PDB-6wmn: Human poly-N-acetyl-lactosamine synthase structure demonstrates a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wmn

タイトル

Human poly-N-acetyl-lactosamine synthase structure demonstrates a modular assembly of catalytic subsites for GT-A glycosyltransferases

要素

N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / GT-A fold / poly LacNAc synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase / : / UDP-galactose:beta-N-acetylglucosamine beta-1,3-galactosyltransferase activity / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / poly-N-acetyllactosamine biosynthetic process / keratan sulfate biosynthetic process / Keratan sulfate biosynthesis / O-glycan processing / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Kadirvelraj, R. / Wood, Z.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Comparison of human poly-N-acetyl-lactosamine synthase structure with GT-A fold glycosyltransferases supports a modular assembly of catalytic subsites.
著者: Kadirvelraj, R. / Yang, J.Y. / Kim, H.W. / Sanders, J.H. / Moremen, K.W. / Wood, Z.A.

履歴

登録	2020年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年4月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wmn.cif.gz	558.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wmn.ent.gz	459.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wmn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wmn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6wmmSC 6wmoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wmm-d 6p3j-d 1sa3-d 3g8y-1 1e0x-d 3i4k-4 4evq-d 5gmc-d 5hbe-d 2y4k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2

B: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2

C: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2

D: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2

B: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, Ultracentrifugation: Velocity
87.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2

D: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.210, 79.810, 157.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.890, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 57 through 170 or resid 174 through 361 or resid 373 through 387))
2	1	(chain B and (resid 57 through 72 or resid 91...
3	1	(chain C and (resid 57 through 72 or resid 91...
4	1	(chain D and (resid 57 through 72 or resid 91 through 387))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	ASN	ASN	(chain A and (resid 57 through 170 or resid 174 through 361 or resid 373 through 387))	A	A	57 - 170	24 - 137
1	2	GLN	GLN	LYS	LYS	(chain A and (resid 57 through 170 or resid 174 through 361 or resid 373 through 387))	A	A	174 - 361	141 - 328
1	3	MET	MET	TRP	TRP	(chain A and (resid 57 through 170 or resid 174 through 361 or resid 373 through 387))	A	A	373 - 387	340 - 354
2	1	ALA	ALA	PRO	PRO	(chain B and (resid 57 through 72 or resid 91...	B	B	57 - 72	24 - 39
2	2	SER	SER	ASN	ASN	(chain B and (resid 57 through 72 or resid 91...	B	B	91 - 170	58 - 137
2	3	GLN	GLN	LYS	LYS	(chain B and (resid 57 through 72 or resid 91...	B	B	174 - 361	141 - 328
2	4	MET	MET	TRP	TRP	(chain B and (resid 57 through 72 or resid 91...	B	B	373 - 387	340 - 354
3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	(chain C and (resid 57 through 72 or resid 91...	C	C	57 - 72	24 - 39
3	2	SER	SER	ASN	ASN	(chain C and (resid 57 through 72 or resid 91...	C	C	91 - 170	58 - 137
3	3	GLN	GLN	LYS	LYS	(chain C and (resid 57 through 72 or resid 91...	C	C	174 - 361	141 - 328
3	4	MET	MET	TRP	TRP	(chain C and (resid 57 through 72 or resid 91...	C	C	373 - 387	340 - 354
4	1	ALA	ALA	PRO	PRO	(chain D and (resid 57 through 72 or resid 91 through 387))	D	D	57 - 72	24 - 39
4	2	SER	SER	TRP	TRP	(chain D and (resid 57 through 72 or resid 91 through 387))	D	D	91 - 387	58 - 354

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / Beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / Beta3Gn-T1 / 3-galactosyltransferase 7 / b3Gal-T7 / ...Beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / Beta3Gn-T1 / 3-galactosyltransferase 7 / b3Gal-T7 / Beta-3-Gx-T7 / UDP-Gal:beta-GlcNAc beta-1 / UDP-GlcNAc:betaGal beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / Beta3Gn-T2 / UDP-galactose:beta-N-acetylglucosamine beta-1 分子量: 42220.207 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B3GNT2, B3GALT7, B3GNT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q9NY97, N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase

#1: タンパク質

N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / Beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / Beta3Gn-T1 / 3-galactosyltransferase 7 / b3Gal-T7 / ...

