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万見
- PDB-6wqe: Solution Structure of the IWP-051-bound H-NOX from Shewanella woo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wqe
タイトルSolution Structure of the IWP-051-bound H-NOX from Shewanella woodyi in the Fe(II)CO ligation state
要素Heme NO binding domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / hemoprotein / nitric oxide / signaling / sGC stimulator Complex
機能・相同性Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / heme binding / CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-IWP / Heme NO binding domain protein
機能・相同性情報
生物種Shewanella woodyi (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chen, C.Y. / Lee, W. / Montfort, W.R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117357 米国
American Heart Association17POST33670593 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103399 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM66326 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Solution structures of the Shewanella woodyi H-NOX protein in the presence and absence of soluble guanylyl cyclase stimulator IWP-051.
著者: Chen, C.Y. / Lee, W. / Renhowe, P.A. / Jung, J. / Montfort, W.R.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme NO binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7674
ポリマ－21,7681
非ポリマー1,0003
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Heme NO binding domain protein


分子量: 21767.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shewanella woodyi (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner pLysS / 参照: UniProt: B1KIH6
#2: 化合物 ChemComp-IWP / 5-fluoro-2-{1-[(2-fluorophenyl)methyl]-5-(1,2-oxazol-3-yl)-1H-pyrazol-3-yl}pyrimidin-4-ol


分子量: 355.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H11F2N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-15N TROSY
231anisotropic22D 1H-15N TROSY
142isotropic12D 13C15Nfiltered NOESY
3104isotropic42D 1H-1H NOESY
192isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
153isotropic22D 1H-13C HSQC
161isotropic13D 1H-15N NOESY
172isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
183isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1500 uM [U-99% 15N] Protein, 2400 uM ligand, 90% H2O/10% D2O15N labeled H-NOX protein (500 uM) + unlabeled (IWP051 2400 uM)15N_sample_IWP05190% H2O/10% D2O
solution2600 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 3500 uM ligand, 100% D2O13C15N labeled H-NOX protein (600 uM) + unlabeled IWP051 (3500 uM) in 99.9% D2O13C15N_D2O_sample_IWP051100% D2O
solution3600 uM [U-99% 15N] protein, 3000 uM 13C labeled on the benzene carbon ligand, 100% D2O13C labeled IWP051 (3000 uM) + 15N labeled H-NOX (600 uM) in 99.9% D2O13C_IWP051_protein100% D2O
solution415.0 uM protein, 292.0 uM ligand, 100% D2Ounlabeled IWP-051 (292 uM) bound to Sw H-NOX (15 uM) in D2OIWP051_protein_TrNOESY100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMProtein[U-99% 15N]1
2400 uMligandnone1
600 uMprotein[U-99% 13C; U-99% 15N]2
3500 uMligandnone2
600 uMprotein[U-99% 15N]3
3000 uMligand13C labeled on the benzene carbon3
15.0 uMproteinnone4
292.0 uMligandnone4
試料状態

Ionic strength err: 0.2 / pH: 7.4 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / Temperature err: 0.2

Conditions-ID詳細イオン強度Label温度 (K)
150 mM sodium/potassium phosphate (pH 7.4), 50 mM NaCl50 mMconditions_1293 K
250 mM sodium/potassium phosphate (pH 7.4), 50 mM NaCl 15 mg/mL pf1 phage50 mMconditions_2293 K
350 mM sodium phosphate (pH 7.5), 100 mM NaCl, 4% DMSO-d6, 2 mM dithionite and 100 uM DSS100 mMconditions_3298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Agilent agilent 800Agilentagilent 80080015 mm z-axis pulsed field gradient triple resonance Cold probe
Agilent agilent 600Agilentagilent 60060045 mm z-axis pulsed field gradient triple resonance Cold probe
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO60025 mm z-axis pulsed field gradient triple resonance Cold probe
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO80035 mm z-axis pulsed field gradient triple resonance Cold probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkySparky: Goddard NMRFAM-Sparky: Lee W, Tonelli M, Markley JLchemical shift assignment
SparkySparky: Goddard NMRFAM-Sparky: Lee W, Tonelli M, Markley JLpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMRVariancollection
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: distance geometry,torsion angle dynamics,molecular dynamics
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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