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- PDB-6ws1: Crystal structure of human phenylethanolamine N-methyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ws1
タイトルCrystal structure of human phenylethanolamine N-methyltransferase (PNMT) in complex with (2S)-2-amino-4-((((2R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl)(3-(7,8-dichloro-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-4-yl)propyl)amino)butanoic acid and AdoHcy (SAH)
要素Phenylethanolamine N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Transition state analogue / Chemical synthesis / Drug design / Structural Biology / neurodegenerative disease / PNMT
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylethanolamine N-methyltransferase / phenylethanolamine N-methyltransferase activity / epinephrine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / catecholamine biosynthetic process / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, NNMT/PNMT/TEMT / Methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT, conserved site / : / NNMT/PNMT/TEMT family / NNMT/PNMT/TEMT family of methyltransferases signature. / SAM-dependent methyltransferase NNMT/PNMT/TEMT-type profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Chem-U87 / Phenylethanolamine N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Harijan, R.K. / Mahmoodi, N. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Transition-State Analogues of PhenylethanolamineN-Methyltransferase.
著者: Mahmoodi, N. / Harijan, R.K. / Schramm, V.L.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylethanolamine N-methyltransferase
B: Phenylethanolamine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9879
ポリマ－64,6552
非ポリマー1,3327
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.886, 93.886, 188.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phenylethanolamine N-methyltransferase / PNMTase / Noradrenaline N-methyltransferase


分子量: 32327.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PNMT, PENT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P11086, phenylethanolamine N-methyltransferase

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非ポリマー , 6種, 18分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-U87 / 5'-([(3S)-3-amino-3-carboxypropyl]{3-[(4R)-7,8-dichloro-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-4-yl]propyl}amino)-5'-deoxyadenosine


分子量: 609.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H34Cl2N8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Sodium Cacodylate pH 5.5, 170 mM LiCl, 12 % PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月27日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-15 Double Crystal cryocooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→94.14 Å / Num. obs: 22471 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.76→2.91 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 3.3 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3196 / CC1/2: 0.69 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MIK

4mik


解像度: 2.76→66.476 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2742 1103 4.94 %
Rwork0.2264 --
obs0.2288 22332 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 162.39 Å2 / Biso mean: 88.4198 Å2 / Biso min: 55.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.76→66.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4093 0 81 12 4186
Biso mean--90.93 73.31 -
残基数----526
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7602-2.88580.41971460.3909257399
2.8858-3.03790.36261350.33192590100
3.0379-3.22830.34441360.31382613100
3.2283-3.47750.35931250.27412634100
3.4775-3.82740.3041290.24042626100
3.8274-4.38120.31841250.2173266099
4.3812-5.51940.24421520.20042700100
5.5194-66.470.21631550.18932833100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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