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- PDB-6wmm: Human poly-N-acetyl-lactosamine synthase structure demonstrates a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wmm
タイトルHuman poly-N-acetyl-lactosamine synthase structure demonstrates a modular assembly of catalytic subsites for GT-A glycosyltransferases
要素N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase / GT-A fold / poly LacNAc synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / keratan sulfate proteoglycan biosynthetic process / poly-N-acetyllactosamine biosynthetic process / N-acetyl-beta-D-glucosaminide beta-(1,3)-galactosyltransferase activity / Keratan sulfate biosynthesis / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / axon guidance ...N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / keratan sulfate proteoglycan biosynthetic process / poly-N-acetyllactosamine biosynthetic process / N-acetyl-beta-D-glucosaminide beta-(1,3)-galactosyltransferase activity / Keratan sulfate biosynthesis / protein O-linked glycosylation via N-acetyl-galactosamine / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / axon guidance / cellular response to leukemia inhibitory factor / sensory perception of smell / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 31 / Galactosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.548 Å
データ登録者Kadirvelraj, R. / Wood, Z.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)1P01GM107012-02 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Comparison of human poly-N-acetyl-lactosamine synthase structure with GT-A fold glycosyltransferases supports a modular assembly of catalytic subsites.
著者: Kadirvelraj, R. / Yang, J.Y. / Kim, H.W. / Sanders, J.H. / Moremen, K.W. / Wood, Z.A.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
B: N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,26317
ポリマ－85,0032
非ポリマー3,25915
水8,611478
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Ultracentrifugation: Velocity
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.730, 110.920, 147.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 57 through 71 or resid 91...
21(chain B and (resid 57 through 128 or resid 130...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 57 through 71 or resid 91...A57 - 71
121(chain A and (resid 57 through 71 or resid 91...A91 - 128
131(chain A and (resid 57 through 71 or resid 91...A130 - 169
141(chain A and (resid 57 through 71 or resid 91...A196 - 211
151(chain A and (resid 57 through 71 or resid 91...A57 - 394
161(chain A and (resid 57 through 71 or resid 91...A230 - 320
171(chain A and (resid 57 through 71 or resid 91...A57 - 394
181(chain A and (resid 57 through 71 or resid 91...A376 - 38
191(chain A and (resid 57 through 71 or resid 91...A7
1101(chain A and (resid 57 through 71 or resid 91...A389 - 394
211(chain B and (resid 57 through 128 or resid 130...B57 - 128
221(chain B and (resid 57 through 128 or resid 130...B130 - 169
231(chain B and (resid 57 through 128 or resid 130...B171 - 183
241(chain B and (resid 57 through 128 or resid 130...B185 - 194
251(chain B and (resid 57 through 128 or resid 130...B196 - 211
261(chain B and (resid 57 through 128 or resid 130...B213 - 228
271(chain B and (resid 57 through 128 or resid 130...B230 - 320
281(chain B and (resid 57 through 128 or resid 130...B322 - 374
291(chain B and (resid 57 through 128 or resid 130...B376 - 387
2101(chain B and (resid 57 through 128 or resid 130...B389 - 394

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / Beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / Beta3Gn-T1 / 3-galactosyltransferase 7 / b3Gal-T7 / ...Beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / Beta3Gn-T1 / 3-galactosyltransferase 7 / b3Gal-T7 / Beta-3-Gx-T7 / UDP-Gal:beta-GlcNAc beta-1 / UDP-GlcNAc:betaGal beta-1 / 3-N-acetylglucosaminyltransferase 2 / Beta3Gn-T2 / UDP-galactose:beta-N-acetylglucosamine beta-1


分子量: 42501.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B3GNT2, B3GALT7, B3GNT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9NY97, N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 489分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG3350, 16% Ethylene glycol, 100 mM Hepes pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月15日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.548→35.862 Å / Num. obs: 224051 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.592 % / Biso Wilson estimate: 22.83 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.082 / Net I/σ(I): 12.97
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.55-1.597.0350.89154670.43692.6
1.59-1.637.6161.14162980.524100
1.63-1.687.6341.6158090.676100
1.68-1.737.6492.14152950.784100
1.73-1.797.6742.85148630.856100
1.79-1.857.6943.86143750.913100
1.85-1.927.6945.35139220.948100
1.92-27.727.32132970.972100
2-2.097.7089.75128380.985100
2.09-2.197.73112.66122340.9911000.17
2.19-2.317.67915.62116650.994100
2.31-2.457.71318.74110160.9961000.1
2.45-2.627.68922.31103020.997100
2.62-2.827.62726.396620.9971000.07
2.82-3.097.55930.9388490.998100
3.09-3.467.45335.6480450.9991000.04
3.46-3.997.32439.770480.999100
3.99-4.897.41642.3459630.999100
4.89-6.927.38741.9645960.999100
6.92-35.8627.27743.1725070.99899.80.037

