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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wu7 | ||||||
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タイトル | Human Calcium and Integrin Binding Protein 3 E150Q K151H | ||||||
要素 | Calcium and integrin-binding family member 3 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / EF-hand / Mechanotransduction / hearing | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Shapiro, L. / Dionne, G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2021 タイトル: CIB2 and CIB3 are auxiliary subunits of the mechanotransduction channel of hair cells. 著者: Liang, X. / Qiu, X. / Dionne, G. / Cunningham, C.L. / Pucak, M.L. / Peng, G. / Kim, Y.H. / Lauer, A. / Shapiro, L. / Muller, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wu7.cif.gz | 242 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wu7.ent.gz | 188.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wu7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wu7_validation.pdf.gz | 5.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wu7_full_validation.pdf.gz | 5.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6wu7_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wu7_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/6wu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/6wu7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22317.143 Da / 分子数: 2 / 変異: E150Q, K151H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CIB3, KIP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96Q77 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 8000 0.2M Calcium Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.46 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.46 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.837→73.08 Å / Num. obs: 44453 / % possible obs: 96.93 % / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 28.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 42.15 |
反射 シェル | 解像度: 1.837→1.902 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.12 / Num. unique obs: 3797 / CC1/2: 0.983 / % possible all: 84.12 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6WU5 解像度: 1.84→73.08 Å / SU ML: 0.1693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1254 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→73.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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