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- PDB-6wp0: The Crystal Structure of Domain-Swapped Trimer Q108K:T51D variant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wp0
タイトルThe Crystal Structure of Domain-Swapped Trimer Q108K:T51D variant of HCRBPII
要素Retinol-binding protein 2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / iLBP
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin A metabolic process / molecular carrier activity / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Retinol-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Ghanbarpour, A. / Geiger, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM101353 米国
引用
ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: Human Cellular Retinol Binding Protein II Forms a Domain-Swapped Trimer Representing a Novel Fold and a New Template for Protein Engineering.
著者: Ghanbarpour, A. / Santos, E.M. / Pinger, C. / Assar, Z. / Hossaini Nasr, S. / Vasileiou, C. / Spence, D. / Borhan, B. / Geiger, J.H.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of Apo Domain-Swapped Trimer Q108K:K40D:T53A:R58L:Q38F:Q4F variant of HCRBPII
著者: Ghanbarpour, A. / Geiger, J.
履歴
登録2020年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Retinol-binding protein 2
B: Retinol-binding protein 2
C: Retinol-binding protein 2
D: Retinol-binding protein 2
E: Retinol-binding protein 2
F: Retinol-binding protein 2
G: Retinol-binding protein 2
H: Retinol-binding protein 2
I: Retinol-binding protein 2
J: Retinol-binding protein 2
K: Retinol-binding protein 2
L: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,40235
ポリマ－187,35012
非ポリマー2,05223
水1,13563
1
A: Retinol-binding protein 2
I: Retinol-binding protein 2
K: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3909
ポリマ－46,8373
非ポリマー5536
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12330 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
2
B: Retinol-binding protein 2
J: Retinol-binding protein 2
L: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,81714
ポリマ－46,8373
非ポリマー98011
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12400 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA
3
C: Retinol-binding protein 2
E: Retinol-binding protein 2
G: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1146
ポリマ－46,8373
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11390 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area20910 Å2
手法PISA
4
D: Retinol-binding protein 2
F: Retinol-binding protein 2
H: Retinol-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0816
ポリマ－46,8373
非ポリマー2433
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12540 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.565, 111.272, 101.826
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRILEILE(chain 'A' and (resid 1 or (resid 2 and (name...AA1 - 251 - 25
12PHEPHESERSER(chain 'A' and (resid 1 or (resid 2 and (name...AA27 - 5527 - 55
13PHEPHELYSLYS(chain 'A' and (resid 1 or (resid 2 and (name...AA57 - 13257 - 132
24THRTHRILEILE(chain 'B' and (resid 1 or (resid 2 and (name...BB1 - 251 - 25
25PHEPHESERSER(chain 'B' and (resid 1 or (resid 2 and (name...BB27 - 5527 - 55
26PHEPHELYSLYS(chain 'B' and (resid 1 or (resid 2 and (name...BB57 - 13257 - 132
37THRTHRILEILE(chain 'C' and (resid 1 or (resid 2 and (name...CC1 - 251 - 25
38PHEPHESERSER(chain 'C' and (resid 1 or (resid 2 and (name...CC27 - 5527 - 55
39PHEPHELYSLYS(chain 'C' and (resid 1 or (resid 2 and (name...CC57 - 13257 - 132
410THRTHRILEILE(chain 'D' and (resid 1 or (resid 2 and (name...DD1 - 251 - 25
411PHEPHESERSER(chain 'D' and (resid 1 or (resid 2 and (name...DD27 - 5527 - 55
412PHEPHELYSLYS(chain 'D' and (resid 1 or (resid 2 and (name...DD57 - 13257 - 132
513THRTHRILEILE(chain 'E' and (resid 1 or (resid 2 and (name...EE1 - 251 - 25
514PHEPHESERSER(chain 'E' and (resid 1 or (resid 2 and (name...EE27 - 5527 - 55
515PHEPHELYSLYS(chain 'E' and (resid 1 or (resid 2 and (name...EE57 - 13257 - 132
616THRTHRILEILE(chain 'F' and (resid 1 or (resid 2 and (name...FF1 - 251 - 25
617PHEPHESERSER(chain 'F' and (resid 1 or (resid 2 and (name...FF27 - 5527 - 55
618PHEPHELYSLYS(chain 'F' and (resid 1 or (resid 2 and (name...FF57 - 13257 - 132
719THRTHRILEILE(chain 'G' and (resid 1 through 8 or (resid 9...GG1 - 251 - 25
720PHEPHESERSER(chain 'G' and (resid 1 through 8 or (resid 9...GG27 - 5527 - 55
721PHEPHELYSLYS(chain 'G' and (resid 1 through 8 or (resid 9...GG57 - 13257 - 132
822THRTHRILEILE(chain 'H' and (resid 1 or (resid 2 and (name...HH1 - 251 - 25
823PHEPHESERSER(chain 'H' and (resid 1 or (resid 2 and (name...HH27 - 5527 - 55
824PHEPHELYSLYS(chain 'H' and (resid 1 or (resid 2 and (name...HH57 - 13257 - 132
925THRTHRILEILE(chain 'I' and (resid 1 or (resid 2 and (name...II1 - 251 - 25
926PHEPHESERSER(chain 'I' and (resid 1 or (resid 2 and (name...II27 - 5527 - 55
927PHEPHELYSLYS(chain 'I' and (resid 1 or (resid 2 and (name...II57 - 13257 - 132
1028THRTHRILEILE(chain 'J' and (resid 1 or (resid 2 and (name...JJ1 - 251 - 25
1029PHEPHESERSER(chain 'J' and (resid 1 or (resid 2 and (name...JJ27 - 5527 - 55
1030PHEPHELYSLYS(chain 'J' and (resid 1 or (resid 2 and (name...JJ57 - 13257 - 132
1131THRTHRILEILE(chain 'K' and (resid 1 through 8 or (resid 9...KK1 - 251 - 25
1132PHEPHESERSER(chain 'K' and (resid 1 through 8 or (resid 9...KK27 - 5527 - 55
1133PHEPHELYSLYS(chain 'K' and (resid 1 through 8 or (resid 9...KK57 - 13257 - 132
1234THRTHRILEILE(chain 'L' and (resid 1 through 4 or (resid 5...LL1 - 251 - 25
1235PHEPHESERSER(chain 'L' and (resid 1 through 4 or (resid 5...LL27 - 5527 - 55
1236PHEPHELYSLYS(chain 'L' and (resid 1 through 4 or (resid 5...LL57 - 13257 - 132

