PDB-6wr0: Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 with 3-keto-delta4-abira...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wr0

タイトル

Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 with 3-keto-delta4-abiraterone analog

要素

Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / P450 / 17A1

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Petrunak, E.M. / Bart, A.G. / Scott, E.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Human cytochrome P450 17A1 structures with metabolites of prostate cancer drug abiraterone reveal substrate-binding plasticity and a second binding site.
著者: Petrunak, E.M. / Bart, A.G. / Peng, H.M. / Auchus, R.J. / Scott, E.E.

履歴

登録	2020年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wr0.cif.gz	763 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wr0.ent.gz	595.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wr0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wr0_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wr0_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	6wr0_validation.xml.gz	69.6 KB	表示
CIF形式データ	6wr0_validation.cif.gz	91.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/6wr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/6wr0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uysC 6wr1C 6ww0C 3swzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nkx-2 4nkw-2 5uys-2 6cir-2 4nky-2 4nky-1 3swz-2 4nkz-1 5irv-1 5irq-2 4nkz-2 5irq-1 6cir-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

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4

D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.347, 152.981, 168.499
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and (resid 31 through 503 or resid 600 through 601))	A	31 - 274
1	2	1	(chain 'A' and (resid 31 through 503 or resid 600 through 601))	A	283 - 503
1	3	1	(chain 'A' and (resid 31 through 503 or resid 600 through 601))	A	600 - 601
2	4	1	chain 'B'	B	31 - 274
2	5	1	chain 'B'	B	283 - 503
2	6	1	chain 'B'	B	600 - 601
3	7	1	(chain 'C' and (resid 31 through 274 or resid 283 through 503 or resid 600 through 601))	C	31 - 274
3	8	1	(chain 'C' and (resid 31 through 274 or resid 283 through 503 or resid 600 through 601))	C	283 - 503
3	9	1	(chain 'C' and (resid 31 through 274 or resid 283 through 503 or resid 600 through 601))	C	600 - 601
4	10	1	(chain 'D' and (resid 31 through 274 or resid 283 through 503 or resid 600 through 601))	D	31 - 274
4	11	1	(chain 'D' and (resid 31 through 274 or resid 283 through 503 or resid 600 through 601))	D	283 - 503
4	12	1	(chain 'D' and (resid 31 through 274 or resid 283 through 503 or resid 600 through 601))	D	600 - 601

#1: タンパク質	Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase / 17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / ...17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / Cytochrome P450c17 / Steroid 17-alpha-monooxygenase 分子量: 55740.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP17A1, CYP17, S17AH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P05093, steroid 17alpha-monooxygenase, 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-U7P / (8alpha)-17-(pyridin-3-yl)androsta-4,16-dien-3-one / 3-keto-delta4-abiraterone analog / CB-7627 分子量: 347.493 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₉NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 175 mM Tris HCl, pH 8.5, 30% PEG-3350, 350 mM LiSO4, and 3% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→39.81 Å / Num. obs: 64672 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 53.1 Å² / R_pim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 9236 / R_pim(I) all: 0.552 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SWZ

3swz

解像度: 2.7→39.81 Å / SU ML: 0.3474 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.8513
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2465	3264	5.06 %
R_work	0.209	61282	-
obs	0.2109	64546	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14905	0	279	118	15302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0169	15547
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3907	21132
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	2369
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	2666
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.2138	5776

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.74	0.361	133	0.3173	2518	X-RAY DIFFRACTION	94.07
2.74-2.78	0.3682	140	0.3052	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.78-2.83	0.3116	136	0.2948	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.83-2.88	0.3459	143	0.2796	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.88-2.93	0.2966	157	0.2854	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.93-2.99	0.3157	141	0.2686	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.99-3.05	0.3362	147	0.2921	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.05-3.11	0.2745	134	0.274	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.19	0.3122	127	0.2659	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.19-3.27	0.3233	137	0.247	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.27-3.35	0.3314	158	0.2442	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.35-3.45	0.2612	152	0.229	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.45-3.56	0.2788	157	0.2211	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.56-3.69	0.2406	140	0.2216	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.69-3.84	0.2459	161	0.1937	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.84-4.01	0.2129	126	0.1843	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.01-4.22	0.2123	143	0.1827	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.22-4.49	0.2118	142	0.1766	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.49-4.83	0.2117	128	0.1608	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.84-5.32	0.1904	137	0.1737	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.32-6.09	0.2424	136	0.205	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.79
6.09-7.66	0.2329	141	0.1894	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.59
7.66-39.81	0.1803	148	0.1692	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.34

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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