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万見
- PDB-6wp7: Avenolide Binding Autoregulator AvaR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wp7
タイトルAvenolide Binding Autoregulator AvaR1
要素AvaR1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcriptional Repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-butyrolactone receptor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avermitilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kapoor, I. / Olivares, P.J. / Nair, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Biochemical basis for the regulation of biosynthesis of antiparasitics by bacterial hormones.
著者: Kapoor, I. / Olivares, P. / Nair, S.K.
履歴
登録2020年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AvaR1
B: AvaR1
C: AvaR1
D: AvaR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,2764
ポリマ－109,2764
非ポリマー00
水4,486249
1
A: AvaR1
B: AvaR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6382
ポリマ－54,6382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
2
C: AvaR1
D: AvaR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6382
ポリマ－54,6382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.030, 78.920, 130.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAMSEMSEAA8 - 21718 - 227
21ALAALAMSEMSEBB8 - 21718 - 227
12GLNGLNALAALAAA13 - 21523 - 225
22GLNGLNALAALACC13 - 21523 - 225
13ARGARGMSEMSEAA7 - 21717 - 227
23ARGARGMSEMSEDD7 - 21717 - 227
14GLNGLNALAALABB13 - 21523 - 225
24GLNGLNALAALACC13 - 21523 - 225
15ALAALAMSEMSEBB8 - 21718 - 227
25ALAALAMSEMSEDD8 - 21718 - 227
16GLNGLNALAALACC13 - 21523 - 225
26GLNGLNALAALADD13 - 21523 - 225

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
AvaR1 / Putative gamma-butyrolactone receptor protein


分子量: 27319.021 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア)
株: ATCC 31267 / DSM 46492 / JCM 5070 / NBRC 14893 / NCIMB 12804 / NRRL 8165 / MA-4680
遺伝子: avaR1, SAVERM_3705 / プラスミド: Rosetta
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q82H41
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 10 % PEG 1000, 0.1M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate pH 4.2, 0.2M Lithium sulfate, 4% v/v tert-butanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→39.27 Å / Num. obs: 64582 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.58 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.62
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 3320 / % possible all: 99.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→39.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 12.401 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.661 / ESU R Free: 0.312
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2754 1666 5 %RANDOM
Rwork0.2205 ---
obs0.2233 31643 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.76 Å2 / Biso mean: 52.803 Å2 / Biso min: 13.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.11 Å20 Å20.18 Å2
2---2.22 Å2-0 Å2
3----1.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→39.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6535 0 0 249 6784
Biso mean---44.63 -
残基数----841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.989000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.012314718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6475837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74223.115305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.756151094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2751567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021365
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A125920.11
12B125920.11
21A120000.1
22C120000.1
31A125960.1
32D125960.1
41B120880.12
42C120880.12
51B125100.11
52D125100.11
61C119340.11
62D119340.11
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 124 -
Rwork0.316 2346 -
all-2470 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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