PDB-6wj8: Crystal structure of gamma-aminobutyrate aminotransferase PuuE fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wj8

タイトル

Crystal structure of gamma-aminobutyrate aminotransferase PuuE from Klebsiella pneumoniae in complex with PLP

要素

4-aminobutyrate aminotransferase PuuE

キーワード

TRANSFERASE / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

: / 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae SA1 (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / McChesney, C. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of gamma-aminobutyrate aminotransferase PuuE from Klebsiella pneumoniae in complex with PLP
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2020年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wj8.cif.gz	724.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wj8.ent.gz	535.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wj8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wj8_validation.pdf.gz	462.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wj8_full_validation.pdf.gz	504.1 KB	表示
XML形式データ	6wj8_validation.xml.gz	63 KB	表示
CIF形式データ	6wj8_validation.cif.gz	83.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wj8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/6wj8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1sf2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1sf2-d 7jh3-2 6wop-1 1szk-d 1szu-d 4ffc-d 1sff-d 3q8n-d 4atq-3 4atp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96348

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-aminobutyrate aminotransferase PuuE

B: 4-aminobutyrate aminotransferase PuuE

C: 4-aminobutyrate aminotransferase PuuE

D: 4-aminobutyrate aminotransferase PuuE

181 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.539, 63.351, 128.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.702, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-510- HOH

#1: タンパク質	4-aminobutyrate aminotransferase PuuE / 4-aminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase / Aspartate aminotransferase family protein / Gamma- ...4-aminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase / Aspartate aminotransferase family protein / Gamma-aminobutyrate:alpha-ketoglutarate aminotransferase 分子量: 45198.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae SA1 (肺炎桿菌) 遺伝子: puuE, B4U25_33995, BANRA_03059, BL124_00007420, BN49_0292, BVX91_06685, EAO17_12255, EQH49_04735, EQH51_22015, F2X40_16875, F3G17_22490, F3P37_11860, F6W81_01510, FM021_01460, FOB39_08290, ...遺伝子: puuE, B4U25_33995, BANRA_03059, BL124_00007420, BN49_0292, BVX91_06685, EAO17_12255, EQH49_04735, EQH51_22015, F2X40_16875, F3G17_22490, F3P37_11860, F6W81_01510, FM021_01460, FOB39_08290, NCTC11679_00336, NCTC9617_03808, SAMEA104567806_02818, SAMEA3538476_02828, SK89_04933 プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Magic 参照: UniProt: W9BMV5, UniProt: A0A0H3GYJ5*PLUS, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG3350, 5 mM PLP, GABA. Cryoprotectant 7% gycerol 7% Ethylene glycol 7% Sucrose followed by Paratone followed by annealing in 25% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→25 Å / Num. obs: 48178 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 59.18 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 9.64
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2353 / CC_1/2: 0.521 / R_pim(I) all: 0.539 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3448	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SF2

1sf2

解像度: 2.59→24.93 Å / SU ML: 0.3485 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7868

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2444	1998	4.15 %	RANDOM
R_work	0.1955	-	-	-
obs	0.1975	48165	98.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→24.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12674	0	0	178	12852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	12946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6848	17610
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0471	1980
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	2332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.793	4662

