PDB-6wlf: Phosphoethanolamine Methyltransferase from the Pine Wilt Nematode...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wlf

タイトル

Phosphoethanolamine Methyltransferase from the Pine Wilt Nematode Bursaphelenchus xylophilus

要素

Phosphoethanolamine N-methyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / S-adenosylmethionine

機能・相同性

phosphoethanolamine N-methyltransferase / Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / transferase activity / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / phosphoethanolamine N-methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Bursaphelenchus xylophilus (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Lee, S.G. / Jez, J.M.

資金援助

2件

引用

ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical analysis of phosphoethanolamine methyltransferase from the pine wilt nematode Bursaphelenchus xylophilus.
著者: Lee, S.G. / Chung, M.S. / DeMarsilis, A.J. / Holland, C.K. / Jaswaney, R.V. / Jiang, C. / Kroboth, J.H.P. / Kulshrestha, K. / Marcelo, R.Z.W. / Meyyappa, V.M. / Nelson, G.B. / Patel, J.K. / ...

履歴

登録	2020年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wlf.cif.gz	370.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wlf.ent.gz	300.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wlf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wlf_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wlf_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6wlf_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	6wlf_validation.cif.gz	50.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/6wlf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/6wlf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4krgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3a8s-d 5zgv-d 4lrd-d 3zuf-3 5c82-1 4hxy-2 1hp4-d 2ggo-d 5fd0-d 1jak-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoethanolamine N-methyltransferase 1

B: Phosphoethanolamine N-methyltransferase 1

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoethanolamine N-methyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
51.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoethanolamine N-methyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.948, 98.259, 164.954
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphoethanolamine N-methyltransferase 1 分子量: 51080.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bursaphelenchus xylophilus (無脊椎動物) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1I7RPU0
#2: 化合物	ChemComp-OPE / PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER / COLAMINE PHOSPHORIC ACID / ホスホエタノ-ルアミン分子量: 141.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₈NO₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.2 M potassium phosphate (dibasic)/0.8 M sodium phosphate (monobasic) and 0.1 M sodium acetate/acetic acid, pH 4.5) with 5 mM pEA and 0.5 mM SAH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→48 Å / Num. obs: 66561 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 23.8
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / R_merge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4273 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KRG

4krg

解像度: 2.05→47.983 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2034	2000	3.01 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.171	66471	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7031	0	0	368	7399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7218
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.824	9812
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.53	4262
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1085
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1242

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.101	0.2826	133	0.2534	4273	X-RAY DIFFRACTION	93
2.101-2.1578	0.2915	136	0.233	4388	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1578-2.2213	0.2573	141	0.2183	4535	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2213-2.293	0.2088	141	0.2002	4570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.293-2.3749	0.2544	142	0.188	4581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3749-2.47	0.2226	144	0.1825	4621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.5824	0.2423	143	0.1849	4610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5824-2.7186	0.2417	143	0.1793	4608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7186-2.8889	0.2141	143	0.1778	4632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8889-3.1119	0.2263	145	0.1758	4660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1119-3.425	0.1848	144	0.1668	4648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.425-3.9204	0.1941	146	0.156	4693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9204-4.9385	0.1764	146	0.1328	4739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9385-47.983	0.171	153	0.1684	4913	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6828	-0.577	0.1968	2.8073	0.652	2.4892	0.0761	-0.211	0.2052	0.3501	-0.1011	0.105	-0.2812	-0.0739	0.0288	0.3935	-0.0306	0.0568	0.2098	-0.013	0.2499	-3.41	40.549	-22.1935
2	3.7487	-0.4482	0.6327	3.0607	0.002	2.9738	-0.0098	-0.4184	0.0408	0.5739	-0.0827	0.2907	-0.1214	-0.1812	0.0647	0.4243	-0.0631	0.0888	0.2346	-0.0238	0.2313	-6.4857	29.6916	-17.1599
3	3.002	-0.8282	0.2371	2.9648	0.1129	2.2913	0.1558	-0.2177	-0.3306	0.3676	-0.1166	0.5095	0.12	-0.3942	-0.0229	0.3404	-0.0552	0.0514	0.2369	-0.009	0.2785	-9.3327	21.3608	-21.7122
4	0.2882	0.3268	-0.1276	1.849	0.3632	3.3911	0.0605	-0.2019	-0.1708	0.4716	-0.038	0.0036	0.2915	0.1901	-0.0689	0.3206	-0.0839	-0.0631	0.3185	0.0789	0.3382	0.6646	5.666	-21.4673
5	3.8459	1.2029	-0.8457	5.157	0.5263	2.9406	-0.0818	0.0518	-0.184	-0.0546	0.0219	-0.2841	0.1884	0.0895	0.0738	0.2588	-0.0057	-0.0227	0.1773	0.0107	0.2417	3.7394	10.1414	-32.3138
6	2.0141	-0.2702	-0.2084	6.6395	1.2779	2.7821	-0.0104	0.0176	-0.0587	-0.2633	-0.1849	0.1968	-0.0105	-0.2236	0.1946	0.3229	-0.0298	-0.0242	0.2969	-0.0104	0.2522	-5.5993	2.5494	-43.0031
7	3.2476	1.2914	0.3502	2.8472	0.0055	2.5453	-0.3492	0.4841	-0.1214	-0.7949	0.3033	0.1196	0.1782	-0.182	0.0555	0.5662	-0.1592	0.0136	0.4346	0.0139	0.2829	-34.1321	-24.227	-23.5715
8	2.1018	1.2562	-0.1749	2.1638	0.1809	1.647	-0.3122	0.3517	0.1651	-0.6334	0.1876	-0.0411	0.0143	-0.0947	0.1452	0.4758	-0.0291	0.0694	0.3046	0.0465	0.3144	-19.0411	-10.6957	-20.4935
9	1.3569	0.5948	0.0559	1.5907	0.1644	2.6755	-0.1432	-0.023	-0.229	-0.0534	-0.0163	-0.4482	0.1988	0.3223	0.1276	0.3049	0.0432	0.0516	0.2661	0.062	0.3494	-10.912	-13.7253	-6.9992
10	3.2859	1.6038	-0.2216	3.9855	0.2222	3.1063	0.0618	-0.2752	0.1401	0.3681	-0.2468	-0.068	-0.3363	0.1296	0.1807	0.3736	0.0438	-0.0012	0.2687	0.0441	0.2322	-12.6995	-0.7966	1.6759

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 108 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 175 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 176 through 242 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 243 through 281 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 282 through 350 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 351 through 454 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 9 through 175 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 176 through 281 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 282 through 350 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 351 through 454 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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