PDB-6wpc: Crystal structure of Bacillus thuringiensis Cry1A.2 tryptic core ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wpc

タイトル

Crystal structure of Bacillus thuringiensis Cry1A.2 tryptic core variant

要素

Cry1A.2

キーワード

TOXIN / Bacillus thuringiensis / B.t. / 3-domain Cry

生物種

Bacillus thuringiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Rydel, T.J. / Evdokimov, A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: Bacillus thuringiensis chimeric proteins Cry1A.2 and Cry1B.2 to control soybean lepidopteran pests: New domain combinations enhance insecticidal spectrum of activity and novel receptor contributions.
著者: Chen, D. / Moar, W.J. / Jerga, A. / Gowda, A. / Milligan, J.S. / Bretsynder, E.C. / Rydel, T.J. / Baum, J.A. / Semeao, A. / Fu, X. / Guzov, V. / Gabbert, K. / Head, G.P. / Haas, J.A.

履歴

登録	2020年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wpc.cif.gz	569.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wpc.ent.gz	377.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wpc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wpc_validation.pdf.gz	461 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wpc_full_validation.pdf.gz	508.9 KB	表示
XML形式データ	6wpc_validation.xml.gz	82.6 KB	表示
CIF形式データ	6wpc_validation.cif.gz	111.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wpc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wpc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4arxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ary-4 4ary-1 4qx1-d 4arx-3 4arx-1 4arx-2 4ary-2 7ear-d 6dj4-d 4qx0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cry1A.2

B: Cry1A.2

C: Cry1A.2

D: Cry1A.2

265 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Cry1A.2

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Exists as monomer in solution
66.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cry1A.2

登録者が定義した集合体
66.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cry1A.2

登録者が定義した集合体
66.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Cry1A.2

登録者が定義した集合体
66.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.578, 225.820, 239.945
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	SER	SER	(chain 'A' and (resid 53 through 305 or resid 307...	A	A	53 - 304	4 - 255
1	2	GLY	GLY	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 53 through 305 or resid 307...	A	A	307 - 539	258 - 490
1	3	TYR	TYR	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 53 through 305 or resid 307...	A	A	544 - 639	495 - 590
2	4	GLY	GLY	SER	SER	(chain 'B' and (resid 53 through 305 or resid 307...	B	B	53 - 304	4 - 255
2	5	GLY	GLY	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 53 through 305 or resid 307...	B	B	307 - 539	258 - 490
2	6	TYR	TYR	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 53 through 305 or resid 307...	B	B	544 - 639	495 - 590
3	7	GLY	GLY	SER	SER	(chain 'C' and (resid 53 through 305 or resid 307...	C	C	53 - 304	4 - 255
3	8	GLY	GLY	PRO	PRO	(chain 'C' and (resid 53 through 305 or resid 307...	C	C	307 - 539	258 - 490
3	9	TYR	TYR	LEU	LEU	(chain 'C' and (resid 53 through 305 or resid 307...	C	C	544 - 639	495 - 590
4	10	GLY	GLY	SER	SER	(chain 'D' and (resid 53 through 305 or resid 307...	D	D	53 - 304	4 - 255
4	11	GLY	GLY	PRO	PRO	(chain 'D' and (resid 53 through 305 or resid 307...	D	D	307 - 539	258 - 490
4	12	TYR	TYR	LEU	LEU	(chain 'D' and (resid 53 through 305 or resid 307...	D	D	544 - 639	495 - 590

#1: タンパク質	Cry1A.2 分子量: 66337.359 Da / 分子数: 4 / 変異: Y140R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 発現宿主: Bacillus thuringiensis (バクテリア)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.04 % / 解説: triangular & square plates
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Wizard 12 screen H7 (10% PEG8000, 0.1 M Tris, pH 7.0, 0.2 M magnesium chloride)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月20日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.99→120 Å / Num. obs: 62795 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.47 % / B_iso Wilson estimate: 45.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.182 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 1992 / % possible all: 60.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4ARX

4arx

解像度: 2.99→46.12 Å / SU ML: 0.3469 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.5723
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2579	3182	5.09 %
R_work	0.1976	59342	-
obs	0.2008	62524	94.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.99→46.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18660	0	0	66	18726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0123	19140
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5558	26035
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1006	2843
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	3409
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.1598	2639

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.99-3.04	0.3969	72	0.3019	1495	X-RAY DIFFRACTION	54.69
3.04-3.09	0.3528	101	0.294	1991	X-RAY DIFFRACTION	73.9
3.09-3.14	0.3822	106	0.2921	2231	X-RAY DIFFRACTION	82.32
3.14-3.19	0.3483	128	0.2715	2390	X-RAY DIFFRACTION	87.89
3.19-3.25	0.3273	144	0.2557	2466	X-RAY DIFFRACTION	92.23
3.25-3.31	0.2797	128	0.2572	2581	X-RAY DIFFRACTION	95.39
3.31-3.38	0.3204	139	0.2548	2645	X-RAY DIFFRACTION	96.9
3.38-3.45	0.3276	135	0.2537	2680	X-RAY DIFFRACTION	98.88
3.45-3.53	0.3079	132	0.2368	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.37
3.53-3.62	0.3191	145	0.2275	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.12
3.62-3.72	0.2945	149	0.2216	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.72-3.83	0.3096	158	0.2114	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.83-3.95	0.2928	146	0.2054	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.95-4.09	0.2401	128	0.1895	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.09-4.26	0.2284	197	0.1741	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.26-4.45	0.2329	145	0.1641	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.45-4.68	0.204	138	0.1492	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.68-4.98	0.1958	146	0.1372	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.98-5.36	0.2339	174	0.1456	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.83
5.36-5.9	0.2057	148	0.1648	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.76
5.9-6.75	0.2286	161	0.1715	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
6.75-8.5	0.1774	128	0.1692	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.93
8.5-46.12	0.215	134	0.1736	2750	X-RAY DIFFRACTION	94.31

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