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- PDB-6wlg: Ints3 C-terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wlg
タイトルInts3 C-terminal Domain
要素Integrator complex subunit 3
キーワードPROTEIN BINDING / DNA damage repair / snRNA processing / HEAT repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


SOSS complex / snRNA processing / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mitotic G2/M transition checkpoint / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / double-strand break repair via homologous recombination / site of double-strand break / DNA repair ...SOSS complex / snRNA processing / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mitotic G2/M transition checkpoint / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / double-strand break repair via homologous recombination / site of double-strand break / DNA repair / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Integrator complex subunit 3, N-terminal / Integrator complex subunit 3 / Integrator complex subunit 3 N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrator complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.111 Å
データ登録者Li, J. / Ma, X.L. / Banerjee, S. / Dong, Z.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for multifunctional roles of human Ints3 C-terminal domain.
著者: Li, J. / Ma, X. / Banerjee, S. / Baruah, S. / Schnicker, N.J. / Roh, E. / Ma, W. / Liu, K. / Bode, A.M. / Dong, Z.
履歴
登録2020年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrator complex subunit 3
B: Integrator complex subunit 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9322
ポリマ－97,9322
非ポリマー00
水00
1
A: Integrator complex subunit 3

B: Integrator complex subunit 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9322
ポリマ－97,9322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area3550 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area34080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.854, 234.854, 47.567
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULEULEU(chain 'A' and (resid 576 through 607 or resid 612...AA576 - 58523 - 32
12ALAALALEULEU(chain 'A' and (resid 576 through 607 or resid 612...AA593 - 60640 - 53
13SERSERGLNGLN(chain 'A' and (resid 576 through 607 or resid 612...AA612 - 62359 - 70
14VALVALCYSCYS(chain 'A' and (resid 576 through 607 or resid 612...AA634 - 66081 - 107
15SERSERARGARG(chain 'A' and (resid 576 through 607 or resid 612...AA667 - 695114 - 142
16ALAALAALAALA(chain 'A' and (resid 576 through 607 or resid 612...AA700 - 713147 - 160
17LEULEULYSLYS(chain 'A' and (resid 576 through 607 or resid 612...AA719 - 897166 - 344
18GLNGLNGLNGLN(chain 'A' and (resid 576 through 607 or resid 612...AA917 - 955364 - 402
19ALAALAGLUGLU(chain 'A' and (resid 576 through 607 or resid 612...AA961 - 974408 - 421
21GLUGLULEULEUchain 'B'BB576 - 58523 - 32
22ALAALALEULEUchain 'B'BB593 - 60640 - 53
23SERSERGLNGLNchain 'B'BB612 - 62359 - 70
24VALVALCYSCYSchain 'B'BB634 - 66081 - 107
25SERSERARGARGchain 'B'BB667 - 695114 - 142
26ALAALAALAALAchain 'B'BB700 - 713147 - 160
27LEULEULYSLYSchain 'B'BB719 - 897166 - 344
28GLNGLNGLNGLNchain 'B'BB917 - 955364 - 402
29ALAALAGLUGLUchain 'B'BB961 - 974408 - 421

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要素

#1: タンパク質 Integrator complex subunit 3 / Int3 / SOSS complex subunit A / Sensor of single-strand DNA complex subunit A / Sensor of ssDNA subunit A


分子量: 48966.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS3, C1orf193, C1orf60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68E01

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Magnesium Acetate, 13% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→46.32 Å / Num. obs: 17495 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 3.11→3.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3181 / CC1/2: 0.896

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.111→46.317 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 825 4.72 %
Rwork0.2037 --
obs0.2065 17485 99.45 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.111→46.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5750 0 0 0 5750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00335842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77667883
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0416923
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.68533604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.11-3.310.35571460.27092759X-RAY DIFFRACTION99.11
3.31-3.560.26981510.21482787X-RAY DIFFRACTION99.93
3.56-3.920.27551290.20662800X-RAY DIFFRACTION99.93
3.92-4.490.24161290.17532765X-RAY DIFFRACTION99.08
4.49-5.650.23351450.2052782X-RAY DIFFRACTION100
5.65-46.320.27641250.20512767X-RAY DIFFRACTION98.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.85723736291-3.763935856421.409501124733.79242561294-0.3453576142192.21642873694-0.624780964106-0.5205273203420.4744315587060.5291804036250.625929514353-0.8469248618810.2656910008850.7692123951080.1022030459210.7019138361710.154331862019-0.1102674488240.934803713961-0.1441999255420.7001106298640.7359293532-3.7523340767912.552770823
23.12630660963-1.4306075457-0.2555293121469.19614157031-0.4073279246662.625490291510.3672642283250.467118622770.594823801741-0.835710574103-0.466281447501-0.890603226187-0.3794861259460.1329895903310.1076802792380.652651894006-0.01206298561750.1875855261550.9830864339720.16578182590.80339811702235.02695098899.4307918410434.6614056085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 571:976)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 576:975)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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