分子量: 42220.207 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B3GNT2, B3GALT7, B3GNT1 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9NY97, N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase

-
糖 , 3種, 8分子

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 301分子

#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 11% PEG3350, 12% Ethylene glycol, 100 mM Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月27日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.04→44.07 Å / Num. obs: 105155 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.515 % / B_iso Wilson estimate: 42.17 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.088 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 0.996 / Net I/σ(I): 13.89 / Num. measured all: 790241 / Scaling rejects: 86

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.04-2.09	7.29	0.99	7723	0.511	99.4
2.09-2.15	7.377	1.34	7474	0.605	99.5
2.15-2.21	7.362	1.83	7359	0.763	99.6
2.21-2.28	7.32	2.25	7108	0.829	99.6
2.28-2.36	7.508	3.03	6890	0.914	99.6
2.36-2.44	7.591	3.57	6683	0.927	99.8	0.62
2.44-2.53	7.679	4.82	6441	0.958	99.8
2.53-2.63	7.702	6.21	6231	0.971	99.9
2.63-2.75	7.651	8.11	6010	0.984	99.9
2.75-2.88	7.698	10.84	5697	0.993	100
2.88-3.04	7.693	13.87	5447	0.995	100
3.04-3.23	7.686	17.88	5167	0.997	99.9
3.23-3.45	7.629	24.18	4832	0.998	100
3.45-3.72	7.599	32.03	4547	0.999	100
3.72-4.08	7.536	37.86	4136	0.999	100
4.08-4.56	7.527	42.31	3780	0.999	100
4.56-5.27	7.462	44.46	3356	0.999	99.9
5.27-6.45	7.395	43.95	2820	0.999	100
6.45-9.12	7.176	47.65	2219	0.999	100
9.12-44.07	6.773	51.2	1235	0.997	97.9		0.038

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6WMM

6wmm

解像度: 2.04→44.07 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.87

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2321	5213	4.96 %
R_work	0.218	-	-
obs	0.2187	105083	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 144.97 Å² / B_iso mean: 58.866 Å² / B_iso min: 28.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.04→44.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10513	0	340	289	11142
B_iso mean	-	-	51.67	50.7	-
残基数	-	-	-	-	1273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11178
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.564	15167
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1659
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1901
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.228	6643

