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- PDB-6wmv: Structure of a phosphatidylinositol-phosphate synthase (PIPS) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wmv
タイトルStructure of a phosphatidylinositol-phosphate synthase (PIPS) from Mycobacterium kansasii with evidence of substrate binding
要素AfCTD-Phosphatidylinositol-phosphate synthase (PIPS) fusion
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CDP-alcohol phosphotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / phosphotransferase activity, for other substituted phosphate groups / phospholipid biosynthetic process / nucleotide binding / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A - #30 / Phosphatidylinositol phosphate synthase PgsA1 / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase AF_2299-like, N-terminal / CDP-alcohol phosphotransferase transmembrane (TM) domain / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferase, transmembrane domain / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature. ...Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A - #30 / Phosphatidylinositol phosphate synthase PgsA1 / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase AF_2299-like, N-terminal / CDP-alcohol phosphotransferase transmembrane (TM) domain / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferase, transmembrane domain / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature. / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Octadecane / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CITRATE ANION / L-MYO-INOSITOL-1-PHOSPHATE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / CDP-alcohol phosphatidyltransferase AF-2299-like N-terminal domain-containing protein / CDP-alcohol phosphatidyltransferase AF-2299-like N-terminal domain-containing protein / Phosphatidylinositol phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
Mycobacterium kansasii ATCC 12478 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.142 Å
データ登録者Belcher Dufrisne, M. / Jorge, C.D. / Timoteo, C.G. / Petrou, V.I. / Ashraf, K.U. / Banerjee, S. / Clarke, O.B. / Santos, H. / Mancia, F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI119672 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM132120 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM111980 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural and Functional Characterization of Phosphatidylinositol-Phosphate Biosynthesis in Mycobacteria.
著者: Belcher Dufrisne, M. / Jorge, C.D. / Timoteo, C.G. / Petrou, V.I. / Ashraf, K.U. / Banerjee, S. / Clarke, O.B. / Santos, H. / Mancia, F.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.classification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AfCTD-Phosphatidylinositol-phosphate synthase (PIPS) fusion
C: AfCTD-Phosphatidylinositol-phosphate synthase (PIPS) fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,66628
ポリマ－80,7782
非ポリマー5,88826
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, PIPS from Mycobacterium kansasii crystallizes as a dimer as other PIPS enzymes from Renibacterium salmoninarum (PDB 5D91 and 5D92) and Mycobacterium tuberculosis (PDB 6H53, 6H5A, ...根拠: homology, PIPS from Mycobacterium kansasii crystallizes as a dimer as other PIPS enzymes from Renibacterium salmoninarum (PDB 5D91 and 5D92) and Mycobacterium tuberculosis (PDB 6H53, 6H5A, 6H59) as well as other members of the CDP-alcohol phosphotransferase family such as IPCT-DIPPS (PDB 4MND) and Af2299 (PDB 4Q7C, 4O6M, 4O6N).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area30410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.089, 60.857, 85.417
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid -139 and (name N or name...
21(chain C and (resid -139 through -126 or (resid -125...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETMETMET(chain A and ((resid -139 and (name N or name...AA-1391
12METMETILEILE(chain A and ((resid -139 and (name N or name...AA-139 - 2091 - 347
13METMETILEILE(chain A and ((resid -139 and (name N or name...AA-139 - 2091 - 347
14METMETILEILE(chain A and ((resid -139 and (name N or name...AA-139 - 2091 - 347
15METMETILEILE(chain A and ((resid -139 and (name N or name...AA-139 - 2091 - 347
21METMETGLUGLU(chain C and (resid -139 through -126 or (resid -125...CB-139 - -1261 - 14
22LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid -139 through -126 or (resid -125...CB-12515

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 AfCTD-Phosphatidylinositol-phosphate synthase (PIPS) fusion


分子量: 40388.797 Da / 分子数: 2 / 変異: D17L,Q77L,G79S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌), (組換発現) Mycobacterium kansasii ATCC 12478 (バクテリア)
遺伝子: XD40_0003, XD48_0797, MKAN_26045 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A101DFK9, UniProt: U5WZP7, UniProt: O27985*PLUS

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非ポリマー , 10種, 53分子

#2: 化合物 ChemComp-LIP / L-MYO-INOSITOL-1-PHOSPHATE


分子量: 258.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン


分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O6P
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 化合物
ChemComp-8K6 / Octadecane / N-Octadecane / オクタデカン


分子量: 254.494 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.1
詳細: 100 mM NaCl, 100 mM Sodium Citrate, pH 6.1, 40 mM MgCl2, 29% PEG 400, 500 uM L-myo-inositol-1-phosphate (prepared in house), 2.5 mM CDP (Sigma) (precipitant). Concentrated protein at 30-35 ...詳細: 100 mM NaCl, 100 mM Sodium Citrate, pH 6.1, 40 mM MgCl2, 29% PEG 400, 500 uM L-myo-inositol-1-phosphate (prepared in house), 2.5 mM CDP (Sigma) (precipitant). Concentrated protein at 30-35 mg/ml was mixed with monoolein at a 1:1.5 protein to lipid ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月3日 / 詳細: MD2 diffractometer
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.142→78.083 Å / Num. obs: 26006 / % possible obs: 58.72 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 41.06 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07329 / Rpim(I) all: 0.07329 / Rrim(I) all: 0.1036 / Net I/σ(I): 9.78
反射 シェル解像度: 2.142→2.221 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.4034 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 69 / CC1/2: 0.594 / CC star: 0.863 / Rpim(I) all: 0.4034 / Rrim(I) all: 0.5705 / % possible all: 1.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
STARANISOデータスケーリング
PARROT位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D91,4O6M

5d91

4o6m


解像度: 2.142→78.083 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 1297 4.99 %
Rwork0.2228 --
obs0.2252 25995 58.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.15 Å2 / Biso mean: 45.381 Å2 / Biso min: 13.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.142→78.083 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5013 0 268 27 5308
Biso mean--54.22 39.3 -
残基数----672
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2871X-RAY DIFFRACTION11.366TORSIONAL
12C2871X-RAY DIFFRACTION11.366TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.142-2.22760.52930.2952842
2.2276-2.3290.6081230.28445910
2.329-2.45180.3598630.310293920
2.4518-2.60540.3141920.3008212845
2.6054-2.80650.32721670.2824310267
2.8065-3.0890.29242260.2905387983
3.089-3.5360.31042120.2475463598
3.536-4.45490.26472360.19394699100
4.4549-78.080.22732750.1916477399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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