PDB-6wk0: Crystal structure of human ribokinase in complex with AMPPCP and ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wk0

タイトル

Crystal structure of human ribokinase in complex with AMPPCP and ribose

要素

Ribokinase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme-substrate complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ribokinase / ribokinase activity / Pentose phosphate pathway / D-ribose catabolic process / pentose-phosphate shunt / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Park, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of human ribokinase
著者: Park, J.

履歴

登録	2020年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wk0.cif.gz	503 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wk0.ent.gz	412.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wk0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wk0_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wk0_full_validation.pdf.gz	5.5 MB	表示
XML形式データ	6wk0_validation.xml.gz	56.8 KB	表示
CIF形式データ	6wk0_validation.cif.gz	83.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/6wk0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/6wk0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wjzC 5c41S 5byc 5byd 5bye 5byf 5c3y 5c3z 5c40 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c41-1 3ikh-1 3i3y-2 7agh-2 3b1q-2 3i3y-1 4y7d-d 4pvv-1 3go6-1 3umo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribokinase

B: Ribokinase

C: Ribokinase

D: Ribokinase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribokinase

B: Ribokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ribokinase

D: Ribokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.020, 89.350, 144.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	14 - 323	1 - 310
2	1	LEU	LEU	B	B	14 - 323	1 - 310
1	2	HIS	HIS	A	A	14 - 330	1 - 317
2	2	HIS	HIS	C	C	14 - 330	1 - 317
1	3	HIS	HIS	A	A	14 - 328	1 - 315
2	3	HIS	HIS	D	D	14 - 328	1 - 315
1	4	LEU	LEU	B	B	14 - 323	1 - 310
2	4	LEU	LEU	C	C	14 - 323	1 - 310
1	5	LEU	LEU	B	B	14 - 323	1 - 310
2	5	LEU	LEU	D	D	14 - 323	1 - 310
1	6	HIS	HIS	C	C	14 - 328	1 - 315
2	6	HIS	HIS	D	D	14 - 328	1 - 315

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質

Ribokinase / RK

分子量: 33740.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBKS, RBSK / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H477, ribokinase

#2: 化合物

ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP

分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

#3: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 糖

ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose / α-D-リボフラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, 8% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→51.43 Å / Num. obs: 87255 / % possible obs: 98.64 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.45 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.36 % / R_merge(I) obs: 0.859 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4039 / CC_1/2: 0.485 / R_pim(I) all: 0.541 / R_rim(I) all: 1.019 / % possible all: 93.15

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5C41

5c41

解像度: 2→51.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 10.447 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23929	4355	5 %	RANDOM
R_work	0.19677	-	-	-
obs	0.19888	82880	98.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.676 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	0 Å²	0.22 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→51.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9273	0	152	978	10403

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	9693
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	8927
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.771	1.661	13250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.438	1.577	20704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.903	5	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.997	24.109	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.701	15	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.474	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	10894
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.096	1.852	5095
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.095	1.852	5094
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.694	2.773	6381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.694	2.773	6382
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.535	2.051	4598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.535	2.052	4599
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.304	3.031	6870
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.573	24.702	10778
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.462	23.639	10472
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9505	0.09
1	2	B	9505	0.09
2	1	A	9891	0.09
2	2	C	9891	0.09
3	1	A	9629	0.09
3	2	D	9629	0.09
4	1	B	9444	0.09
4	2	C	9444	0.09
5	1	B	9352	0.09
5	2	D	9352	0.09
6	1	C	9397	0.1
6	2	D	9397	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	308	-
R_work	0.284	5822	-
obs	-	-	95.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8658	-0.9354	-1.0845	1.2509	0.5881	2.9964	-0.064	-0.1227	0.0337	0.2776	0.0924	0.1228	0.0361	-0.0153	-0.0283	0.1167	-0.0157	0.054	0.0582	0.0268	0.1152	-3.2174	-3.6238	74.0366
2	3.5006	-0.3531	0.3686	1.4814	-0.6844	2.1843	-0.0232	-0.0044	0.0156	0.1322	-0.0678	-0.1134	-0.1086	0.2065	0.0911	0.0766	-0.0337	0.0131	0.0522	0.011	0.0415	11.9864	2.5465	63.1353
3	0.8309	-0.3412	-0.3122	2.7638	-0.0952	2.6738	-0.1044	-0.056	0.037	-0.0936	0.1376	0.0206	-0.0155	-0.1417	-0.0332	0.174	0.0015	-0.0174	0.0725	0.005	0.0035	-21.0248	11.4284	94.8972
4	1.0762	-0.438	0.0122	3.8253	0.2236	2.4938	-0.1462	-0.1748	0.0326	0.3521	0.1613	-0.2079	-0.178	0.007	-0.0151	0.2257	0.0921	-0.0145	0.1655	-0.0113	0.0231	-17.3607	12.0756	112.7191
5	1.4432	0.6754	1.0674	3.5492	-1.2362	2.8372	-0.0851	0.0573	0.0627	-0.4066	0.3937	0.4788	0.081	-0.4266	-0.3086	0.1232	-0.0817	-0.0725	0.2539	0.1458	0.1613	23.0637	18.6832	33.3744
6	2.6126	0.2908	-0.158	1.6928	-1.3984	2.7282	-0.0595	0.06	-0.0049	-0.1316	0.0646	-0.047	0.0595	-0.0116	-0.0051	0.1025	-0.0326	-0.011	0.0668	0.0136	0.0286	37.8532	15.3513	43.7383
7	0.2961	0.9026	0.5294	2.7784	1.822	3.6184	-0.1465	0.0148	-0.0346	-0.573	0.1405	-0.0876	-0.2023	0.3234	0.006	0.7409	-0.2367	-0.2072	0.3158	0.1438	0.2414	19.01	6.5228	15.0121
8	1.1443	0.6824	0.8394	2.4945	-0.1521	5.1774	0.2404	0.0912	-0.2702	0.0726	-0.2096	-0.4758	0.4912	0.4599	-0.0308	0.4702	-0.0212	-0.1035	0.307	0.0697	0.1904	10.8629	-5.5671	2.9952

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	173 - 330
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	14 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	167 - 324
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	14 - 167
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	168 - 330
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	14 - 50
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	51 - 329

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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