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- PDB-6wom: Crystal structure of Aspartyl-tRNA ligase from Elizabethkingia sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wom
タイトルCrystal structure of Aspartyl-tRNA ligase from Elizabethkingia sp.
要素Aspartate--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Elizabethkingia sp. / AspRS / Aspartyl-tRNA ligase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate-tRNA ligase / aspartyl-tRNA aminoacylation / aspartate-tRNA ligase activity / nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate-tRNA ligase, type 1 / GAD domain / GAD domain / GAD-like domain superfamily / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II ...Aspartate-tRNA ligase, type 1 / GAD domain / GAD domain / GAD-like domain superfamily / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Aspartyl-tRNA ligase from Elizabethkingia sp.
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate--tRNA ligase
B: Aspartate--tRNA ligase
C: Aspartate--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,0975
ポリマ－202,9043
非ポリマー1922
水18,7001038
1
A: Aspartate--tRNA ligase
B: Aspartate--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,4624
ポリマ－135,2702
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10880 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area48610 Å2
手法PISA
2
C: Aspartate--tRNA ligase

C: Aspartate--tRNA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,2702
ポリマ－135,2702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8620 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area46330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.370, 106.570, 93.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 8 or (resid 9...
21(chain B and (resid 1 through 8 or (resid 9...
31(chain C and (resid 1 through 97 or resid 99...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISHISHIS(chain A and (resid 1 through 8 or (resid 9...AA08
21HISHISHISHIS(chain B and (resid 1 through 8 or (resid 9...BB08
31METMETVALVAL(chain C and (resid 1 through 97 or resid 99...CC1 - 979 - 105
32LYSLYSALAALA(chain C and (resid 1 through 97 or resid 99...CC99 - 148107 - 156
33LYSLYSVALVAL(chain C and (resid 1 through 97 or resid 99...CC150 - 97158 - 105
34METMETLEULEU(chain C and (resid 1 through 97 or resid 99...CC1 - 5789 - 586
35PHEPHELYSLYS(chain C and (resid 1 through 97 or resid 99...CC295 - 305303 - 313
36ASPASPASPASP(chain C and (resid 1 through 97 or resid 99...CC306314
37METMETLEULEU(chain C and (resid 1 through 97 or resid 99...CC1 - 5789 - 586
38METMETLEULEU(chain C and (resid 1 through 97 or resid 99...CC1 - 5789 - 586
39METMETLEULEU(chain C and (resid 1 through 97 or resid 99...CC1 - 5789 - 586
310METMETLEULEU(chain C and (resid 1 through 97 or resid 99...CC1 - 5789 - 586

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要素

#1: タンパク質 Aspartate--tRNA ligase / Aspartyl-tRNA synthetase / AspRS


分子量: 67634.805 Da / 分子数: 3 / 断片: ElmeA.00145.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis (バクテリア)
遺伝子: aspS, AYC66_05975, BAY09_04240, BAY10_00500 / プラスミド: ElmeA.00145.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1T3DDI2, aspartate-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1038 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Anatrace/Microlytic MGSG1 screen, condition C8: 25% (w/V) PEG 4000, 200mM Ammonium sulfate, 100mM sodium citrate tribasic / HCl pH 5.6: ElmeA.00145.a.B1.PW38328 at 22.48mg/ml: tray: 295094c8: ...詳細: Anatrace/Microlytic MGSG1 screen, condition C8: 25% (w/V) PEG 4000, 200mM Ammonium sulfate, 100mM sodium citrate tribasic / HCl pH 5.6: ElmeA.00145.a.B1.PW38328 at 22.48mg/ml: tray: 295094c8: cryo: 15% EG, puck tcq3-6. Subunit C has few crystal lattice contactsleading to poor electron density.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月18日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→36.07 Å / Num. obs: 120694 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.855 % / Biso Wilson estimate: 44.505 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 16.86 / Num. measured all: 465254 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.15-2.213.8150.5752.3733633904088150.7910.66997.5
2.21-2.273.9120.4713.0433736878686230.8690.54598.1
2.27-2.333.9140.3763.833019860184370.9090.43598.1
2.33-2.43.9120.3094.5231819826681340.9390.35798.4
2.4-2.483.9140.2455.5731149809879590.9580.28498.3
2.48-2.573.910.1976.9229930777276550.9720.22898.5
2.57-2.673.9030.1538.7129039754874400.9830.17798.6
2.67-2.783.9020.12710.3127799722971250.9870.14898.6
2.78-2.93.8960.09913.0326744696568650.9920.11598.6
2.9-3.043.8740.07816.425435665365650.9950.0998.7
3.04-3.213.860.05820.7324174633462620.9970.06898.9
3.21-3.43.8410.04625.3422763599859270.9980.05398.8
3.4-3.633.8230.03630.6821296563255700.9980.04298.9
3.63-3.933.7860.03135.0719746527352160.9990.03698.9
3.93-4.33.770.02839.2918019483747800.9990.03298.8
4.3-4.813.7690.02542.8516258436143140.9990.02998.9
4.81-5.553.7510.02542.1214477388938600.9990.02999.3
5.55-6.83.7450.02541.7412172329032500.9990.02998.8
6.8-9.623.70.02146.029353255925280.9990.02598.8
9.62-36.073.4280.0247.554693144513690.9990.02394.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18rc7 3834精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1g51A as per MorDA

