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- PDB-6wnh: Menin bound to inhibitor M-808 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wnh
タイトルMenin bound to inhibitor M-808
要素Menin
キーワードTRANSCRIPTION / Inhibitor / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Y-form DNA binding / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / MLL1/2 complex / negative regulation of JNK cascade / osteoblast development / T-helper 2 cell differentiation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding ...Y-form DNA binding / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / MLL1/2 complex / negative regulation of JNK cascade / osteoblast development / T-helper 2 cell differentiation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding / cleavage furrow / MLL1 complex / negative regulation of cell cycle / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation of osteoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / response to UV / four-way junction DNA binding / transcription repressor complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / response to gamma radiation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / phosphoprotein binding / Post-translational protein phosphorylation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / nuclear matrix / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / MAPK cascade / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chem-7MM / praseodymium triacetate / Menin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stuckey, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1-R01-CA208267 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of M-808 as a Highly Potent, Covalent, Small-Molecule Inhibitor of the Menin-MLL Interaction with StrongIn VivoAntitumor Activity.
著者: Xu, S. / Aguilar, A. / Huang, L. / Xu, T. / Zheng, K. / McEachern, D. / Przybranowski, S. / Foster, C. / Zawacki, K. / Liu, Z. / Chinnaswamy, K. / Stuckey, J. / Wang, S.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4737
ポリマ－61,0611
非ポリマー2,4116
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Mass Spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.549, 153.549, 81.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-702-

7PR

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要素

#1: タンパク質 Menin


分子量: 61061.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255
#2: 化合物 ChemComp-7MM / methyl [(1S,2R)-2-{(1S)-2-(azetidin-1-yl)-1-(3-fluorophenyl)-1-[1-({1-[4-({1-[4-(piperidin-1-yl)butanoyl]azetidin-3-yl}sulfonyl)phenyl]azetidin-3-yl}methyl)piperidin-4-yl]ethyl}cyclopentyl]carbamate


分子量: 821.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H65FN6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-7PR / praseodymium triacetate / 三酢酸プラセオジム(III)


分子量: 318.040 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9O6Pr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.96 M NaCl, 89 mM Bis-Tris pH 6.8, 0.178 M MgCl2 and 10.7 mM Pr Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 55230 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 2.55 / Num. unique obs: 2722 / CC1/2: 0.241 / Rpim(I) all: 1.274 / Rrim(I) all: 2.864 / Χ2: 0.591 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U84

3u84


解像度: 2.1→48.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU R Cruickshank DPI: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.209 / SU Rfree Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.184
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1722 4.76 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.193 36178 65.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 139.01 Å2 / Biso mean: 36 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3913 Å20 Å20 Å2
2--0.3913 Å20 Å2
3----0.7826 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3701 0 232 252 4185
Biso mean--48.35 35.27 -
残基数----481
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1805SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes686HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4024HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion495SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4639SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4024HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5578HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.71
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 30 4.14 %
Rwork0.2186 694 -
all0.2197 724 -
obs--21.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.97910.63790.33491.3998-0.08871.07880.02150.0606-0.2131-0.0006-0.1037-0.0349-0.0315-0.03630.0822-0.10730.02730.0495-0.02830.02060.0399-40.64453.5985-28.3166
21.90890.41810.35811.28380.24490.78180.0605-0.141-0.2210.1575-0.0396-0.0127-0.0484-0.1516-0.0209-0.08490.00130.0569-0.09220.0942-0.031-25.887610.9633-16.2033
30.9099-0.1110.2861.21280.90771.0536-0.00860.1653-0.0699-0.03970.2138-0.3495-0.02890.1761-0.2052-0.1056-0.04450.0944-0.1216-0.01160.13964.988118.046-24.51
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|2 - 81}A2 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2{A|82 - 333}A82 - 333
3X-RAY DIFFRACTION3{A|334 - 581}A334 - 581

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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