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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wta | ||||||
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タイトル | Structure of F420-H2 Dependent Oxidoreductase (FDOR-A) MSMEG_2027 in complex with F420 | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / F420 / Complex / Cofactor | ||||||
機能・相同性 | F420H(2)-dependent quinone reductase / F420H(2)-dependent quinone reductase / coenzyme F420 binding / FMN-binding split barrel / oxidoreductase activity / plasma membrane / COENZYME F420-4 / Nitroreductase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jackson, C.J. / Antoney, J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A F420-dependent single domain chemogenetic tool for protein de-dimerization 著者: Antoney, J. / Kainrath, S. / Ahmed, F.H. / Kang, S.W. / Mackie, E.R. / Soares da Costa, T.P. / Jackson, C.J. / Janovjak, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 759.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 760.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4y9iS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16028.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2027 / プラスミド: pETMCSIII / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-UBM / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.4 詳細: 0.07 M citrate, 0.03 M bis-tris propane, 16% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953729987144 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→32.68 Å / Num. obs: 17596 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 19.79 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.183 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 1.556 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 886 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.511 / Χ2: 1.02 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4Y9I 解像度: 1.67→32.68 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→32.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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