解像度: 2.15→36.07 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2253 2019 1.67 %0
Rwork0.1871 ---
obs0.1878 120658 98.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 235.01 Å2 / Biso mean: 54.8857 Å2 / Biso min: 22.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→36.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13151 0 10 1049 14210
Biso mean--69.98 47.87 -
残基数----1715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87718284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9964892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551991
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062440
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6956X-RAY DIFFRACTION8.99TORSIONAL
12B6956X-RAY DIFFRACTION8.99TORSIONAL
13C6956X-RAY DIFFRACTION8.99TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.20.29391450.24218363850898
2.2-2.260.28111240.23558441856598
2.26-2.330.27831530.22598395854898
2.33-2.410.29891540.21428386854098
2.41-2.490.26561340.21418430856498
2.49-2.590.23891320.20428476860898
2.59-2.710.26111410.20098425856699
2.71-2.850.26111250.21058514863999
2.85-3.030.26351550.20978471862699
3.03-3.260.24881560.19978485864199
3.26-3.590.21941500.18648524867499
3.59-4.110.20231480.16638535868399
4.11-5.180.18241480.1518557870599
5.18-36.070.19781540.17878637879198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9045-0.06020.09970.73720.02290.9534-0.0048-0.0396-0.0170.0328-0.01090.0948-0.0364-0.254600.25270.02120.00710.30580.01850.318818.61159.7923-8.9526
20.3344-0.2310.23360.60110.16111.0212-0.07320.0332-0.0321-0.08390.0734-0.06070.0580.038900.3018-0.01880.02180.23620.00580.288650.2061-2.7085-30.9162
30.2896-0.16350.23210.1566-0.18060.770.03410.03960.0072-0.0556-0.0327-0.0261-0.0149-0.098100.309-0.03020.02850.2934-0.01160.321743.073.4566-52.1592
41.3245-0.3832-0.13421.27680.0440.7774-0.1539-0.0105-0.1987-0.04170.1009-0.08340.12990.1771-00.33470.04260.07150.285-0.02580.410966.4807-29.7756-33.3357
50.1581-0.3052-0.13510.2225-0.18680.7054-0.0332-0.08610.00640.02810.02280.0077-0.07910.0333-00.28610.0013-0.01070.2837-0.00760.293149.90643.3444-17.5455
60.215-0.28580.24130.3594-0.07580.8028-0.0827-0.07920.03450.1230.1016-0.0214-0.01910.0366-00.29870.0148-0.01050.31080.00480.324947.135-2.2284-8.7541
70.3281-0.74660.47481.91-0.9720.584-0.12710.00820.16090.3544-0.0589-0.3162-0.20250.0157-0.00080.39510.0381-0.05870.30780.00630.382159.9654-3.368213.5827
80.3185-0.0066-0.55890.95160.12840.6315-0.0731-0.13790.04930.09840.0625-0.1932-0.03460.22350.00010.2455-0.0302-0.05240.3335-0.02660.307456.83487.0565-15.6218
90.01130.0114-0.299-0.2797-0.19520.15110.3926-0.2681-0.0709-0.1298-0.01130.49920.3038-0.36160.00220.8627-0.2618-0.11381.30890.12090.770782.986210.569858.6992
100.5184-0.14150.59391.0989-0.55681.65591.2050.3758-0.2785-0.4044-0.58280.2668-0.21181.01150.36820.56450.2379-0.12681.0316-0.08580.3697111.778719.922335.494
112.0789-0.87382.92490.9871-0.0532.06060.9059-0.3763-0.2987-0.0902-0.10220.02710.9635-0.09170.53680.5467-0.0661-0.18990.6139-0.02770.338986.099518.97679.8708
121.14240.03731.79630.6514-0.88971.27930.37830.52860.012-0.1281-0.0655-0.3204-0.03880.04080.06680.61820.0608-0.06571.1139-0.0210.5324109.823723.995828.5605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 134 )A0 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 135 through 263 )A135 - 263
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 264 through 582 )A264 - 582
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 134 )B0 - 134
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 135 through 206 )B135 - 206
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 207 through 263 )B207 - 263
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 264 through 503 )B264 - 503
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 504 through 582 )B504 - 582
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 157 )C1 - 157
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 158 through 263 )C158 - 263
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 264 through 443 )C264 - 443
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 444 through 578 )C444 - 578

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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