PDB-6wja: UDP-GlcNAc C4-epimerase mutant S121A/Y146F from Pseudomonas prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wja

タイトル

UDP-GlcNAc C4-epimerase mutant S121A/Y146F from Pseudomonas protegens in complex with UDP-GalNAc

要素

NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein

キーワード

ISOMERASE / Short Chain Dehydrogenase / Complex / NAD dependent

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas protegens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.094 Å

データ登録者

Marmont, L.S. / Pfoh, R. / Howell, P.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: PelX is a UDP-N-acetylglucosamine C4-epimerase involved in Pel polysaccharide-dependent biofilm formation.
著者: Marmont, L.S. / Whitfield, G.B. / Pfoh, R. / Williams, R.J. / Randall, T.E. / Ostaszewski, A. / Razvi, E. / Groves, R.A. / Robinson, H. / Nitz, M. / Parsek, M.R. / Lewis, I.A. / Whitney, J.C. ...

履歴

登録	2020年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	6wj9C 6wjbC 1sb8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1r38-1 1ye6-1 1mi3-1 1mi3-2 6z5h-2 1r38-2 7jid-d 5z6u-d 3vlb-2 1ye6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein

B: NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein

ヘテロ分子

67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.582, 75.320, 79.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-537- HOH
2	1	A-641- HOH

#1: タンパク質	NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein / PelX 分子量: 32636.877 Da / 分子数: 2 / 変異: Y146F, S121A, C232S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas protegens (バクテリア) 株: Pf-5 / 遺伝子: PFL_2971 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4KCF6
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-UD2 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / (2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / UDP-GalNAc 分子量: 607.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 21% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.094→50 Å / Num. obs: 82883 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 31.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 26.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 4206
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SB8

1sb8

解像度: 2.094→40.91 Å / SU ML: 0.2246 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.5692

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1953	3796	4.58 %
R_work	0.1562	-	-
obs	0.158	82883	98.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.094→40.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4529	0	153	413	5095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	4773
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8966	6517
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	843
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1464	2818

