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- PDB-6wmg: Human Sun2 (500-717) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wmg
タイトルHuman Sun2 (500-717)
要素SUN domain-containing protein 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / LINC Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / lamin binding / nuclear inner membrane / centrosome localization / nuclear migration / protein-membrane adaptor activity ...nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / lamin binding / nuclear inner membrane / centrosome localization / nuclear migration / protein-membrane adaptor activity / Meiotic synapsis / mitotic spindle organization / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / nuclear envelope / nuclear membrane / microtubule binding / chromosome, telomeric region / endosome membrane / positive regulation of cell migration / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
SUN coiled coil domain 2 / SUN2 helix-turn-helix domain / SUN domain-containing protein 1-5 / SUN domain profile. / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SUN domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cruz, V.E. / Schwartz, T.U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)AR065484 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Analysis of Different LINC Complexes Reveals Distinct Binding Modes.
著者: Cruz, V.E. / Esra Demircioglu, F. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUN domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6772
ポリマ－24,6381
非ポリマー391
水2,342130
1
A: SUN domain-containing protein 2
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 2
ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0306
ポリマ－73,9133
非ポリマー1173
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area7680 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area26220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.192, 79.192, 199.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1027-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SUN domain-containing protein 2 / Protein unc-84 homolog B / Rab5-interacting protein / Rab5IP / Sad1/unc-84 protein-like 2


分子量: 24637.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN2, FRIGG, KIAA0668, RAB5IP, UNC84B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UH99
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 14.5% PEG 3350, 0.2M sodium bromide, 0.1M potassium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→56.51 Å / Num. obs: 19072 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 37.45 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1319 / CC1/2: 0.652 / Rpim(I) all: 0.599 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DXT

4dxt


解像度: 1.9→56.51 Å / SU ML: 0.2182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.8269
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 1913 10.03 %
Rwork0.1751 --
obs0.1798 19072 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→56.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1528 0 1 131 1660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90392167
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1918216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.3211290.28591190X-RAY DIFFRACTION96.7
1.95-20.28261480.25051212X-RAY DIFFRACTION99.71
2-2.060.25361380.22881223X-RAY DIFFRACTION99.56
2.06-2.130.28521310.2241250X-RAY DIFFRACTION99.78
2.13-2.20.26131420.21131223X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.290.23651290.1921210X-RAY DIFFRACTION99.48
2.29-2.390.23711370.19681237X-RAY DIFFRACTION99.49
2.39-2.520.26951410.19741238X-RAY DIFFRACTION99.42
2.52-2.680.27861330.19431228X-RAY DIFFRACTION99.49
2.68-2.880.23211420.19181241X-RAY DIFFRACTION99.35
2.88-3.170.25941440.18851219X-RAY DIFFRACTION98.06
3.17-3.630.19061310.16241234X-RAY DIFFRACTION97.5
3.64-4.580.17861300.14261175X-RAY DIFFRACTION92.55
4.58-56.510.20781380.15741279X-RAY DIFFRACTION94.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.31362502856-0.6719621844533.157186579694.93929102097-2.823131708423.790209487350.292888343932-0.578057738571-0.3752433739060.03635978045190.2381726525110.4952753668941.14059884232-1.38939640915-0.3980913043980.369719221385-0.06615090949370.03096715239310.4214302384180.04436112125130.412681374532-5.4740030055-48.09757693138.92575763343
23.15952163593-0.3285311091550.3740641866482.03917032164-0.2883300655353.091048302260.02187560853250.3647114071480.188086936304-0.1706976743790.00161864713919-0.16567671978-0.427850069398-0.00236672131265-0.02047939810990.385498120160.05195344425060.02788665799920.2785383105940.005142792907080.293775486944-3.85190341909-30.3477028852-18.1463832782
38.07877126285-0.4556086834731.901961964744.81175510181-0.5242755865746.23108800283-0.4611948882041.17626731819-0.0117041465456-0.4110887546280.3433882824510.982083291458-1.22599424447-0.64393374284-0.05761494452540.6885418346930.227480203457-0.02317520021360.6360386202-0.03859551250530.630883632569-19.7814385704-21.1234152694-16.7297972936
43.39181099816-0.3221938616990.2866764448532.55978555903-0.1333145660814.04025329941-0.084430306829-0.1286710331320.4252532882630.2167459872860.1590846518380.1616191384-0.825041498323-0.578729231219-0.07252515351930.4682821327320.1415787044950.01792825991710.282200800045-0.01212893339360.300349141171-9.53347401325-25.9940573306-11.2190657081
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 522 through 540 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 541 through 651 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 652 through 666 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 667 through 716 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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