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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6whf
タイトルclass C beta-lactamase from Escherichia coli in complex with cephalothin
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / class C beta-lactamase / Escherichia coli / cephalothin / structural genomic / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9EP / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Chang, C. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: class C beta-lactamase from Escherichia coli in complex with Cephalothin
著者: Chang, C. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,67213
ポリマ-79,3162
非ポリマー1,35611
7,656425
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3677
ポリマ-39,6581
非ポリマー7096
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3056
ポリマ-39,6581
非ポリマー6475
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.185, 46.298, 108.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-748-

HOH

21B-753-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 39658.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: class C beta-lactamase / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : A35218R
遺伝子: bla(ampc-EC31), blaEC, AJ318_17250, AZZ83_002790, D7Y10_20755, D7Y10_27165, D9L99_20655, D9L99_27090, DJ487_18405, DW236_18485, ELT23_15185
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q104Z6, UniProt: P00811*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-9EP / (2R)-5-[(acetyloxy)methyl]-2-{(1R)-2-oxo-1-[(thiophen-2-ylacetyl)amino]ethyl}-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / Cephalotin, bound form


分子量: 398.454 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C16H18N2O6S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 20% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 133142 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 16.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.325 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 839925
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.4-1.426.30.33465100.9490.1410.3640.78596.5
1.42-1.456.30.29965940.9570.1260.3250.82296.3
1.45-1.486.30.26465200.960.1120.2880.92297.4
1.48-1.516.30.23666010.9660.10.2561.00597
1.51-1.546.20.20966010.9720.0890.2281.11596.9
1.54-1.5860.19165330.9720.0830.2091.2695.9
1.58-1.626.30.1765410.9790.0710.1841.3796.6
1.62-1.666.50.15566180.9830.0650.1691.47297.1
1.66-1.716.50.14466330.9840.060.1561.5897.9
1.71-1.766.30.1367310.9850.0550.1421.73998.5
1.76-1.836.30.11966330.9870.0510.1291.70997.8
1.83-1.960.11264880.9860.0490.1231.65395.6
1.9-1.996.50.167550.9910.0420.1091.55498.7
1.99-2.096.50.09667360.9910.040.1041.43798.8
2.09-2.226.40.08967550.9920.0380.0971.28898.7
2.22-2.396.10.08566100.9910.0370.0931.23996.9
2.39-2.636.50.07967860.9930.0330.0861.30498.8
2.63-3.026.40.07468460.9940.0310.081.25899.5
3.02-3.86.10.06867040.9940.030.0751.35297
3.8-506.20.06169470.9920.0270.0671.58997.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHENIX1.17.1_3660精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6wa7

