PDB-6wmf: Human Sun2-KASH5 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wmf

タイトル

Human Sun2-KASH5 complex

要素

Protein KASH5
SUN domain-containing protein 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / LINC Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

telomere localization / : / chromosome localization to nuclear envelope involved in homologous chromosome segregation / nuclear migration along microfilament / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / spindle localization / meiotic spindle pole / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Cruz, V.E. / Schwartz, T.U.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Analysis of Different LINC Complexes Reveals Distinct Binding Modes.
著者: Cruz, V.E. / Esra Demircioglu, F. / Schwartz, T.U.

履歴

登録	2020年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wmf.cif.gz	116.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wmf.ent.gz	75.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wmf_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wmf_full_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示
XML形式データ	6wmf_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	6wmf_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wmf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6wmdC 6wmeC 6wmgC 4dxtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vtw-1 4a8m-2 6wmd-1 2nug-d 2vtw-2 4n6a-2 3ast-d 4a8s-2 5ehs-d 4k4u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SUN domain-containing protein 2

B: Protein KASH5

ヘテロ分子

25.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SUN domain-containing protein 2

B: Protein KASH5

ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 2

B: Protein KASH5

ヘテロ分子

A: SUN domain-containing protein 2

B: Protein KASH5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
75.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.435, 78.435, 249.441
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

#1: タンパク質	SUN domain-containing protein 2 / Protein unc-84 homolog B / Rab5-interacting protein / Rab5IP / Sad1/unc-84 protein-like 2 分子量: 22381.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN2, FRIGG, KIAA0668, RAB5IP, UNC84B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UH99
#2: タンパク質・ペプチド	Protein KASH5 / Coiled-coil domain-containing protein 155 / KASH domain-containing protein 5 分子量: 2738.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCDC155, KASH5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N6L0
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 14% PEG3000, 0.1M BisTris/HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→83.15 Å / Num. obs: 9383 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 15.9 % / B_iso Wilson estimate: 79.34 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 37.3
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1257 / CC_1/2: 0.51 / R_pim(I) all: 0.466 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DXT

4dxt

解像度: 2.6→83.15 Å / SU ML: 0.5021 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.3665

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2859	938	10 %
R_work	0.2212	-	-
obs	0.2278	9383	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→83.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1584	0	1	11	1596

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0097	1628
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2131	2222
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0696	247
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	288
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.2836	216

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.74	0.4353	124	0.3336	1133	X-RAY DIFFRACTION	95.44
2.74-2.91	0.4249	134	0.325	1190	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.91-3.14	0.3522	131	0.2647	1192	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.14-3.45	0.2957	133	0.2297	1197	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.45-3.95	0.2609	135	0.2055	1218	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.95-4.98	0.23	137	0.1885	1219	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.98-83.15	0.2951	144	0.2193	1296	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.11937515314	4.12432795864	-5.91071760779	2.78405770046	-3.86733115865	5.80298206054	0.0660635390393	1.14468085741	0.781910315035	0.0746202965438	0.372729724273	0.71805878563	-1.55985765375	-3.02679449782	0.00499946557381	1.21420633229	0.0438941102625	-0.102534265523	1.09048361772	0.08284078449	0.697135728329	-45.0826671881	115.294489164	240.964096418
2	4.86532551057	1.37812530264	1.77742427122	1.9042154057	0.60629006285	5.2547621559	0.563028853805	-0.708273561619	-0.417691128181	0.120788242357	-0.0645153628442	-0.11559529993	1.21347724673	-0.00204940434838	-0.522855177442	0.90666953598	0.0145878340038	-0.0269047661857	0.748404391812	0.0421478345265	0.535894814078	-43.89235324	100.897684196	272.179201863
3	7.83823119845	-1.47516408393	1.06570040639	3.47555961758	-2.60038930452	8.92018793886	-0.0349046490218	-1.10868451549	0.136466874683	0.419842519944	-0.022773565392	-0.147559158617	-0.357835270241	-0.0958860761188	0.0135887296257	0.754530589012	-0.0267121497867	-0.110425707157	0.608491696501	0.0129114731964	0.425925069135	-39.5404260679	98.7861211805	271.997921675
4	5.27281628925	-1.16181996748	-1.25143999747	3.95255500535	2.32137647988	2.19847527375	-0.426889143111	0.385630875735	-0.0419607593867	0.319229688861	0.374049890432	0.288876065096	0.564469568366	-0.260276212885	0.197291646461	0.846631372443	-0.0932631759721	-0.115364817387	0.678692687359	0.0537549969264	0.369747317959	-49.2415656418	97.8467108857	263.136271863
5	2.03206946565	-1.12347826282	-4.12518931012	3.76392311125	1.65549779848	9.73005384166	-0.883497672069	-0.475529582817	-1.32548315784	0.0764761952203	0.323523295099	-0.126753844792	1.5122936801	-0.0914057120796	0.341463715166	1.10464926659	-0.00270618107108	-0.185306110828	0.506156704038	0.107072141994	0.708565311195	-48.7762636772	90.0125524073	265.092401989
6	7.17243687133	-2.41301175099	-0.358224041193	5.46595086366	-1.04276656082	5.11032360337	0.242300572923	0.420115541232	-0.827191917501	-0.753034274716	0.122246720131	0.267421564864	1.20762820181	0.252803757418	-0.408799507434	0.772791454238	-0.0421320278444	-0.0951731760044	0.684568092227	-0.00782133486159	0.562773928582	-46.9400473414	91.1551687725	261.345767433
7	7.80157535564	3.85771643961	7.23350876834	7.56946697921	0.20114204296	9.34278822068	0.837291239757	-0.916324540638	1.21968866821	0.385947831036	-0.878268511528	0.409227847225	0.126335713337	-1.30272220126	0.531107503699	0.786855309057	0.161784517143	0.0211427806215	0.974570736319	-0.124117759717	0.473422154171	-56.4513306422	101.720117479	260.696397229
8	2.19589434747	-0.737753496399	0.738649918093	5.31441420526	5.11844563923	5.70056222391	0.0580829642224	0.177978890789	-0.491188421941	1.55341810517	1.72202925513	-2.31746621768	0.463991875252	0.918831230179	-1.24706408893	0.9227896429	-0.100213269703	-0.0865421175344	0.969690356335	-0.0822799255089	0.703677495577	-27.5396128268	106.279118404	277.62866563

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 522 through 540 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 541 through 581 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 582 through 608 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 609 through 634 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 635 through 659 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 660 through 707 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 708 through 717 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 783 through 797 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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