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6053	X-RAY DIFFRACTION	8.569	TORSIONAL
1	2	B	6053	X-RAY DIFFRACTION	8.569	TORSIONAL
1	3	C	6053	X-RAY DIFFRACTION	8.569	TORSIONAL
1	4	D	6053	X-RAY DIFFRACTION	8.569	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.04-2.0631	0.4104	158	0.404	3262	99
2.0631-2.0874	0.377	182	0.3824	3325	99
2.0874-2.1128	0.3851	149	0.3626	3294	99
2.1128-2.1396	0.3196	198	0.3442	3271	100
2.1396-2.1677	0.3553	174	0.3269	3362	99
2.1677-2.1974	0.3161	176	0.3057	3245	100
2.1974-2.2288	0.3245	185	0.2971	3302	99
2.2288-2.2621	0.3298	166	0.3031	3312	100
2.2621-2.2974	0.3289	167	0.2777	3298	99
2.2974-2.3351	0.2639	172	0.2717	3321	100
2.3351-2.3754	0.2919	161	0.2673	3314	100
2.3754-2.4186	0.2906	170	0.27	3330	100
2.4186-2.4651	0.315	149	0.2619	3310	100
2.4651-2.5154	0.2949	172	0.2522	3338	100
2.5154-2.5701	0.3093	184	0.2452	3337	100
2.5701-2.6299	0.2837	169	0.2403	3293	100
2.6299-2.6956	0.2601	190	0.2447	3344	100
2.6956-2.7685	0.2694	173	0.2367	3306	100
2.7685-2.8499	0.2499	164	0.2293	3352	100
2.8499-2.9419	0.2355	179	0.229	3324	100
2.9419-3.047	0.2498	191	0.2306	3344	100
3.047-3.169	0.241	176	0.2346	3337	100
3.169-3.3132	0.2084	167	0.2256	3320	100
3.3132-3.4878	0.2445	182	0.2036	3358	100
3.4878-3.7062	0.1901	170	0.1904	3346	100
3.7062-3.9922	0.1936	177	0.188	3366	100
3.9922-4.3936	0.1848	180	0.1709	3348	100
4.3936-5.0286	0.1993	176	0.1685	3360	100
5.0286-6.3325	0.1964	174	0.1975	3392	100
6.3325-44.07	0.2012	182	0.1997	3459	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7829	-0.6907	-1.3328	2.9107	0.5107	8.4359	-0.0729	-0.2551	0.1897	0.4117	-0.0705	0.8737	0.461	-1.6698	0.0943	0.5745	-0.0167	0.1773	0.9213	0.1071	0.8199	-31.654	9.6682	4.5641
2	4.3245	-1.3195	-3.8894	3.7348	2.015	5.7326	0.6016	0.5483	0.2081	-0.62	-0.25	1.0591	-0.4952	-1.5033	-0.3167	0.4065	0.0226	0.0253	0.8967	0.1531	0.7085	-30.2728	12.9802	-7.4959
3	2.2704	0.2449	-1.2596	2.5617	-1.928	4.356	-0.082	-0.6822	-0.2141	0.0041	-0.0171	-0.1272	0.5716	1.0092	0.0179	0.4617	0.0864	-0.0226	0.5454	0.0275	0.3418	-1.9661	0.5202	-8.6381
4	2.7388	-0.6298	-0.7523	3.1081	-1.0468	6.3085	-0.1807	-0.373	0.3169	0.0502	0.0411	0.0121	0.1607	-0.2617	-0.0913	0.3826	-0.0524	0.0106	0.3728	0.0298	0.3265	-9.4393	2.1697	-13.017
5	3.7319	-0.3176	-1.9559	2.3047	-0.9785	5.6446	-0.0756	-0.373	-0.1227	0.031	0.1067	0.1694	0.5353	-0.0637	-0.0916	0.388	-0.048	-0.0162	0.4414	0.0441	0.3501	-11.0667	1.047	-7.7496
6	3.2394	-0.3079	0.1118	2.5412	-0.1762	5.4028	0.0736	-0.9383	-0.2248	0.4444	0.1643	-0.1727	0.4984	1.3344	-0.2309	0.4982	0.0046	0.0008	1.0797	-0.1146	0.4514	3.3557	8.0449	5.2586
7	3.8616	-1.3558	-1.2683	2.4307	0.1728	4.7747	0.2277	-0.7987	0.506	0.462	0.2285	0.2299	-0.4974	0.1917	-0.4186	0.4832	-0.0967	0.161	0.6492	-0.078	0.5048	-15.9982	15.7906	3.2381
8	4.0454	1.6701	-1.5624	2.4573	0.4256	2.3118	0.1175	-0.2572	0.2956	-0.153	0.2602	-0.3522	-0.7996	0.6637	-0.4731	0.6888	-0.2619	0.1551	1.1103	-0.3161	0.6558	4.0834	20.8933	-0.9443
9	3.3695	-0.7165	2.6358	6.0792	1.8424	3.5116	0.4031	-1.0322	0.353	0.0062	-0.0622	-0.7518	-0.2527	1.3147	-0.3385	0.4118	-0.1445	0.0793	0.9386	-0.1455	0.4705	8.042	13.9187	-9.1887
10	2.9641	1.3953	-0.978	2.7265	-0.6046	3.3455	0.1187	-0.14	-0.0229	-0.0907	-0.2001	-0.5288	0.0326	0.6568	0.0813	0.3402	0.0758	0.0632	0.5509	-0.013	0.4268	16.1684	18.6848	-42.5448
11	2.9155	-0.6594	-0.6507	2.2707	-0.7644	7.1168	0.0069	0.4202	-0.4014	-0.3266	0.1466	0.1794	0.4318	-0.0614	-0.1995	0.399	-0.0143	-0.0311	0.2599	-0.0164	0.2974	-5.0685	7.8864	-34.7214
