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万見
- PDB-6wkv: Cryo-EM structure of engineered variant of the Encapsulin from Th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wkv
タイトルCryo-EM structure of engineered variant of the Encapsulin from Thermotoga maritima (TmE)
要素Encapsulin
キーワードHYDROLASE / Proteolysis / Cytolysis / Defense Response to Bacterium / Extracellular Region
機能・相同性
機能・相同性情報


encapsulin nanocompartment / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Type 1 encapsulin shell protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Williams, E. / Jenkins, M. / Zhao, H. / Juneja, P. / Lutz, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)US-NSF (CBET 1706891) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of engineered variant of the Encapsulin from Thermotoga maritima (TmE)
著者: Williams, E. / Zhao, H. / Jenkins, M. / Juneja, P. / Lutz, S.
履歴
登録2020年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21810
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21810
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Encapsulin
B: Encapsulin
C: Encapsulin
D: Encapsulin
E: Encapsulin
F: Encapsulin
G: Encapsulin
H: Encapsulin
I: Encapsulin
J: Encapsulin
K: Encapsulin
L: Encapsulin
M: Encapsulin
N: Encapsulin
O: Encapsulin
P: Encapsulin
Q: Encapsulin
R: Encapsulin
S: Encapsulin
T: Encapsulin
U: Encapsulin
V: Encapsulin
W: Encapsulin
X: Encapsulin
Y: Encapsulin
Z: Encapsulin
0: Encapsulin
1: Encapsulin
2: Encapsulin
3: Encapsulin
4: Encapsulin
5: Encapsulin
6: Encapsulin
7: Encapsulin
8: Encapsulin
9: Encapsulin
a: Encapsulin
b: Encapsulin
c: Encapsulin
d: Encapsulin
e: Encapsulin
f: Encapsulin
g: Encapsulin
h: Encapsulin
i: Encapsulin
j: Encapsulin
k: Encapsulin
l: Encapsulin
m: Encapsulin
n: Encapsulin
o: Encapsulin
p: Encapsulin
q: Encapsulin
r: Encapsulin
s: Encapsulin
t: Encapsulin
u: Encapsulin
v: Encapsulin
w: Encapsulin
x: Encapsulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,803,607120
ポリマ－1,776,22660
非ポリマー27,38160
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area288270 Å2
ΔGint-584 kcal/mol
Surface area584300 Å2

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要素

#1: タンパク質 ...
Encapsulin / Thermotoga bacteriocin / Maritimacin


分子量: 29603.766 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_0785 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WZP2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物...
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mutant Enapsulin protein / タイプ: COMPLEX / 詳細: FMN bound to Encapsulin / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
撮影電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2EPU1.1画像取得
10RELION3.1初期オイラー角割当
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 69476
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24401 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 32.05 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0077130200
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6178176880
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.048219200
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003522200
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.977476920

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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