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要素

#1: タンパク質
Retinol-binding protein 2 / Cellular retinol-binding protein II / CRBP-II


分子量: 15612.487 Da / 分子数: 12 / 変異: Q108K, T51D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2
発現宿主: Bacterial expression vector pBEN1-SGC (その他)
参照: UniProt: P50120
#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium acetate, ammonium acetate, PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→46.9 Å / Num. obs: 43694 / % possible obs: 99.34 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 60.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.78→2.879 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4222 / % possible all: 96.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2rct

2rct


解像度: 2.78→46.9 Å / SU ML: 0.5618 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.98 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3205 1986 4.56 %
Rwork0.2757 41563 -
obs0.2777 43549 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12702 0 134 68 12904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002813042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.700517579
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04571915
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00322264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.74187663
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.850.4411400.36622868X-RAY DIFFRACTION95.95
2.85-2.930.4411390.35592954X-RAY DIFFRACTION99.65
2.93-3.010.44641470.35422958X-RAY DIFFRACTION99.71
3.01-3.110.4321480.35382962X-RAY DIFFRACTION99.84
3.11-3.220.38951410.33162950X-RAY DIFFRACTION99.55
3.22-3.350.41481420.3192973X-RAY DIFFRACTION99.81
3.35-3.50.35571370.29332975X-RAY DIFFRACTION99.78
3.5-3.690.30831410.28192983X-RAY DIFFRACTION99.62
3.69-3.920.30741410.2742947X-RAY DIFFRACTION99.68
3.92-4.220.27881500.24623001X-RAY DIFFRACTION99.81
4.22-4.640.26631400.22212967X-RAY DIFFRACTION99.81
4.64-5.320.25981390.23413007X-RAY DIFFRACTION99.75
5.32-6.70.30241410.26922982X-RAY DIFFRACTION99.65
6.7-49.60.30271400.2663036X-RAY DIFFRACTION98.57
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.4355609933 Å / Origin y: 6.86166188511 Å / Origin z: 23.5147586679 Å
111213212223313233
T0.518003653238 Å20.00660613163523 Å2-0.0304322084404 Å2-0.517392493324 Å20.00984290288408 Å2--0.638629237229 Å2
L0.153244001715 °2-0.0360522046755 °2-0.0219309507782 °2-0.0418070296342 °20.0262290906016 °2--0.0813589211991 °2
S-0.0108282719839 Å °0.00119408936274 Å °-0.0604988774534 Å °0.0398509797555 Å °-0.0210331384652 Å °-0.00267713967202 Å °0.0242531264799 Å °-0.00260275565397 Å °0.0249813998224 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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