12	4.1453	1.7672	-0.9542	1.2791	-0.5961	3.8811	0.0037	0.0872	-0.4117	-0.3072	-0.0363	0.0046	0.4856	0.0327	0.0744	0.4275	0.0672	-0.0193	0.2874	-0.0301	0.3443	2.7337	6.9579	-37.5599
13	3.765	-1.1719	-1.4736	2.516	-0.1966	4.5468	-0.0305	0.9512	-0.1138	-0.1628	0.0594	0.4203	0.3278	-1.0562	-0.0739	0.4853	-0.0404	-0.052	0.639	0.0915	0.4022	-12.2818	15.0153	-46.2262
14	5.4907	1.7909	1.4619	1.7132	0.387	4.099	0.0116	0.4166	0.5566	-0.5297	0.2404	0.1281	-0.8137	-0.4066	-0.1571	0.6191	0.1483	0.1394	0.5435	0.1765	0.5966	-2.5647	28.1485	-46.4467
15	3.9787	-0.337	-2.3595	1.6041	-1.2565	2.7257	0.6003	-0.3198	1.2882	-0.1076	0.0684	0.8087	-0.9248	0.211	-0.5873	0.6395	-0.0831	0.2009	0.2736	-0.102	0.5996	9.2632	32.1368	-37.3292
16	4.4861	1.1014	-0.2125	1.8003	-0.0257	1.8965	0.1697	0.4777	0.1963	-0.1641	0.0709	-0.0589	0.0727	-0.0244	-0.2234	0.5703	0.0781	0.0629	0.5017	0.0813	0.4002	4.1008	20.9971	-48.6988
17	6.8487	-0.7063	-4.5569	2.3696	1.1815	6.2412	0.5678	0.6143	0.7738	0.2679	-0.1904	0.2833	-0.8968	-1.0154	-0.3245	0.6018	0.1048	0.0602	0.5823	0.2195	0.7634	-14.2493	28.2126	-39.7174
18	6.3037	-0.5102	3.7019	6.9844	-0.3994	5.0342	0.2256	0.7705	0.3382	-0.1516	-0.0714	0.9252	-0.0211	-0.9113	-0.0772	0.3674	0.0906	0.0359	0.7683	0.142	0.5157	-21.9779	18.4329	-35.0324
19	5.4895	0.2077	-0.3134	3.8822	-1.7445	4.2453	-0.1022	-0.0923	0.171	0.3278	0.0389	0.6031	-0.1503	-0.8327	0.0714	0.3703	0.0849	0.0682	0.7052	-0.0622	0.6686	-45.29	-20.025	-31.6806
20	4.2398	-0.0082	-1.3883	1.3039	0.8292	2.0735	-0.2615	0.3736	-0.3477	0.0108	0.0078	0.2241	0.3041	-0.4159	0.1873	0.3483	-0.0675	0.0553	0.3009	-0.0368	0.3693	-25.3209	-31.0009	-41.4816
21	6.1179	-0.5331	-0.7628	2.2679	-0.3623	5.3089	-0.3553	0.5572	-0.8432	-0.0976	0.0057	0.1116	0.6984	-0.3448	0.2111	0.4614	-0.0763	0.0767	0.4087	-0.0934	0.5772	-20.9762	-34.7395	-46.2575
22	4.6501	-0.0206	-0.3603	1.2339	-0.2174	2.6379	-0.1756	-0.5122	0.2169	0.2771	0.0509	-0.015	0.0143	0.0771	0.1419	0.3948	0.0217	0.0364	0.3928	-0.0451	0.4198	-23.505	-22.8803	-30.9564
23	9.6583	6.6844	-6.9538	7.1086	-4.9508	6.6753	-0.0841	-0.8171	0.221	0.1364	-0.297	-0.5339	-0.9747	0.3093	0.1998	0.4045	0.0351	-0.0511	0.533	-0.1374	0.4775	-11.3662	-14.7811	-31.8912
24	4.2353	0.2025	2.8952	4.2578	1.2004	6.2571	-0.0164	0.0507	0.1252	-0.1242	0.0291	-0.4063	-0.2728	0.9306	-0.0061	0.3437	-0.0574	0.0327	0.502	0.0039	0.4857	-1.287	-21.3329	-41.537
25	1.859	-0.6603	-0.3741	2.3943	-1.773	2.5195	0.2627	-0.3403	-0.0686	0.0427	-0.2697	-0.3799	-0.688	1.587	0.1291	0.643	-0.0795	0.1383	0.9381	-0.0996	0.5349	9.3691	-16.4532	-81.8282
26	1.2406	-0.7438	-2.1873	2.3521	-0.6887	5.4193	0.0787	-0.3645	-0.1801	0.1627	-0.4302	-0.3553	0.0567	0.6903	0.0913	0.4142	-0.0396	0.0515	0.772	-0.1333	0.4158	0.8081	-22.5191	-71.7355
27	0.357	-0.4286	1.0999	1.5361	-1.3175	6.8857	-0.2548	0.6709	-0.5868	-0.1725	0.0891	0.1518	0.6158	-0.8445	-0.0787	0.4261	-0.121	0.0036	0.912	-0.2356	0.4579	-17.1281	-28.453	-67.4031
28	4.04	1.5552	-3.2688	2.4204	-1.8693	6.2162	-0.3842	0.3106	-0.5778	-0.2688	-0.1777	-0.1834	0.7426	-0.4259	0.5553	0.4702	-0.0619	0.0531	0.6459	-0.1909	0.5219	-9.6572	-30.3527	-70.4964
29	4.3036	0.3255	2.6399	1.3496	-0.2433	1.7361	-0.2333	0.8811	-0.3174	-0.3553	0.0478	0.3393	0.2397	-1.7344	-0.1572	0.5161	-0.0017	-0.0787	1.4546	-0.1265	0.4589	-23.8957	-21.3348	-79.8829
30	5.0645	3.6758	5.3688	3.7803	3.4227	5.9546	0.1569	0.6971	0.4584	-0.7349	-0.0745	-0.0762	-1.8948	-1.1362	0.3228	0.8003	0.2137	0.0596	1.1277	-0.0675	0.5011	-13.2473	-9.1056	-80.7461
