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万見
- PDB-6wnk: Macrocyclic peptides TDI5575 that selectively inhibit the Mycobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wnk
タイトルMacrocyclic peptides TDI5575 that selectively inhibit the Mycobacterium tuberculosis proteasome
要素(Proteasome subunit ...) x 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / proteasome inhibitor / Macrocyclic peptides / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrocyclic peptide TDI5575 / CITRIC ACID / DIMETHYLFORMAMIDE / Chem-U5Y / Proteasome subunit alpha / Proteasome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Hsu, H.C. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI070285 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Macrocyclic Peptides that Selectively Inhibit the Mycobacterium tuberculosis Proteasome.
著者: Zhang, H. / Hsu, H.C. / Kahne, S.C. / Hara, R. / Zhan, W. / Jiang, X. / Burns-Huang, K. / Ouellette, T. / Imaeda, T. / Okamoto, R. / Kawasaki, M. / Michino, M. / Wong, T.T. / Toita, A. / ...著者: Zhang, H. / Hsu, H.C. / Kahne, S.C. / Hara, R. / Zhan, W. / Jiang, X. / Burns-Huang, K. / Ouellette, T. / Imaeda, T. / Okamoto, R. / Kawasaki, M. / Michino, M. / Wong, T.T. / Toita, A. / Yukawa, T. / Moraca, F. / Vendome, J. / Saha, P. / Sato, K. / Aso, K. / Ginn, J. / Meinke, P.T. / Foley, M. / Nathan, C.F. / Darwin, K.H. / Li, H. / Lin, G.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha
B: Proteasome subunit alpha
C: Proteasome subunit alpha
D: Proteasome subunit alpha
E: Proteasome subunit alpha
F: Proteasome subunit alpha
G: Proteasome subunit alpha
H: Proteasome subunit beta
I: Proteasome subunit beta
J: Proteasome subunit beta
K: Proteasome subunit beta
L: Proteasome subunit beta
M: Proteasome subunit beta
N: Proteasome subunit beta
O: Proteasome subunit alpha
P: Proteasome subunit alpha
Q: Proteasome subunit alpha
R: Proteasome subunit alpha
S: Proteasome subunit alpha
T: Proteasome subunit alpha
U: Proteasome subunit alpha
V: Proteasome subunit beta
W: Proteasome subunit beta
X: Proteasome subunit beta
Y: Proteasome subunit beta
Z: Proteasome subunit beta
a: Proteasome subunit beta
b: Proteasome subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)730,00064
ポリマ－717,44728
非ポリマー12,55336
水21,1861176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area91200 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area218750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.635, 115.949, 208.113
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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Proteasome subunit ... , 2種, 28分子 ABCDEFGOPQRSTUHIJKLMNVWXYZab

#1: タンパク質
Proteasome subunit alpha / 20S proteasome alpha subunit / Proteasome core protein PrcA


分子量: 25971.975 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: prcA, MRA_2124 / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5U4D5, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質
Proteasome subunit beta / 20S proteasome beta subunit / Proteasome core protein PrcB


分子量: 25274.264 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: prcB, MRA_2125 / プラスミド: PACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5U4D6, proteasome endopeptidase complex

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非ポリマー , 4種, 1212分子

#3: 化合物
ChemComp-U5Y / (12S,15S)-N-[(2-fluorophenyl)methyl]-10,13-dioxo-12-{2-oxo-2-[(2R)-2-phenylpyrrolidin-1-yl]ethyl}-2-oxa-11,14-diazatricyclo[15.2.2.1~3,7~]docosa-1(19),3(22),4,6,17,20-hexaene-15-carboxamide


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 662.749 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H39FN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: Macrocyclic peptide TDI5575
#4: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物
ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE / ジメチルホルムアミド


分子量: 73.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 60mM sodium citrate (pH 6.2), 15% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07812 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07812 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→92.97 Å / Num. obs: 332027 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 42.06 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.28→2.4 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 48823 / CC1/2: 0.724 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot1.17.1_3660モデル構築
PHENIX1.17.1_3660精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TRG

5trg


解像度: 2.28→87.59 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 16401 4.94 %
Rwork0.1996 --
obs0.2015 331867 98.08 %
原子変位パラメータBiso mean: 53.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→87.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46316 0 908 1176 48400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002847947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.599364895
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04377293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00398540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.449217380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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