6wa7
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.4→48.67 Å / SU ML: 0.1206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.9979
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1807 12903 4.99 %
Rwork0.163 --
obs0.1638 133136 96.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→48.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5610 0 88 425 6123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00575999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87048199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811884
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00571064
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.97352203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.410.27183820.21687273X-RAY DIFFRACTION85.81
1.41-1.430.2124190.20028043X-RAY DIFFRACTION95.72
1.43-1.450.2165160.19798130X-RAY DIFFRACTION95.45
1.45-1.470.21354610.19178140X-RAY DIFFRACTION97.08
1.47-1.490.19664250.18398166X-RAY DIFFRACTION95.61
1.49-1.510.20614350.17598176X-RAY DIFFRACTION96.67
1.51-1.530.18694740.16958173X-RAY DIFFRACTION96.89
1.53-1.550.18573950.16278185X-RAY DIFFRACTION96.05
1.55-1.570.20014390.16678021X-RAY DIFFRACTION95.1
1.57-1.60.18024870.15818088X-RAY DIFFRACTION94.69
1.6-1.630.18383970.1598231X-RAY DIFFRACTION98.15
1.63-1.660.21124030.15778224X-RAY DIFFRACTION96.07
1.66-1.690.18154270.15588296X-RAY DIFFRACTION97.77
1.69-1.720.19644200.15748245X-RAY DIFFRACTION96.93
1.72-1.760.15544020.15138406X-RAY DIFFRACTION98.23
1.76-1.80.17814030.15888204X-RAY DIFFRACTION96.83
1.8-1.850.17453800.15968264X-RAY DIFFRACTION96.67
1.85-1.90.20154440.16297980X-RAY DIFFRACTION94.64
1.9-1.950.18364120.16128299X-RAY DIFFRACTION97.72
1.95-2.020.17824520.16268300X-RAY DIFFRACTION97.21
2.02-2.090.17564260.16368352X-RAY DIFFRACTION98.58
2.09-2.170.18294720.16358258X-RAY DIFFRACTION98.22
2.17-2.270.19064490.16148348X-RAY DIFFRACTION98.35
2.27-2.390.18323950.16828134X-RAY DIFFRACTION95.53
2.39-2.540.17394270.16458365X-RAY DIFFRACTION98.44
2.54-2.740.17954440.17568429X-RAY DIFFRACTION98.86
2.74-3.010.19374290.17498356X-RAY DIFFRACTION98.85
3.01-3.450.18534250.17218191X-RAY DIFFRACTION96.55
3.45-4.340.1724360.15088299X-RAY DIFFRACTION97.52
4.34-48.670.15464270.14648243X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2531167949270.17503524487-0.001230801409120.3953696047850.03181591523390.0320736455643-0.1377858488180.3620706846080.0988020059486-0.5175437397090.0669840998390.0631054110632-0.548426215358-0.100497284389-0.01355970905070.3640198349170.0840273360419-0.09617293645640.2262120202110.05342428303390.18247211945124.245169537414.293675699713.7914937754
20.2315576037770.1435153759590.2364338793560.5471754117610.1636920470480.267000263408-0.01371356756750.0421947052279-0.0233628347022-0.0717414843792-0.04617523017030.128887182151-0.0701436687595-0.197804919398-0.02805336498060.1272812026650.0149275951938-0.01565990900350.177538118003-0.04212141941560.13276895521621.24908696680.67277480667721.4583815562
30.536162790472-0.00731650878720.159378931190.6024470257970.004486004076860.2142345870330.0215418051524-0.0870120992395-0.08927691316830.221478292364-0.00817981713082-0.08610809593890.140440530399-0.0335023923595-0.004116659394010.209724507764-0.0244762348793-0.02388827093760.1155468670630.009690496437850.13386344857236.481997557-10.895783170644.308408784
40.2789525383450.16639318306-0.0079664366620.4701376677750.03986693356890.7403222365590.01071831032190.0531314823142-0.084113103361-0.018839801369-0.03850064128990.1290445322150.16899721077-0.171119791397-0.01948048238040.109659909216-0.0334278853724-0.004784887499850.145457313331-0.04169184120910.12951609264220.9378941646-7.9323465328527.7147303908
50.495305719053-0.02843824914540.2269091973720.6482650350310.02372664244210.828131853131-0.037139375938-0.0005373136180470.06344768673420.0449907287936-0.0541216724290.0451774767975-0.0956008393938-0.0928994875823-0.1928539563410.1004588824410.0012102358961-0.002541144420580.0911928895759-0.02540136007150.115334075228.48803043118.460147967733.8982126298
60.108022259058-0.01290465506550.003730462207210.107163024696-0.08393863639680.1930005924460.01300322329330.164066366731-0.188538143981-0.443433250323-0.05222055826550.04959822758160.533942272083-0.03605076586090.01094321941790.4579188123790.01299818074120.05283934931840.186741482621-0.0119772126920.22533886080467.48247805-9.807102429844.05455222059
70.8260256952380.132917807752-0.5355960463990.511203873833-0.2224607021570.3451474237080.01579155912410.01881262550320.0969050462272-0.197277141999-0.00336445408651-0.1407460038750.1052796417580.03168213201770.00654917754040.1864403012640.004088103025390.02595555720110.1499139597280.03111008646990.13759604836869.09045674355.274520780519.23853736573
80.470000272346-0.0693606963562-0.4909413239780.614435063597-0.09948616522090.4877069161640.0919241790056-0.1424760430430.1765856446160.09728864252820.06264637966410.0917280276351-0.1955129174990.2120462074820.05270783211120.172312722332-0.04069473532360.03343790518110.152444208837-0.02902326900990.19324607516556.320372911917.510856737333.4909651744
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 106 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 107 through 189 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 190 through 265 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 266 through 388 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 30 through 50 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 51 through 106 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 107 through 189 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 190 through 282 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 283 through 388 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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