[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6wm9: Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wm9 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 237235 | |||||||||||||||
Components |
| |||||||||||||||
Keywords | CELL INVASION / invasion / plasmodium vivax / malaria / antibody complex | |||||||||||||||
Function / homology | NBD94 domain / Nucleotide-Binding Domain 94 of RH / Reticulocyte binding protein 2, putative Function and homology information | |||||||||||||||
Biological species | Plasmodium vivax (malaria parasite P. vivax) Homo sapiens (human) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | |||||||||||||||
Authors | Chan, L.J. / Dietrich, M.H. / Tham, W.H. | |||||||||||||||
Funding support | Australia, 4items
| |||||||||||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Naturally acquired blocking human monoclonal antibodies to Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b. Authors: Chan, L.J. / Gandhirajan, A. / Carias, L.L. / Dietrich, M.H. / Vadas, O. / Visentin, R. / Franca, C.T. / Menant, S. / Soldati-Favre, D. / Mueller, I. / King, C.L. / Tham, W.H. | |||||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wm9.cif.gz | 305.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6wm9.ent.gz | 239.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wm9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wm9_validation.pdf.gz | 461.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6wm9_full_validation.pdf.gz | 470.9 KB | Display | |
Data in XML | 6wm9_validation.xml.gz | 54.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6wm9_validation.cif.gz | 77.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wm9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wm9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wn1C 6wnoC 6wozC 6wqoC 6wtuC 6wtvC 6wtyC 5w53S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 36519.789 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium vivax (strain Salvador I) (eukaryote) Strain: Salvador I / Gene: PVX_094255 / Plasmid: pET32a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): SHuffle T7 / References: UniProt: A5K736 #2: Antibody | Mass: 25096.031 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: human antibody Fab heavy chain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) #3: Antibody | Mass: 23641.076 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: human antibody Fab light chain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.34 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M magnesium formate, 15% (w/v) PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 14, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→42.464 Å / Num. obs: 62389 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 3.32 % / Biso Wilson estimate: 35.923 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rrim(I) all: 0.179 / Χ2: 0.885 / Net I/σ(I): 7.37 / Num. measured all: 207150 / Scaling rejects: 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5W53 Resolution: 2.45→42.464 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / Phase error: 31.75
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.94 Å2 / Biso mean: 33.5318 Å2 / Biso min: 11.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.45→42.464 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|