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- PDB-6wjh: Crystal structure of MAGE-A11 bound to the PCF11 degron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wjh
タイトルCrystal structure of MAGE-A11 bound to the PCF11 degron
要素Fusion protein of PCF11 and MAGE-A11
キーワードLIGASE / MAGE-A11 / PCF 11 / ubiquitin ligase / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II complex binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / histone deacetylase binding ...mRNA cleavage factor complex / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II complex binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / histone deacetylase binding / nuclear body / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / PCF11, charged region / Pre-mRNA cleavage complex 2 protein Pcf11, RFEGP repeat / Pre-mRNA cleavage complex 2 protein Pcf11, alpha-helical domain / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / Subunit of cleavage factor IA Pcf11, C-terminal / : ...: / : / : / PCF11, charged region / Pre-mRNA cleavage complex 2 protein Pcf11, RFEGP repeat / Pre-mRNA cleavage complex 2 protein Pcf11, alpha-helical domain / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / Subunit of cleavage factor IA Pcf11, C-terminal / : / : / Pcf11, Clp1-interaction domain / Pcf11, C-terminal domain / Protein PCF11-like / Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA cleavage complex 2 protein Pcf11 / Melanoma-associated antigen 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Miller, D.J. / Huang, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)181691010 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for substrate recognition and chemical inhibition of oncogenic MAGE ubiquitin ligases.
著者: Yang, S.W. / Huang, X. / Lin, W. / Min, J. / Miller, D.J. / Mayasundari, A. / Rodrigues, P. / Griffith, E.C. / Gee, C.T. / Li, L. / Li, W. / Lee, R.E. / Rankovic, Z. / Chen, T. / Potts, P.R.
履歴
登録2020年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein of PCF11 and MAGE-A11
B: Fusion protein of PCF11 and MAGE-A11
C: Fusion protein of PCF11 and MAGE-A11
D: Fusion protein of PCF11 and MAGE-A11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,2034
ポリマ－111,2034
非ポリマー00
水3,747208
1
A: Fusion protein of PCF11 and MAGE-A11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8011
ポリマ－27,8011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fusion protein of PCF11 and MAGE-A11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8011
ポリマ－27,8011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fusion protein of PCF11 and MAGE-A11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8011
ポリマ－27,8011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Fusion protein of PCF11 and MAGE-A11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8011
ポリマ－27,8011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.493, 78.195, 72.911
Angle α, β, γ (deg.)77.440, 77.340, 89.590
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Fusion protein of PCF11 and MAGE-A11 / Pre-mRNA cleavage complex II protein Pcf11 / Cancer/testis antigen 1.11 / CT1.11 / MAGE-11 antigen


分子量: 27800.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCF11, KIAA0824, MAGEA11, MAGE11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94913, UniProt: P43364
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The well solution contained 0.2 M Na acetate, 0.1 M Bis Tris propane pH 7.5 and 20% (w/v) PEG 3350. The drop contained a 1:1 volume ratio of well solution to protein (15 mg/ml in 50 mM Tris, ...詳細: The well solution contained 0.2 M Na acetate, 0.1 M Bis Tris propane pH 7.5 and 20% (w/v) PEG 3350. The drop contained a 1:1 volume ratio of well solution to protein (15 mg/ml in 50 mM Tris, pH 7.4, 200 mM NaCl and 5 mM DTT).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→38.79 Å / Num. obs: 56569 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.952 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / Num. unique obs: 2745 / CC1/2: 0.757 / Rsym value: 0.372

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V0P

4v0p


解像度: 2.19→38.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.162 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.206
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2461 2846 5 %RANDOM
Rwork0.2048 ---
obs0.2069 53723 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.55 Å2 / Biso mean: 36.814 Å2 / Biso min: 21.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å2-0.57 Å2-0.25 Å2
2---0.35 Å21.01 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→38.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7095 0 0 208 7303
Biso mean---45.27 -
残基数----882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0137258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0176802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.481.6369831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4431.56915735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3375869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9122.5368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.851151256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6011538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2913
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021529
LS精密化 シェル解像度: 2.194→2.251 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 156 -
Rwork0.25 3009 -
all-3165 -
obs--71.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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