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- PDB-6wj7: The structure of NTMT1 in complex with compound C2A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wj7
タイトルThe structure of NTMT1 in complex with compound C2A
要素
  • GLY-PRO-LYS-ARG-ILE-ALA-NH2
  • N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / enzyme / inhibitor complex / transferase-transferase-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal peptidyl-glycine methylation / N-terminal peptidyl-proline dimethylation / N-terminal peptidyl-serine dimethylation / N-terminal peptidyl-serine trimethylation / protein N-terminal methyltransferase / N-terminal protein N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / spindle organization / histone methyltransferase activity / chromosome segregation ...N-terminal peptidyl-glycine methylation / N-terminal peptidyl-proline dimethylation / N-terminal peptidyl-serine dimethylation / N-terminal peptidyl-serine trimethylation / protein N-terminal methyltransferase / N-terminal protein N-methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / spindle organization / histone methyltransferase activity / chromosome segregation / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-N-methyltransferase NTM1 / AdoMet dependent proline di-methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AN6 / N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Srinivasan, K. / Chen, D. / Huang, R. / Noinaj, N.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM117275 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127896 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA023168 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Probing the Plasticity in the Active Site of Protein N-terminal Methyltransferase 1 Using Bisubstrate Analogues.
著者: Chen, D. / Dong, C. / Dong, G. / Srinivasan, K. / Min, J. / Noinaj, N. / Huang, R.
履歴
登録2020年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年2月22日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_validate_rmsd_bond / refine / refine_hist / refine_ls_shell / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 3.02024年4月24日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1
A: GLY-PRO-LYS-ARG-ILE-ALA-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3563
ポリマ－27,9612
非ポリマー3951
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.804, 72.804, 80.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-510-

HOH

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要素

#1: タンパク質 N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1 / Alpha N-terminal protein methyltransferase 1A / Methyltransferase-like protein 11A / N-terminal ...Alpha N-terminal protein methyltransferase 1A / Methyltransferase-like protein 11A / N-terminal RCC1 methyltransferase / X-Pro-Lys N-terminal protein methyltransferase 1A / NTM1A


分子量: 27320.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTMT1, C9orf32, METTL11A, NRMT, NRMT1, AD-003 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BV86, protein N-terminal methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド GLY-PRO-LYS-ARG-ILE-ALA-NH2


分子量: 640.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-AN6 / 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl](ethyl)amino}-5'-deoxyadenosine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 395.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N7O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.8 M Lithium Chloride 0.1 M Tris: HCl, pH 8.5 32 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 46403 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 16.51 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.42→1.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4545 / CC1/2: 0.46 / Rsym value: 1.3 / % possible all: 99.78

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DTN

6dtn


解像度: 1.42→24.59 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 1996 4.3 %
Rwork0.165 --
obs0.166 46403 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→24.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1816 0 0 233 2049
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.42-1.460.27231410.26083119X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.50.25321410.22843093X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.540.26111410.2283176X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.590.24611430.18993131X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.650.22651380.18333121X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.720.19411390.17453166X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.790.17791380.17053141X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.890.17191460.15793161X-RAY DIFFRACTION100
1.89-2.010.17021430.1653182X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.160.17051390.1523163X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.380.17461450.1683167X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.720.21821450.17093216X-RAY DIFFRACTION100
2.72-3.430.1931450.16633227X-RAY DIFFRACTION100
3.43-24.590.16251520.13983344X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.249-0.06920.03620.3159-0.46320.78670.00490.03790.0006-0.0530.01120.5760.0037-0.56320.23220.12760.01120.02020.27190.00630.268815.4601-12.52137.5017
20.06990.0648-0.01350.0649-0.0379-0.00550.06640.02520.007-0.1135-0.02030.14580.13180.01680.00010.1818-0.015-0.0180.14380.01360.141827.7149-19.6259-3.2834
30.4886-0.11220.45030.6969-0.15710.137-0.08080.37930.0153-0.2329-0.004-0.2338-0.0570.3621-0.0330.1432-0.01930.00730.18230.03360.147142.1666-7.9671-2.4774
40.2399-0.04480.15690.49310.16370.3107-0.0338-0.02990.10090.0453-0.092-0.1279-0.00890.0666-0.0440.1227-0.0147-0.03450.13290.03080.177744.4108-7.44499.7232
50.4070.02120.5370.9065-0.37130.73420.01580.0065-0.0365-0.0109-0.0483-0.10460.06660.0198-00.12080.0056-0.00180.11860.00480.13738.2816-19.71618.1004
60.233-0.1722-0.05560.4192-0.44750.50960.0334-0.2406-0.04140.2526-0.0724-0.0281-0.0457-0.0796-00.1673-0.0009-0.01450.1555-0.0120.12733.9759-11.984217.8061
70.31250.2616-0.00081.1661-0.78280.977-0.0402-0.01850.16330.0460.03110.1051-0.2421-0.0893-0.00060.15490.0202-0.01170.1119-0.02670.134528.5265-3.33987.6185
80.38710.03760.4630.0769-0.20920.4458-0.1380.08870.2797-0.06690.02830.189-0.3186-0.0758-0.00460.24410.0279-0.03980.1173-0.01560.212829.58044.46163.7092
90.13040.1183-0.04760.6389-0.22960.2415-0.02340.02610.0268-0.08930.0453-0.1531-0.15440.01990.00250.1766-0.0136-0.0170.12040.01270.129233.0393-2.3136-5.4214
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'B' AND (RESID 5 THROUGH 22 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'B' AND (RESID 23 THROUGH 34 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID 35 THROUGH 53 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 54 THROUGH 73 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 74 THROUGH 110 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 111 THROUGH 130 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 131 THROUGH 181 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 182 THROUGH 206 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 207 THROUGH 223 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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