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.59-2.65	0.3534	129	0.2976	3038	X-RAY DIFFRACTION	90.85
2.65-2.72	0.3137	141	0.2764	3249	X-RAY DIFFRACTION	98.69
2.72-2.8	0.3054	143	0.2623	3284	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.8-2.89	0.3247	141	0.2619	3280	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.89-3	0.2971	144	0.245	3298	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3-3.12	0.2764	141	0.2329	3264	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.12-3.26	0.2719	143	0.2266	3291	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.26-3.43	0.3015	142	0.2268	3305	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.43-3.64	0.2778	145	0.2006	3338	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.64-3.92	0.2321	144	0.1855	3321	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.92-4.32	0.2066	145	0.1655	3334	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.32-4.94	0.2083	145	0.1523	3346	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.94-6.21	0.2446	146	0.1841	3384	X-RAY DIFFRACTION	99.94
6.21-24.93	0.1952	149	0.1711	3435	X-RAY DIFFRACTION	99.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.94476712462	3.95820091908	-0.150364744791	3.28175051119	0.643854756016	6.2750631983	-0.0357095046074	-0.317325201209	-0.871551224217	0.118785110218	-0.0411605623629	-0.330341261208	1.0124590765	0.409360392293	0.0634488714103	0.790934899298	0.0812876763566	0.0568242807529	0.348890348915	0.053312461205	0.582741485126	0.842461117744	12.5195462671	38.9385165617
2	1.40835966934	0.0111068754976	0.195228198599	0.644488814558	0.35304688575	1.01460187887	0.0235447967211	0.0637001926351	0.106842027602	-0.0811934115889	-0.0314587608955	-0.0811273994645	0.00404702678698	-0.0285432589332	0.011037277509	0.529237451903	-0.0204192085768	0.0397859151723	0.312082933391	0.0296315487605	0.35965991252	-4.40797126448	33.0373583436	24.1497314188
3	7.81482266715	0.0360200314953	-2.89332967399	4.78613638564	-1.02979892705	4.01679790371	-0.26482017727	1.00752384347	-0.574111675264	-0.0385071935615	-0.0256750965938	0.00301517203975	0.145645985769	-0.855698456762	0.293677211266	0.659358149606	-0.0365797778032	-0.0641311350282	0.682915470913	-0.0620544538661	0.401985781966	-25.6901103372	23.6603984254	9.70088448721
4	1.60580682205	0.265558487325	-0.279175262795	1.43770442501	0.457458390287	0.94918734263	0.064990847964	0.333628882158	0.00817474922413	-0.294686873145	-0.070016501554	-0.127918490817	-0.182599617811	-0.120692963606	0.00237939161666	0.515948373291	0.00850724858134	0.0287266221781	0.368093791245	0.050443909801	0.342380607484	-9.6177289007	35.1980363931	14.9191455006
5	7.82043470404	3.66488988446	2.16598981379	3.50635926583	3.76632725645	5.24894346008	0.0781507165868	0.583439775778	-0.356846469159	-0.0375142105842	0.273083690459	-0.408602644423	0.401771724319	-0.101732485097	-0.356501097738	0.49754291363	-0.0208745619881	0.0394400833111	0.43326863492	0.0151741979804	0.338104116116	0.234796839437	14.2996858522	5.45953525364
6	2.51261345386	-1.31713126698	-0.139113057037	4.53108773212	-3.04865464649	8.2165297493	-0.311652742385	-0.286366025928	-0.800016352566	0.577026638111	0.148545439282	0.216036147157	0.810976908569	-0.62538794737	-0.0425262483255	0.667827761733	-0.0649942738085	0.055331522616	0.424898587555	0.0313407304053	0.482215017931	-6.40685626249	6.04063870735	15.8954647199
7	2.23492337371	0.838141441476	-0.913854764784	1.74304827159	-0.354743277496	3.02104115385	0.0802241792758	0.0567926506678	-0.13471848039	0.0809976145846	-0.0375781604106	0.0152286578159	0.362260316127	0.0310302440531	-0.0751576431228	0.538911700282	0.0104533381795	0.0102791921133	0.309174634369	0.016613011093	0.40726126254	2.97209093867	12.3584113372	14.9292289014
8	4.95972207661	4.70096665651	5.36743223557	9.02395195899	1.46252378331	8.80915498046	-1.02431329056	0.332228011498	0.453600087825	-0.915743220929	0.479916771237	-0.518952004913	-1.0236576978	0.455353216672	0.463088678527	0.648789549375	0.0268706455658	0.0403675649243	0.350423185146	-0.0164264162314	0.454346792565	-1.94666281688	56.2324325396	24.8504066688
9	0.828285624437	-0.135413357119	-0.372339873616	0.590758210133	0.460197319497	0.826115916519	0.0394668425452	-0.0620354671377	0.00599123812016	0.0544104128679	-0.0433080701021	-0.0523662027795	-0.00394971087621	0.0025269971996	0.0153053021276	0.507029380399	-0.0590140137555	0.00261087033495	0.278882068501	0.0706117148799	0.339727311061	-5.82660849287	35.4537983886	39.5727068688
10	9.79509594944	-7.20988097431	-0.214344991894	5.60862459981	-1.07339822282	7.26999283629	-0.399665124263	-0.860292375644	0.0408521955103	0.419147098899	0.357775743679	0.258095254702	-0.125643639819	-0.49490622707	0.107245939653	0.464138001424	0.000451498862621	0.0500493709359	0.456272835354	0.02908146468	0.29853939303	-28.8488789288	42.0724044373	54.0433207438
11	0.457593777678	0.152932519404	-0.357196804811	0.787529235445	-0.143787893689	0.568770488958	-0.00149351234583	-0.0860558212239	-0.0220831615935	0.238924263882	0.00888852925324	-0.0615568339407	0.176784252522	-0.0390600280657	-0.00136900561508	0.512375225117	-0.024066081067	-0.0272182254521	0.322627581637	0.00957118311132	0.372731027656	-9.13739187771	35.6991188041	50.0122009666
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24	1.21400819906	-0.543493391175	-0.154069862691	1.21767241883	-0.536078939644	0.521855005456	0.0493172467021	0.41581074748	-0.721311929895	-0.0296649481798	-0.401673641183	0.77671294407	0.39570845416	-0.807002384209	0.241508982664	0.731538054811	-0.3281265139	0.0503720146568	1.204460217	-0.48483440638	1.17347860918	-54.5505130935	13.7544170463	21.6449652754
25	4.92918297971	-0.384494229763	-1.58380191973	8.49173002798	-4.4729942188	4.98232112485	0.452380540865	0.625245233214	0.473549396906	-1.55886512285	-0.343266918288	1.04592546273	1.18631904978	-0.503164413741	-0.038058908518	1.01638744852	-0.00157667571203	-0.210823444986	1.62828174794	-0.466664202434	0.917354578314	-48.5450616264	20.4099320192	-1.42364507927
26	3.27748688767	0.117691649227	-1.10537563866	3.78945805153	-1.17943136392	1.81865557731	-0.122828279576	-0.00885424233591	1.17292177238	-0.853106385478	-0.57505572185	1.19777085982	-0.222218661586	-1.01674125339	0.711921495951	1.00212592863	0.0729724648818	-0.271437442636	1.96402028501	-0.462527112929	1.08534303242	-60.2379315494	24.8683115169	1.26724867478

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 164 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 165 through 192 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 193 through 318 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 319 through 350 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 351 through 380 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 381 through 421 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 25 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 26 through 168 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 169 through 192 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 193 through 340 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 341 through 367 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 368 through 421 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 3 through 46 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 47 through 70 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 71 through 168 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 169 through 192 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 193 through 357 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 358 through 380 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 381 through 421 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 3 through 95 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 96 through 168 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 169 through 217 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 218 through 340 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 341 through 368 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 369 through 421 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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万見 (Yorodumi)