[日本語] English
万見
- PDB-6wpx: Crystal structure of Bacillus licheniformis lipase BlEst2 in prop... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wpx
タイトルCrystal structure of Bacillus licheniformis lipase BlEst2 in propetide form
要素BlEst2
キーワードHYDROLASE / esterase / lipase / propetide
機能・相同性GPI inositol-deacylase PGAP1-like / PGAP1-like protein / hydrolase activity, acting on ester bonds / Alpha/Beta hydrolase fold / IODIDE ION / Lipase
機能・相同性情報
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nakamura, A.M. / Godoy, A.S. / Kadowaki, M.A.S. / Polikarpov, I.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/13684-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)423693/2016-6 and #303988/2016-9 ブラジル
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structures of BlEst2 from Bacillus licheniformis in its propeptide and mature forms reveal autoinhibitory effects of the C-terminal domain
著者: Nakamura, A.M. / Godoy, A.S. / Kadowaki, M.A.S. / Trentin, L.N. / Gonzalez, S.E.T. / Skaf, M.S. / Polikarpov, I.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BlEst2
B: BlEst2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,52726
ポリマ－107,4812
非ポリマー3,04624
水7,963442
1
A: BlEst2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,39014
ポリマ－53,7411
非ポリマー1,65013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BlEst2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,13712
ポリマ－53,7411
非ポリマー1,39611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.890, 78.315, 166.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 BlEst2


分子量: 53740.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
遺伝子: DW032_06865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A415J7C9
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0 and 28% (w/v) polyethylene glycol (PEG)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20.16 Å / Num. obs: 59739 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 12.88
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 5862 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.618

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.202 / SU Rfree Blow DPI: 0.162 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.161
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1983 3.32 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.197 59727 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 100.67 Å2 / Biso mean: 29.07 Å2 / Biso min: 7.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1976 Å20 Å20 Å2
2--2.3601 Å20 Å2
3----3.5578 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→20.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7010 0 24 442 7476
Biso mean--57.55 32.57 -
残基数----901
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2428SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes185HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1058HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7205HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion920SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8995SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7205HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9760HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.72
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 144 3.31 %
Rwork0.222 4200 -
all0.223 4344 -
obs--99.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2898-1.3081-0.49041.85320.96821.0601-0.1636-0.1198-0.12150.12830.11050.13360.03060.10220.0531-0.08150.0407-0.03-0.0682-0.0082-0.0308-4.473710.2828-22.1752
20.84740.2188-0.05921.6228-0.26780.3230.0444-0.0760.0259-0.06680.0162-0.0655-0.0105-0.0201-0.0606-0.0366-0.0636-0.0051-0.02210.003-0.0894-29.12210.4069-62.0619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A29 - 482
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B28 - 482

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る