31	3.3242	-0.5765	-1.8784	3.5461	-2.9095	4.1615	0.7279	-0.1766	0.4215	0.1792	-0.1571	0.7394	-1.439	0.3732	-0.5528	0.9648	-0.1652	0.1617	0.6537	-0.171	0.5248	-1.3862	-5.6214	-71.7154
32	4.7007	0.5438	1.0684	2.8843	-1.2815	3.3256	0.1616	0.6601	0.1313	-0.314	-0.061	-0.0049	-0.4777	-0.6836	-0.0781	0.5783	0.0938	0.0534	0.8837	-0.0336	0.3128	-9.0717	-15.619	-82.7353
33	2.0261	0.1918	-0.8106	0.0582	-0.2795	3.9272	0.5259	0.8872	0.4155	-0.1949	-0.0496	0.1935	-1.354	-1.6466	0.3133	0.7006	0.3642	0.0948	1.3658	0.1065	0.4175	-27.3008	-13.7775	-66.8588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 57 through 99 )	A	57 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 100 through 131 )	A	100 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 132 through 170 )	A	132 - 170
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 171 through 194 )	A	171 - 194
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 195 through 245 )	A	195 - 245
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 270 )	A	246 - 270
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 271 through 343 )	A	271 - 343
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 344 through 368 )	A	344 - 368
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 369 through 392 )	A	369 - 392
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 56 through 143 )	B	56 - 143
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 144 through 194 )	B	144 - 194
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 195 through 234 )	B	195 - 234
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 235 through 261 )	B	235 - 261
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 262 through 286 )	B	262 - 286
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 287 through 302 )	B	287 - 302
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 303 through 343 )	B	303 - 343
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 344 through 364 )	B	344 - 364
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 365 through 397 )	B	365 - 397
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 57 through 113 )	C	57 - 113
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 114 through 163 )	C	114 - 163
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 164 through 216 )	C	164 - 216
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 217 through 342 )	C	217 - 342
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 343 through 362 )	C	343 - 362
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 363 through 397 )	C	363 - 397
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 57 through 99 )	D	57 - 99
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 100 through 143 )	D	100 - 143
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 144 through 194 )	D	144 - 194
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 195 through 234 )	D	195 - 234
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 235 through 261 )	D	235 - 261
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 262 through 286 )	D	262 - 286
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 287 through 302 )	D	287 - 302
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 303 through 352 )	D	303 - 352
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 353 through 387 )	D	353 - 387

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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