PDB-6wt5: Structure of a bacterial STING receptor from Capnocytophaga granulosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wt5

タイトル

Structure of a bacterial STING receptor from Capnocytophaga granulosa

要素

Bacterial STING

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CBASS / cyclic dinucleotide receptor / CD-NTase / immune effector

機能・相同性

: / CD-NTase-associated protein 12/Pycsar effector protein, TIR domain / CAP12/Pycsar effector protein, TIR domain / NAD+ glycohydrolase / defense response to virus / nucleotide binding / CD-NTase-associated protein 12

機能・相同性情報

生物種

Capnocytophaga granulosa (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Morehouse, B.R. / Govande, A.A. / Millman, A. / Keszei, A.F.A. / Lowey, B. / Ofir, G. / Shao, S. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: STING cyclic dinucleotide sensing originated in bacteria.
著者: Morehouse, B.R. / Govande, A.A. / Millman, A. / Keszei, A.F.A. / Lowey, B. / Ofir, G. / Shao, S. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2020年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6wt5.ent.gz	210.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wt5_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wt5_full_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示
XML形式データ	6wt5_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	6wt5_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wt5	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	6rv7-2 2wvd-1 1xh9-d 2wve-d 4w8a-d 6rv8-1 2wvd-2 1pz0-d 6rv8-2 6ru1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bacterial STING

B: Bacterial STING

C: Bacterial STING

D: Bacterial STING

75.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Bacterial STING

B: Bacterial STING

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Bacterial STING

D: Bacterial STING

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.709, 123.709, 108.222
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Bacterial STING / ABC-type sugar transport system / periplasmic component 分子量: 18955.303 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Capnocytophaga granulosa (バクテリア) 株: DSM 11449 / 遺伝子: NCTC12948_02565 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A381HAP5
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, 20% PEG-10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→49.26 Å / Num. obs: 21303 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27 % / B_iso Wilson estimate: 87.49 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / Num. unique obs: 3034 / CC_1/2: 0.619 / R_pim(I) all: 0.702

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→49.26 Å / SU ML: 0.5096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.0358
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2813	1999	9.42 %
R_work	0.2325	19229	-
obs	0.237	21228	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4637	0	0	0	4637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	4708
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4837	6342
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0419	746
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	788
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.2409	1776