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.548→35.86 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1984 11184 5.01 %
Rwork0.1771 --
obs0.1782 223262 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.93 Å2 / Biso mean: 31.4559 Å2 / Biso min: 12.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.548→35.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5338 0 208 478 6024
Biso mean--33.45 40.11 -
残基数----648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0175772
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3467842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095854
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7692206
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2962X-RAY DIFFRACTION6.559TORSIONAL
12B2962X-RAY DIFFRACTION6.559TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5485-1.56610.42573050.392582982
1.5661-1.58450.32893700.33957085100
1.5845-1.60380.33393800.32957115100
1.6038-1.62410.32323750.32067159100
1.6241-1.64550.35813690.30347034100
1.6455-1.6680.29473800.27547150100
1.668-1.69190.27153720.25657097100
1.6919-1.71710.293720.25357120100
1.7171-1.74390.2453810.23947108100
1.7439-1.77250.27473720.23117073100
1.7725-1.80310.2463810.23117179100
1.8031-1.83590.2533750.21387059100
1.8359-1.87120.22053800.20497153100
1.8712-1.90940.22283760.18977055100
1.9094-1.95090.23283810.1877195100
1.9509-1.99630.22023720.17627031100
1.9963-2.04620.20063730.17687165100
2.0462-2.10150.20833740.17287096100
2.1015-2.16330.20433790.17227095100
2.1633-2.23320.21113690.16887130100
2.2332-2.3130.2013730.16367158100
2.313-2.40550.1953700.16477057100
2.4055-2.5150.20413740.1787137100
2.515-2.64760.19223760.16357099100
2.6476-2.81340.19183670.16377142100
2.8134-3.03050.19193820.1657134100
3.0305-3.33530.16453770.16047080100
3.3353-3.81740.17963800.15267113100
3.8174-4.80770.13653720.14067118100
4.8077-35.860.19983770.17997112100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48750.1423-0.40461.4796-0.20072.0541-0.15030.1479-0.3886-0.2163-0.0356-0.28180.43170.26070.06110.24780.04640.06330.2237-0.01760.279124.576345.274362.5361
21.2472-0.4575-0.22622.698-0.12183.28960.00920.0171-0.0441-0.04-0.00020.10240.1106-0.1404-0.04710.1014-0.0081-0.01290.1975-0.01130.148710.589555.73175.4202
31.5937-0.5387-0.20042.1622-0.06211.89720.01330.09050.1687-0.1419-0.0531-0.4121-0.20810.2610.00760.153-0.01450.01910.25670.03070.212524.318361.816162.2529
45.03350.686-0.70392.44031.32674.8120.1360.04730.6432-0.0125-0.0932-0.3234-0.60070.34970.00650.3595-0.0615-0.01490.2468-0.0090.33318.073576.103877.1561
53.7233-1.0893-0.64373.5261.43883.86390.1432-0.54880.45891.0335-0.442-0.1912-0.51920.29650.23350.5311-0.0268-0.07550.293-0.03790.283821.010578.8393121.1545
62.05171.21920.88982.7250.99141.2988-0.1525-0.21290.26180.0993-0.06260.4261-0.3002-0.20360.20290.32050.0339-0.01560.1917-0.02580.255413.063378.4015108.2829
70.8601-0.57140.21422.4502-0.94763.20820.01640.0225-0.07790.01740.00290.19980.0144-0.1343-0.0160.1333-0.0111-0.01810.1534-0.01010.160711.780551.701499.3645
80.99180.2131-0.18772.12910.21222.6267-0.02410.03780.03010.00260.00070.2007-0.1181-0.1951-0.0030.17040.0305-0.0130.16830.00030.18718.682758.9775101.4381
91.3663-0.3214-0.14860.9712-0.29762.2416-0.009-0.0098-0.05370.1359-0.01140.04780.0588-0.0340.02820.2279-0.0045-0.0150.1498-0.00040.186421.087945.7376107.8567
100.9529-0.2559-0.15443.1872-0.05011.5085-0.0116-0.04420.05580.1899-0.0567-0.2717-0.04150.08890.0820.2102-0.0125-0.0490.18180.00410.160224.53963.0298113.1788
114.3186-2.5975-2.96864.42623.28728.57020.08990.03360.0958-0.17150.079-0.5251-0.12770.9443-0.19730.2032-0.0368-0.04020.27170.03970.291233.427351.942106.2334
122.35731.48770.09373.73730.35792.11810.0474-0.0968-0.2282-0.0162-0.0151-0.50030.36160.3860.00390.22220.08360.00850.24450.02140.226628.977841.999195.6402
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 57 through 154 )A57 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 155 through 216 )A155 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 217 through 365 )A217 - 365
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 366 through 394 )A366 - 394
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 52 through 70 )B52 - 70
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 71 through 131 )B71 - 131
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 132 through 194 )B132 - 194
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 195 through 234 )B195 - 234
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 235 through 261 )B235 - 261
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 262 through 340 )B262 - 340
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 341 through 365 )B341 - 365
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 366 through 397 )B366 - 397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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