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- PDB-6wmo: Human poly-N-acetyl-lactosamine synthase structure demonstrates a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wmo
タイトルHuman poly-N-acetyl-lactosamine synthase structure demonstrates a modular assembly of catalytic subsites for GT-A glycosyltransferases
要素N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase / GT-A fold / poly LacNAc synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / keratan sulfate proteoglycan biosynthetic process / poly-N-acetyllactosamine biosynthetic process / N-acetyl-beta-D-glucosaminide beta-(1,3)-galactosyltransferase activity / Keratan sulfate biosynthesis / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / axon guidance ...N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / keratan sulfate proteoglycan biosynthetic process / poly-N-acetyllactosamine biosynthetic process / N-acetyl-beta-D-glucosaminide beta-(1,3)-galactosyltransferase activity / Keratan sulfate biosynthesis / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / axon guidance / cellular response to leukemia inhibitory factor / sensory perception of smell / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A - #50 / Glycosyl transferase, family 31 / Galactosyltransferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kadirvelraj, R. / Wood, Z.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)1P01GM107012-02 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Comparison of human poly-N-acetyl-lactosamine synthase structure with GT-A fold glycosyltransferases supports a modular assembly of catalytic subsites.
著者: Kadirvelraj, R. / Yang, J.Y. / Kim, H.W. / Sanders, J.H. / Moremen, K.W. / Wood, Z.A.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
B: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,95219
ポリマ－84,4402
非ポリマー4,51117
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Ultracentrifugation: Velocity
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10510 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area28110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.190, 109.280, 147.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 56 through 147 or resid 149...
21(chain B and (resid 56 through 147 or resid 149...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 56 through 147 or resid 149...A56 - 147
121(chain A and (resid 56 through 147 or resid 149...A149
131(chain A and (resid 56 through 147 or resid 149...A151 - 211
141(chain A and (resid 56 through 147 or resid 149...A308 - 332
151(chain A and (resid 56 through 147 or resid 149...A334 - 35
161(chain A and (resid 56 through 147 or resid 149...A365 - 392
211(chain B and (resid 56 through 147 or resid 149...B56 - 147
221(chain B and (resid 56 through 147 or resid 149...B149
231(chain B and (resid 56 through 147 or resid 149...B151 - 211
241(chain B and (resid 56 through 147 or resid 149...B213 - 260
251(chain B and (resid 56 through 147 or resid 149...B56 - 392
261(chain B and (resid 56 through 147 or resid 149...B33
271(chain B and (resid 56 through 147 or resid 149...B334 - 392

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / Beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / Beta3Gn-T1 / 3-galactosyltransferase 7 / b3Gal-T7 / ...Beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / Beta3Gn-T1 / 3-galactosyltransferase 7 / b3Gal-T7 / Beta-3-Gx-T7 / UDP-Gal:beta-GlcNAc beta-1 / UDP-GlcNAc:betaGal beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / Beta3Gn-T2 / UDP-galactose:beta-N-acetylglucosamine beta-1


分子量: 42220.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B3GNT2, B3GALT7, B3GNT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9NY97, N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase

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糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 545.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-1/a3-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 240分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 24% PEG3350, 6% Ethylene glycol, 100 mM Hepes pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月21日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→37.848 Å / Num. obs: 67358 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.071 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 24.4 / Num. measured all: 947780 / Scaling rejects: 43
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2% possible allRrim(I) all
1.85-1.99.8991.0147310.44996.4
1.9-1.9512.6981.8347990.805100
1.95-2.0114.5792.5646920.867100
2.01-2.0714.5613.6745130.94100
2.07-2.1414.3835.1544300.96100
2.14-2.2114.3536.8742820.977100
2.21-2.2914.3279.0341460.987100
2.29-2.3914.44111.7939610.992100
2.39-2.4914.66715.3738070.994100
2.49-2.6214.88520.0936280.997100
2.62-2.7614.92425.2835060.998100
2.76-2.9214.90132.9533140.999100
2.92-3.1314.8341.631080.999100
3.13-3.3814.78751.3129100.999100
3.38-3.714.63264.0327161100
3.7-4.1414.52672.924281100
4.14-4.7714.35578.9121961100
4.77-5.8514.1178.4818471100
5.85-8.2713.67378.7414841100
8.27-37.84812.28582.81860198.70.027