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.094-2.12	0.3295	107	0.2607	2459	X-RAY DIFFRACTION	84.6
2.12-2.15	0.2879	136	0.2437	2929	X-RAY DIFFRACTION	97.27
2.15-2.18	0.2722	156	0.2247	2870	X-RAY DIFFRACTION	97.87
2.18-2.21	0.2561	148	0.2027	2955	X-RAY DIFFRACTION	98.13
2.21-2.24	0.2491	127	0.1886	2882	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.24-2.28	0.2239	139	0.1811	2934	X-RAY DIFFRACTION	97.77
2.28-2.31	0.2224	130	0.1719	2885	X-RAY DIFFRACTION	98.27
2.31-2.35	0.2158	161	0.1714	2939	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.35-2.4	0.1936	117	0.1577	2942	X-RAY DIFFRACTION	98.65
2.4-2.44	0.1799	141	0.1544	2952	X-RAY DIFFRACTION	98.38
2.44-2.49	0.2052	154	0.1536	2907	X-RAY DIFFRACTION	98.08
2.49-2.55	0.1899	131	0.1545	2930	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.55-2.61	0.203	150	0.1639	2923	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.61-2.67	0.2461	140	0.158	2978	X-RAY DIFFRACTION	99.05
2.67-2.74	0.1712	139	0.1607	2947	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.74-2.82	0.2608	147	0.1619	2958	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.82-2.92	0.2332	137	0.1726	2960	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.92-3.02	0.2089	146	0.1625	2975	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.02-3.14	0.2357	140	0.1641	2989	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.14-3.28	0.2125	132	0.1664	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.46	0.1782	152	0.1559	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.67	0.1551	143	0.1458	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-3.96	0.1758	145	0.1338	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.35	0.1717	136	0.1348	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-4.98	0.1493	144	0.1234	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
4.98-6.27	0.2093	148	0.1536	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
6.27-40.91	0.1581	150	0.1477	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.36054467583	0.916988734097	0.704637447696	2.41155832957	0.458982727388	1.82163447546	-0.0577144116505	-0.177773254032	0.278309889706	-0.172739172416	-0.0901169461786	0.630568897288	-0.322438319349	-0.236670071001	0.0562722097824	0.160718280014	0.0897164119412	-0.0522032403707	0.233447429526	-0.0221192416069	0.384090968754	8.14884966864	21.1343034616	84.3343726131
2	2.69623007679	0.351914848023	-0.0955138932745	2.01846451561	0.487287522747	2.2648613652	-0.197738167216	0.326380983734	0.304819891587	-0.624340483865	0.0952108298718	0.310130709327	-0.443555736	0.100781378413	0.0365806214758	0.382651210736	-0.0457664449159	-0.138662757592	0.21692642299	0.0500420920257	0.305519386774	13.5916319935	15.3717050196	65.117712767
3	2.35631064638	2.91113591372	-2.83110065193	7.95288724541	-6.5544720077	9.25075410986	-0.127732339415	0.483547291101	-0.0913678452134	-0.641541374543	0.44885533044	0.741487361081	0.410323955344	-0.887221405321	-0.31007631336	0.255710673809	0.0162311516351	-0.0856442904889	0.317892524841	-0.0429920759994	0.356992902967	4.09004584967	9.13472795215	68.1226501059
4	1.37294287789	-0.813016979941	0.837444291807	3.24150081288	0.269798588868	3.2671643602	-0.126230363833	-0.0484869126523	0.134932634771	0.531186437703	0.0720915040536	-0.427366634662	-0.347372219976	0.398427853765	0.0477523045312	0.336265029055	-0.0625271165414	-0.0728585568404	0.282444776149	0.00415144137991	0.21314999134	39.681434457	30.0948941122	105.008637896
5	7.1044052012	2.54044124857	-0.39296158964	3.99253978727	0.0560127299601	1.5812756757	-0.0540558114066	-0.263734942333	0.122334005004	0.322987139337	-0.126770900539	0.291071535092	0.0478553282922	-0.185505421599	0.110754474406	0.243178128791	0.0238866139483	0.00251001401636	0.192936089338	-0.0542722403369	0.14308630852	24.9513908859	25.2875786007	98.5303142099
6	1.56175656553	0.231455311804	1.52032779952	5.28053384188	0.186747481178	1.53952837773	0.0621798777297	-0.0642501414604	-0.346768574884	-0.0210188171957	-0.04049819933	-0.0993994199605	0.240666201152	0.106220066392	-0.0270896675944	0.181512484807	0.0120149769981	0.00437245483403	0.230689012487	-0.0218535950812	0.112474103152	29.5528842929	10.0319479497	95.6306924334
7	0.493896351074	0.0691593215966	-0.2480965654	2.32956982207	-1.4698201382	4.10971038722	-0.0332045390793	0.0358112115823	-0.0707962131555	-0.00256613941649	-0.0872863455582	-0.196283794023	-0.0096488311451	0.297012413044	0.112742726065	0.154525723005	-0.0109077430696	-0.0097477525868	0.230528502338	-0.0112027092109	0.175914299387	31.4767937498	17.7909756206	92.7551979721
8	1.10098940411	1.29381949192	-1.16215620647	1.87294703748	-1.94341661177	3.99467782307	0.145885686088	-0.0528175368385	0.00797610652621	0.370113378608	-0.0552175959025	-0.0217386063815	-0.338418211493	0.0290733296189	-0.100323674706	0.318778914532	0.0755759392823	-0.0717472304076	0.268184337312	0.00158273677276	0.224803842189	32.3867496584	11.3465590099	114.841873746
9	0.858940929586	0.859067215665	-1.37918436193	1.75839520278	-2.16702026812	5.99969994638	0.00269870433808	0.104115691767	-0.0857730196775	0.0949774820053	0.0212401531516	-0.0572149305501	0.102496290404	-0.25624704477	-0.0355754288995	0.278931812696	0.118551492245	-0.0535328263329	0.281994563633	-0.0189071819602	0.272648104744	31.2091347946	3.97157819083	111.73932914
10	2.08202290247	0.0162050940316	-1.99847408497	0.987267410263	-1.36257595966	7.69008531304	0.122152099728	-0.038848007972	-0.288186434437	0.0977953459722	-0.217954596127	-0.386127150122	0.532555760477	1.11959186901	0.0333734777271	0.287483690812	0.0593170357077	-0.092910464769	0.408245631675	0.0389277563601	0.399790842386	42.8573154678	7.2750612794	109.030764681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 177 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 178 through 284 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 285 through 310 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 76 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 77 through 111 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 112 through 144 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 145 through 177 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 178 through 231 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 232 through 284 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 285 through 310 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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