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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wth | |||||||||||||||
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タイトル | Full-length human ENaC ECD | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / sodium channel / blood pressure / epithelial / salt transport | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / sensory perception of salty taste / Sensory perception of salty taste / aldosterone metabolic process / neutrophil-mediated killing of bacterium / sensory perception of sour taste / leukocyte activation involved in inflammatory response / cellular response to vasopressin / sperm principal piece ...: / : / sensory perception of salty taste / Sensory perception of salty taste / aldosterone metabolic process / neutrophil-mediated killing of bacterium / sensory perception of sour taste / leukocyte activation involved in inflammatory response / cellular response to vasopressin / sperm principal piece / sodium channel complex / ligand-gated sodium channel activity / epithelial fluid transport / sodium ion homeostasis / artery smooth muscle contraction / mucus secretion / WW domain binding / neutrophil activation involved in immune response / cellular response to aldosterone / multicellular organismal-level water homeostasis / cellular response to acidic pH / potassium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / motile cilium / erythrocyte homeostasis / sodium channel activity / ciliary membrane / response to food / sodium ion transport / sodium ion transmembrane transport / acrosomal vesicle / regulation of blood pressure / cytoplasmic vesicle membrane / multicellular organism growth / Stimuli-sensing channels / monoatomic ion channel activity / gene expression / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Posert, R. / Baconguis, I. / Noreng, S. / Bharadwaj, A. / Houser, A. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Molecular principles of assembly, activation, and inhibition in epithelial sodium channel. 著者: Sigrid Noreng / Richard Posert / Arpita Bharadwaj / Alexandra Houser / Isabelle Baconguis / 要旨: The molecular bases of heteromeric assembly and link between Na self-inhibition and protease-sensitivity in epithelial sodium channels (ENaCs) are not fully understood. Previously, we demonstrated ...The molecular bases of heteromeric assembly and link between Na self-inhibition and protease-sensitivity in epithelial sodium channels (ENaCs) are not fully understood. Previously, we demonstrated that ENaC subunits - α, β, and γ - assemble in a counterclockwise configuration when viewed from outside the cell with the protease-sensitive GRIP domains in the periphery (Noreng et al., 2018). Here we describe the structure of ENaC resolved by cryo-electron microscopy at 3 Å. We find that a combination of precise domain arrangement and complementary hydrogen bonding network defines the subunit arrangement. Furthermore, we determined that the α subunit has a primary functional module consisting of the finger and GRIP domains. The module is bifurcated by the α2 helix dividing two distinct regulatory sites: Na and the inhibitory peptide. Removal of the inhibitory peptide perturbs the Na site via the α2 helix highlighting the critical role of the α2 helix in regulating ENaC function. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wth.cif.gz | 278.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wth.ent.gz | 221.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wth.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wth_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wth_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6wth_validation.xml.gz | 57 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wth_validation.cif.gz | 85.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wth | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Amiloride-sensitive sodium channel subunit ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 75780.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCNN1A, SCNN1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P37088 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 72728.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCNN1B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51168 |
#3: タンパク質 | 分子量: 74352.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCNN1G / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51170 |
-抗体 , 2種, 4分子 DEFG
#4: 抗体 | 分子量: 10060.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #5: 抗体 | 分子量: 9805.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
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-糖 , 2種, 7分子
#6: 多糖 | #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 1種, 1分子
#7: 化合物 | ChemComp-NA / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Full-length human ENaC heterotrimer bound with two high-affinity Fabs タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.32 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T/17 / プラスミド: pBacMam |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 15 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 285 K 詳細: 3.5 uL applied, manual blot, fresh 3.5 uL applied, vitrobot blot and freeze |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.1_3865: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 252071 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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