03320.3237-0.08210.168325.95765.20982.068
2716.72268.2092-0.94534.1308-1.443315.16910.4147-1.14-0.83980.3272-0.7277-0.312-1.41783.1480.3131.26280.0377-0.08340.83860.19120.474730.85358.594100.348
283.9688-0.2469-1.732118.8972-10.967713.03680.1438-0.40060.18561.12810.7080.54450.0821-0.1465-0.85180.8072-0.0036-0.04320.3134-0.11140.107720.51265.23393.055
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2A34 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3A60 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4A99 - 115
5X-RAY DIFFRACTION5A116 - 179
6X-RAY DIFFRACTION6A180 - 203
7X-RAY DIFFRACTION7A204 - 225
8X-RAY DIFFRACTION8A226 - 268
9X-RAY DIFFRACTION9A269 - 297
10X-RAY DIFFRACTION10A298 - 369
11X-RAY DIFFRACTION11A370 - 401
12X-RAY DIFFRACTION12A402 - 450
13X-RAY DIFFRACTION13A451 - 491
14X-RAY DIFFRACTION14A492 - 584
15X-RAY DIFFRACTION15B3 - 56
16X-RAY DIFFRACTION16B57 - 107
17X-RAY DIFFRACTION17B108 - 135
18X-RAY DIFFRACTION18B136 - 155
19X-RAY DIFFRACTION19B156 - 204
20X-RAY DIFFRACTION20B205 - 273
21X-RAY DIFFRACTION21B274 - 298
22X-RAY DIFFRACTION22B299 - 347
23X-RAY DIFFRACTION23B348 - 400
24X-RAY DIFFRACTION24B401 - 479
25X-RAY DIFFRACTION25B480 - 537
26X-RAY DIFFRACTION26B538 - 554
27X-RAY DIFFRACTION27B555 - 565
28X-RAY DIFFRACTION28B566 - 584

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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