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- PDB-6wl6: Cocomplex structure of Deoxyhypusine synthase with inhibitor 6-[(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wl6
タイトルCocomplex structure of Deoxyhypusine synthase with inhibitor 6-[(2R)-1-AMINO-4-METHYLPENTAN-2-YL]-3-(PYRIDIN-3-YL)-4H,5H,6H,7H-THIENO[2,3-C]PYRIDIN-7-ONE
要素Deoxyhypusine synthase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Deoxyhypusine / Inhibitor / Transferase / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyhypusine synthase / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation ...deoxyhypusine synthase / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyhypusine synthase / Deoxyhypusine synthase superfamily / Deoxyhypusine synthase / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-91A / Deoxyhypusine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Klein, M.G. / Ambrus-Aikelin, G.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: New Series of Potent Allosteric Inhibitors of Deoxyhypusine Synthase.
著者: Tanaka, Y. / Kurasawa, O. / Yokota, A. / Klein, M.G. / Saito, B. / Matsumoto, S. / Okaniwa, M. / Ambrus-Aikelin, G. / Uchiyama, N. / Morishita, D. / Kimura, H. / Imamura, S.
履歴
登録2020年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0864
ポリマ－82,4272
非ポリマー6592
水3,459192
1
A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子

A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,1728
ポリマ－164,8544
非ポリマー1,3184
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area19940 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area41820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.988, 105.988, 157.068
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Deoxyhypusine synthase / DHS


分子量: 41213.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHPS, DS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49366, deoxyhypusine synthase
#2: 化合物 ChemComp-91A / 6-[(2R)-1-amino-4-methylpentan-2-yl]-3-(pyridin-3-yl)-5,6-dihydrothieno[2,3-c]pyridin-7(4H)-one


分子量: 329.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23N3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Hepes, 2.0M Na/K Phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 58565 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 15.55
反射 シェル解像度: 2.12→2.16 Å / Num. unique obs: 3184 / Rsym value: 0.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0025精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6P4V

6p4v


解像度: 2.12→43.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 7.833 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1944 2845 5.1 %RANDOM
Rwork0.17872 ---
obs0.17953 53246 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.141 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å20.65 Å20 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3----1.94 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.12→43.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4528 0 46 192 4766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.024725
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2121.9716420
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.748310250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4995591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.52524.811212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.05315786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8831522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021073
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 200 -
Rwork0.255 3903 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.205-0.03190.1760.653-0.292.231-0.06090.03830.04160.10660.0726-0.019-0.21750.1099-0.01170.0734-0.0171-0.0120.0282-0.00680.058311.4042114.033935.7354
20.2201-0.368-0.24411.50970.76231.113-0.0611-0.0245-0.01380.17280.0964-0.06540.02530.1513-0.03530.1110.0668-0.01480.08370.00680.067611.616889.017350.2169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 363
2X-RAY DIFFRACTION1B701
3X-RAY DIFFRACTION1A801 - 885
4X-RAY DIFFRACTION1B858
5X-RAY DIFFRACTION2B28 - 362
6X-RAY DIFFRACTION2A701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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