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万見
- PDB-6wq6: Xanthomonas citri Methionyl-tRNA synthetase in complex with methionine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wq6
タイトルXanthomonas citri Methionyl-tRNA synthetase in complex with methionine
要素Methionine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Substrate / Complex / tRNA / aminoacylation
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methionine-tRNA ligase, type 1 / Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. ...Methionine-tRNA ligase, type 1 / Methionyl-tRNA synthetase, Zn-domain / Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
METHIONINE / Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Mercaldi, G.F. / Benedetti, C.E.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)11/20468-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)18/08535-4 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)465440/2014-2 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)14/50880-0 ブラジル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for diaryldiamine selectivity and competition with tRNA in a type 2 methionyl-tRNA synthetase from a Gram-negative bacterium.
著者: Mercaldi, G.F. / Andrade, M.O. / Zanella, J.L. / Cordeiro, A.T. / Benedetti, C.E.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6513
ポリマ－77,4371
非ポリマー2152
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.146, 83.624, 95.251
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS


分子量: 77436.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas citri (バクテリア) / 株: 306 / 遺伝子: metG, metS, XAC1386 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PMP0, methionine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 28 - 32 % PEG 4000, 0.2 M MgCl2 / PH範囲: 7.9-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.63 Å / Num. obs: 68460 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.7312.41.9054439535710.7090.5591.9881.4100
9-47.6311.30.02762065470.9990.0080.02862.798.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.28 Å47.63 Å
Translation6.28 Å47.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PFY

1pfy


解像度: 1.7→47.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.722 / SU ML: 0.11 / SU R Cruickshank DPI: 0.1046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.106
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2305 3448 5 %RANDOM
Rwork0.1937 ---
obs0.1955 64912 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.65 Å2 / Biso mean: 34.267 Å2 / Biso min: 19.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.03 Å2-0 Å20 Å2
2---3.1 Å2-0 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→47.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4245 0 10 276 4531
Biso mean--34.13 36.97 -
残基数----547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0194376
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8621.9465948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06439226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0415548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36123.317202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.65615674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3571529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02961
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 242 -
Rwork0.352 4749 -
all-4991 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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