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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6whm | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the 2009/H1N1/California PA endonuclease wild type bound to DNA oligomer TAGC (cleaved TTAGCATT, 5mM overnight DNA soak) | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/DNA / NUCLEASE / INFLUENZA / DNA oligomer / cleaved / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuypers, M.G. / Kumar, G. / Webb, T. / White, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the substrate specificity of the endonuclease activity of the influenza virus cap-snatching mechanism. 著者: Kumar, G. / Cuypers, M. / Webby, R.R. / Webb, T.R. / White, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 23148.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 細胞株: 2009/H1N1/CALIFORNIA / 遺伝子: PA-X, PA / Variant: 2009/H1N1/CALIFORNIA / 株: A/Luxembourg/43/2009(H1N1) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2416.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 5種, 143分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MN / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.8, 1 M AMMONIUM SULFATE, 0.02M MGCL2, 0.02M MNCL2. Temp details: controlled Temperature room |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 21245 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 39.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 46.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.779 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2048 / CC1/2: 0.786 / Rpim(I) all: 0.308 / Rrim(I) all: 0.74 / % possible all: 95.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5vpt 解像度: 1.92→37.35 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 184.86 Å2 / Biso mean: 59.2088 Å2 / Biso min: 28.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.92→37.35 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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