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- PDB-6whp: Structure of Choline kinase from Cryptococcus neoformans var. gru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6whp
タイトルStructure of Choline kinase from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A
要素Choline kinase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Choline kinase / Cryptococcus neoformans / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Choline/ethanolamine kinase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / kinase activity / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Choline kinase
機能・相同性情報
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of Choline kinase from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A
著者: Abendroth, J. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4517
ポリマ－50,1591
非ポリマー2936
水2,270126
1
A: Choline kinase
ヘテロ分子

A: Choline kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,90214
ポリマ－100,3172
非ポリマー58512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
Buried area6210 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area35450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.500, 129.500, 160.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Choline kinase


分子量: 50158.512 Da / 分子数: 1 / 断片: CrneC.00459.a.B2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (菌類)
株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_04408 / プラスミド: CrneC.00459.a.B2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J9VWY8
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Microlytic/Anatrace MCSG-1 screen, condition D7: 100mM sodium citrate tribasic / citric acid pH 5.5, 20% (w/V) PEG 3350: CrneC.00459.a.B2.PW38290 at 21.6mg/ml: cryo: 20% EG: tray: 293589d7, puck hek5-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月18日
放射モノクロメーター: C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 23840 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.429 % / Biso Wilson estimate: 50.374 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 24.84
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.25-2.316.4020.563.2717680.8710.60898.2
2.31-2.376.3950.4594.0117250.8960.49898
2.37-2.446.4430.3635.0916870.940.39497.9
2.44-2.526.3860.2886.3516130.9560.31397.8
2.52-2.66.4540.2447.5315800.9720.26597.6
2.6-2.696.4290.1919.6415230.980.20797.6
2.69-2.796.4170.14712.4814730.9870.1697.4
2.79-2.96.4360.10916.1514080.9930.11897
2.9-3.036.4520.0919.4113530.9950.09896.7
3.03-3.186.4690.0724.4512890.9970.07696.3
3.18-3.356.4650.05331.2912270.9980.05896.3
3.35-3.566.390.04139.3211550.9990.04495.9
3.56-3.86.4830.03446.311010.9990.03696.2
3.8-4.116.430.02953.6610100.9990.03195.4
4.11-4.56.4940.02559.249260.9990.02795.4
4.5-5.036.4590.02461.498520.9990.02694.7
5.03-5.816.5230.02260.757460.9990.02394.4
5.81-7.126.4230.02162.2263310.02393.4
7.12-10.066.4110.0177049410.01892.5
10.06-505.8270.01770.6227710.01887.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.18rc4精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MR-Rosetta位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: top 10 hits from hhpred search: 3MES_B, 3FEG_A, 5FTG_A, 3C5I_D, 4DA5_A, 1NW1_A, 2QG7_D, 4R78_A, 3DXQ_A, 2PPQ_A

解像度: 2.25→40.98 Å / SU ML: 0.2674 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.7314 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2259 1853 7.77 %0
Rwork0.1812 ---
obs0.1847 23835 96.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3361 0 15 126 3502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83154767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0513519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.64671247
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.310.26341590.22751679X-RAY DIFFRACTION98.24
2.31-2.380.29351140.21731717X-RAY DIFFRACTION98.07
2.38-2.460.27221500.21691696X-RAY DIFFRACTION97.88
2.46-2.540.23731050.21171737X-RAY DIFFRACTION97.62
2.54-2.650.30481580.21991684X-RAY DIFFRACTION97.67
2.65-2.770.29021380.22121685X-RAY DIFFRACTION97.33
2.77-2.910.24991480.22411667X-RAY DIFFRACTION97.01
2.91-3.090.28521660.21481673X-RAY DIFFRACTION96.74
3.09-3.330.24371380.20241683X-RAY DIFFRACTION96.15
3.33-3.670.23991610.18431679X-RAY DIFFRACTION96.28
3.67-4.20.18381500.15531678X-RAY DIFFRACTION95.51
4.2-5.290.18561100.13991706X-RAY DIFFRACTION94.78
5.29-40.980.18561560.1631698X-RAY DIFFRACTION92.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.679998323870.430508682030.2268747751231.46058940690.1624257483042.89290048506-0.0326427502933-0.144202164775-0.146671900146-0.00660790268024-0.0512925653361-0.1200402127140.403324317203-0.2816487937480.08034151336790.357652422005-0.0355134360602-0.02391265326750.2812115463960.1129567928310.347491644335-2.0685296283128.703527799763.8099917877
22.034322923320.338780968677-0.7312838095991.58731747038-0.8882372236213.64499622016-0.0915042444974-0.428109368460.1883827580150.261915158953-0.0773147929681-0.175139490528-0.463131518380.1443867676610.1710974341090.340179890578-0.0291879014521-0.1000677945080.358043742421-0.04199762910570.3435330055543.2606641132144.267284345386.438999998
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 88 through 248 )88 - 2481 - 160
22chain 'A' and (resid 249 through 518 )249 - 518161 - 430

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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