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- PDB-6wpi: Crystal structure of Nop9 in complex with ITS1 RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wpi
タイトルCrystal structure of Nop9 in complex with ITS1 RNA
要素
  • Nucleolar protein 9
  • RNA (47-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Nop9 / PUF protein / ribosome biogenesis / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / ribosomal small subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA binding / nucleolus ...endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / ribosomal small subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nucleolar protein 9 / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / RNA / RNA (> 10) / Nucleolar protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Zhang, J. / Qiu, C. / Hall, T.M.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIA5016 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2020
タイトル: Nop9 recognizes structured and single-stranded RNA elements of preribosomal RNA.
著者: Zhang, J. / Teramoto, T. / Qiu, C. / Wine, R.N. / Gonzalez, L.E. / Baserga, S.J. / Tanaka Hall, T.M.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nucleolar protein 9
B: RNA (47-MER)
C: RNA (47-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,3865
ポリマ－99,0433
非ポリマー3422
水00
1
A: Nucleolar protein 9
B: RNA (47-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2644
ポリマ－83,9212
非ポリマー3422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA (47-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1221
ポリマ－15,1221
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.925, 119.540, 142.047
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Nucleolar protein 9 / Pumilio domain-containing protein NOP9


分子量: 68799.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NOP9, YJL010C, J1357 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47077
#2: RNA鎖 RNA (47-MER)


分子量: 15121.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#3: 化合物 ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン


分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O6P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate, 0.1 M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 24604 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 354389
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
3-3.05150.96711850.9170.2580.586100
3.05-3.1114.90.69112210.9580.1840.6181000.716
3.11-3.1714.90.5712020.9670.1520.631000.59
3.17-3.2314.90.47712250.9760.1270.6351000.494
3.23-3.3150.39512060.980.1050.6561000.409
3.3-3.3814.90.29712260.9890.0790.681000.308
3.38-3.4614.90.23412030.9910.0620.7311000.242
3.46-3.5614.90.18212130.9950.0490.8071000.188
3.56-3.6614.80.15212040.9960.0410.8551000.158
3.66-3.7814.80.12812340.9970.0340.9581000.132
3.78-3.9114.80.10612050.9980.0291.0171000.11
3.91-4.0714.60.09212390.9980.0251.1461000.095
4.07-4.2614.60.08112160.9980.0221.21000.084
4.26-4.4814.50.07412430.9980.021.1961000.076
4.48-4.7614.40.06812460.9990.0181.1051000.07
4.76-5.1314.30.06512290.9990.0181.1511000.067
5.13-5.6414.20.0612440.9990.0161.13799.90.062
5.64-6.4613.90.05612590.9990.0161.1581000.059
6.46-8.1313.20.04612760.9990.0131.021000.048
8.13-5010.70.03713280.9990.012197.10.039

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5svd

5svd


解像度: 3.02→34.75 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 1996 8.15 %
Rwork0.1953 22506 -
obs0.1984 24502 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 215.57 Å2 / Biso mean: 106.7599 Å2 / Biso min: 58.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.02→34.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4490 1417 22 0 5929
Biso mean--108.57 --
残基数----615
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.02-3.090.32891270.28061438156590
3.09-3.180.31781420.280315871729100
3.18-3.270.31541430.277216091752100
3.27-3.380.31821410.267215851726100
3.38-3.50.32051400.241315911731100
3.5-3.640.27321440.23116191763100
3.64-3.80.28921410.235215951736100
3.8-40.27831440.218316191763100
4-4.250.27841420.184716141756100
4.25-4.580.22831440.177316091753100
4.58-5.040.22791450.181416371782100
5.04-5.770.21691440.193116351779100
5.77-7.250.22631480.199216671815100
7.26-34.750.16561510.15651701185297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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