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万見
- PDB-6wpe: HUMAN IDO1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wpe
タイトルHUMAN IDO1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 4
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / INDOLEAMINE DIOXYGENASE / HEME / INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / tryptophan catabolic process to kynurenine / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response ... indoleamine 2,3-dioxygenase / smooth muscle contractile fiber / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of chronic inflammatory response / kynurenic acid biosynthetic process / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / tryptophan catabolic process to kynurenine / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U6G / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Lesburg, C.A. / Lammens, A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Carbamate and N -Pyrimidine Mitigate Amide Hydrolysis: Structure-Based Drug Design of Tetrahydroquinoline IDO1 Inhibitors.
著者: Li, D. / Deng, Y. / Achab, A. / Bharathan, I. / Hopkins, B.A. / Yu, W. / Zhang, H. / Sanyal, S. / Pu, Q. / Zhou, H. / Liu, K. / Lim, J. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Lammens, A. / Martinot, ...著者: Li, D. / Deng, Y. / Achab, A. / Bharathan, I. / Hopkins, B.A. / Yu, W. / Zhang, H. / Sanyal, S. / Pu, Q. / Zhou, H. / Liu, K. / Lim, J. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Lammens, A. / Martinot, T.A. / Cohen, R.D. / Doty, A.C. / Ferguson, H. / Nickbarg, E.B. / Cheng, M. / Spacciapoli, P. / Geda, P. / Song, X. / Smotrov, N. / Abeywickrema, P. / Andrews, C. / Chamberlin, C. / Mabrouk, O. / Curran, P. / Richards, M. / Saradjian, P. / Miller, J.R. / Knemeyer, I. / Otte, K.M. / Vincent, S. / Sciammetta, N. / Pasternak, A. / Bennett, D.J. / Han, Y.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月3日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5894
ポリマ－88,7102
非ポリマー8792
水2,792155
1
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7942
ポリマ－44,3551
非ポリマー4391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7942
ポリマ－44,3551
非ポリマー4391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.463, 93.499, 131.358
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 44355.102 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL TRUNCATED / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-U6G / 4-chloro-N-{[1-(3-chlorobenzene-1-carbonyl)-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-6-yl]methyl}benzamide


分子量: 439.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20Cl2N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 mM Tris pH 8.0, 20% (w/v) PEG6000, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→76.17 Å / Num. obs: 39371 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.04 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.43→2.68 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Num. unique obs: 10045 / CC1/2: 0.87 / Rrim(I) all: 0.403 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: previously solved structure

解像度: 2.43→76.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 17.46 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.232
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 971 2.4 %RANDOM
Rwork0.1979 ---
obs0.1988 38760 97.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.28 Å2 / Biso min: 36.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.05 Å20 Å2-0 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→76.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5960 0 60 155 6175
Biso mean--46.52 55.32 -
残基数----752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196183
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1051.9738394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.899313558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7285766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.50324.074270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.538151044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.4531533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2919
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021447
LS精密化 シェル解像度: 2.431→2.494 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 73 -
Rwork0.313 2829 -
all-2902 -
obs--97.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.26630.84631.73622.46770.03541.7598-0.210.73610.2105-0.02960.0691-0.2901-0.03160.56490.14080.1662-0.0326-0.05730.20590.09080.182292.08122.27726.564
23.69771.02181.97291.32240.36052.2914-0.11760.11720.1058-0.009-0.02160.04970.00320.03110.13920.1575-0.0273-0.01930.03350.03820.06972.76116.56223.333
36.3384-2.4983.97821.4264-1.51118.4682-0.1957-0.96780.39990.43850.0452-0.1192-0.5916-0.64420.15050.3593-0.22660.06810.44670.00380.234963.28513.55735.811
44.0446-1.0449-1.56562.46380.97843.3459-0.12680.3562-0.47490.0622-0.31320.73210.1812-0.94570.43990.1588-0.0321-0.00030.4137-0.10210.30642.58543.86218.485
53.2989-0.6416-1.67751.50970.66922.734-0.01690.0863-0.1411-0.0447-0.15280.07520.0444-0.27190.16980.09960.0233-0.04170.0703-0.02680.031162.20745.04513.11
66.4686-5.7493-2.28149.86525.10365.3149-0.1951-0.5787-0.07670.5820.09050.15090.23040.02820.10450.1324-0.042-0.0740.11290.0010.100571.70253.8321.636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2A108 - 335
3X-RAY DIFFRACTION3A336 - 403
4X-RAY DIFFRACTION4B10 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5B108 - 335
6X-RAY DIFFRACTION6B336 - 401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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