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.87	0.4542	137	0.4637	1322	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.87-2.95	0.4406	142	0.3911	1356	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.95-3.03	0.3142	139	0.3407	1342	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.13	0.3868	140	0.2972	1346	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.24	0.3494	140	0.2746	1348	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.24-3.37	0.3618	143	0.3071	1375	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.53	0.3108	140	0.2761	1339	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.71	0.279	141	0.2402	1358	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.95	0.2721	143	0.2151	1376	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.25	0.2278	143	0.205	1378	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.68	0.232	143	0.1813	1376	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.35	0.2566	145	0.1791	1392	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.35-6.74	0.3124	148	0.2613	1422	X-RAY DIFFRACTION	100
6.74-49.26	0.2608	155	0.2177	1499	X-RAY DIFFRACTION	99.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.12360243355	-0.67816359615	3.50539965638	6.26769052968	3.34330491147	4.43299410995	0.245397865027	-0.127351541683	1.85498599989	-0.31675613583	-0.19403710498	-1.36815114623	-0.780721383858	1.12439796721	-0.0551698006198	0.774369395782	0.0373024317979	0.00315691820909	0.645389238083	-0.0255132683919	1.12627705819	5.55632412967	109.382178425	3.40942302331
2	1.13161678257	0.245049730409	-0.381026780169	0.212355244184	-0.0631922085464	0.872472534173	0.0257888972149	0.554477222623	-0.312570767284	-0.325736814829	0.0766942726404	0.00694643388473	0.0226454822474	0.0262655789992	0.000265446174538	0.763883407485	0.101674144824	0.00116779581708	0.813692117019	-0.112869343853	0.762675014465	-13.0049374681	94.1199819431	-9.17371133149
3	2.60558302856	2.32811878367	0.271293100126	8.76729280351	2.58759526059	2.64555091461	0.313436447088	-0.979664745667	-0.548117545003	1.24611770777	-0.345759554567	0.0339328633071	0.707343939443	0.799701491478	0.2189801113	0.451136098884	0.026118773564	0.0426035327759	0.785372154616	0.119536788526	0.637285845951	-11.311224756	91.408264273	9.79352642647
4	9.79477363461	5.27742379014	2.63253119481	5.00015460505	2.63316674502	1.41594574851	0.501145426332	-1.74822584987	-1.26611747938	0.591029735962	-0.829295371538	0.0766976364038	2.0832852682	-0.737455573684	0.353384026431	1.0778901884	0.0961790318111	0.150015124339	0.628369888732	0.0808547781603	1.14261002646	-13.313902678	82.5079528262	3.11360419169
5	0.482240349106	0.71689332008	0.448187396696	2.20360155155	-0.436709428335	1.52938150575	-0.0592245175017	0.901248588382	-0.97980609734	-0.760448586089	0.284411853417	-0.774674719697	0.898454193386	0.712626149909	0.0762810740888	1.25477642223	0.261398129798	0.127085771653	1.14970689018	-0.167184868551	0.90880488618	-9.95820834266	86.8070513713	-12.1629722017
6	2.04782014313	0.201491647272	-0.715235178799	6.63029207227	2.07753553766	6.3954201818	-0.451508192274	-1.07938663199	-0.748187283282	-0.981948446971	0.0226270717967	0.954495264696	-0.652563173451	-2.7317524503	-0.188571490866	1.04489447765	0.0126357971785	-0.049790350728	1.01079247761	-0.0314616455741	0.893734342642	-19.8994128266	88.0049356723	-3.02595292853
7	5.8338841482	2.34022311318	1.2778107904	9.19526085038	-2.13168191361	6.16863349493	0.276050126466	-0.729952241801	-0.0324231591118	1.32356126057	-0.170459376353	0.253428601148	0.0718424689224	0.840281564697	-2.05389852616	0.467210203091	0.082132147105	-0.00625677065001	0.713501973479	-0.110076345097	0.430403790494	3.14193543499	95.2558647361	11.8512695242
8	3.65021378464	-1.67442168284	-1.29601066333	4.91817970286	-2.59965774682	6.06475102035	-0.157777047046	-0.175925623508	0.918080708742	0.616577517673	-0.148018135237	-0.199705937578	-0.18189692613	0.384594411642	-1.04601877141	0.720965260302	0.144682160101	0.0381665543427	0.775672824182	-0.0669078001477	0.795130275306	-7.75047286159	102.597734772	8.08313060374
9	7.79672049152	-1.88415976165	1.33944794718	5.85263308221	1.0153713182	0.909276154065	0.552345555575	-0.753709721552	0.225780259739	0.169880563595	0.538742470745	0.879421818269	0.531538612871	0.202721803845	4.0343336799	0.720983454953	0.203165487117	-0.20034236554	0.542702148613	-0.140792933923	0.612133562917	-17.3438918523	98.1477230152	-1.03508685894
10	4.32314839436	6.41629358785	-1.83974507997	9.55710587506	-2.81094226119	1.38700755852	1.16681542074	-1.28953541472	0.93272157077	2.17796815185	0.203995959026	-0.337877139349	-0.730730578784	0.326242411456	1.09200395596	0.984244131031	0.299140037206	-0.0820332897955	0.890859808609	-0.160056098303	0.597946293924	5.42199460535	106.345317452	10.8393725636
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33	5.16516540133	1.35083770885	-2.80141234035	2.95430481491	2.24118658688	4.83054811802	-0.181206018799	-0.159856574821	-0.468046715881	0.702251165547	-0.266850872904	-0.216634917076	0.803524459042	0.166531266227	-0.85135654975	0.963734447532	-0.0181317924385	0.0270689446143	0.556551642027	-0.0804608315897	0.690230719786	23.0526155306	59.6555914055	29.7280535128

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 152 through 158 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 159 through 197 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 198 through 209 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 210 through 228 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 229 through 239 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 240 through 254 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 255 through 278 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 279 through 300 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 301 through 312 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 152 through 158 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 159 through 182 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 183 through 209 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 210 through 230 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 231 through 277 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 278 through 301 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 302 through 312 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 151 through 158 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 159 through 170 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 171 through 202 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 203 through 209 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 210 through 220 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 221 through 230 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 231 through 239 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 240 through 254 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 255 through 281 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 282 through 301 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 302 through 312 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 154 through 170 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 171 through 209 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 210 through 228 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 229 through 239 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 240 through 278 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 279 through 311 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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