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WMM

6wmm


解像度: 1.85→37.848 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2115 3367 5 %
Rwork0.1828 --
obs0.1842 67291 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.7 Å2 / Biso mean: 50.3168 Å2 / Biso min: 20.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→37.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5261 0 294 230 5785
Biso mean--55.13 48.22 -
残基数----638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015772
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9287843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057877
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006972
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7743427
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2987X-RAY DIFFRACTION7.059TORSIONAL
12B2987X-RAY DIFFRACTION7.059TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.85-1.87640.36361290.3552246796
1.8764-1.90440.39171330.305261899
1.9044-1.93420.31961490.27622664100
1.9342-1.96590.2971320.24442600100
1.9659-1.99980.29471460.23682654100
1.9998-2.03620.23641300.21572608100
2.0362-2.07530.22841430.20312643100
2.0753-2.11770.23431400.20012642100
2.1177-2.16370.22961390.2022655100
2.1637-2.21410.23261450.18642636100
2.2141-2.26940.22271300.1812646100
2.2694-2.33080.24061400.18642653100
2.3308-2.39930.24561410.19012660100
2.3993-2.47680.24591410.19162642100
2.4768-2.56530.23211400.18152659100
2.5653-2.6680.22111340.18542699100
2.668-2.78940.22981420.17462659100
2.7894-2.93640.22451430.1942647100
2.9364-3.12030.24811440.19272696100
3.1203-3.3610.2211390.18992679100
3.361-3.6990.20081460.17042732100
3.699-4.23360.17731420.1492711100
4.2336-5.33160.16051450.15732762100
5.3316-37.8480.19691540.19152892100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3212-0.18720.762.72680.26886.0432-0.20690.3504-0.3464-1.01770.0740.21970.7414-0.37140.15730.9301-0.07210.03490.3942-0.0780.419716.4604-24.4401-41.7151
25.3888-5.8296-3.13667.27742.66993.4765-0.36480.0549-0.59640.07870.03760.6440.7119-0.29840.29620.4884-0.13410.00930.2997-0.0590.306811.4157-18.157-32.6431
33.42221.38690.72383.02320.35397.14-0.0405-0.02460.30440.1015-0.12130.3971-0.2999-0.33440.15060.29080.03970.05140.2464-0.02540.275911.8326.9613-26.9056
40.86182.3764-1.63977.0412-5.77535.1152-0.16170.16760.1452-0.22350.36730.46740.2078-0.6907-0.1760.431-0.05330.03730.3773-0.03570.335410.1009-0.9764-24.2154
52.1035-0.9504-0.30735.6465-0.644.8617-0.02670.03760.066-0.10360.08480.3410.3757-0.3863-0.03640.2467-0.08640.0030.331-0.00970.28358.0424-3.3443-28.0389
63.81591.29570.85777.8749-2.93283.2234-0.0510.29780.1981-0.4471-0.03110.0449-0.40360.00870.09130.45590.01840.07760.3062-0.02170.202520.486410.1634-34.4638
72.1656-0.19750.21334.2142-1.39323.3489-0.03750.2854-0.1437-0.5075-0.0781-0.25910.2770.25790.11890.49440.00710.09840.3779-0.02490.213124.0437-6.9335-39.7061
85.6551.89111.60526.68842.36624.153-0.0809-0.16870.0040.04810.0487-0.8694-0.01491.6854-0.01830.3114-0.03450.05910.65920.03030.366734.20095.0185-30.4239
94.2449-3.0838-0.52035.95620.67664.61080.0087-0.21330.7199-0.4850.187-0.6829-0.84520.5186-0.14290.4694-0.15120.04190.437-0.03480.308128.595113.5628-21.8329
104.60350.86971.01763.05950.16954.6956-0.1696-0.47890.6890.38790.0525-1.0083-0.86830.67010.11210.4843-0.0803-0.13350.446-0.12360.704630.554614.635512.1798
110.56650.73290.71035.58080.21555.7078-0.0559-0.085-0.0233-0.0572-0.0040.22060.2579-0.55090.04770.1641-0.02840.00970.3189-0.02320.25338.6738-6.11972.0082
123.97262.7279-1.78116.6334-1.98327.3672-0.006-0.01180.1087-0.2577-0.00870.0644-0.2111-0.3071-0.02420.18080.06470.01860.2699-0.06670.238210.51053.1992-1.5651
132.37240.87020.7323.67051.16923.22930.1696-0.2929-0.47870.56470.066-1.07040.45060.348-0.12420.30090.0624-0.11860.39510.00430.543823.9788-6.676810.8496
145.1347-0.37393.35535.78062.04125.78360.06720.1169-0.52280.3530.0355-0.47371.07290.2848-0.08130.52460.04610.11210.3286-0.10740.498717.5677-18.6298-4.8064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 54 through 113 )A54 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 114 through 131 )A114 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 132 through 170 )A132 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 171 through 194 )A171 - 194
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 195 through 234 )A195 - 234
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 235 through 261 )A235 - 261
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 262 through 343 )A262 - 343
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 344 through 365 )A344 - 365
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 366 through 397 )A366 - 397
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 56 through 131 )B56 - 131
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 132 through 170 )B132 - 170
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 171 through 216 )B171 - 216
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 217 through 369 )B217 - 369
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 370 through 392 )B370 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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