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- PDB-6wgm: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wgm
タイトルCrystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for pyroglutamate (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, scf7180008839099) in complex with co-purified pyroglutamate
要素TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PYROGLUTAMIC ACID / TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Fedorov, E. / Vetting, M.W. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C. / Ghosh, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, GOS_140), in ...タイトル: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, GOS_140), in complex with co-purified pyroglutamate
著者: Vetting, M.W. / Fedorov, E. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C. / Ghosh, A.
履歴
登録2020年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,37319
ポリマ－35,3761
非ポリマー99718
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Superdex S200
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.251, 56.251, 193.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component


分子量: 35375.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pyroglutamate / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: HIMB100_00003270 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PRIL / 参照: UniProt: G5ZWD6

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非ポリマー , 5種, 314分子

#2: 化合物 ChemComp-PCA / PYROGLUTAMIC ACID / ピログルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 129.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 % / 解説: Hexagonal
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1M Malonic Acid, 0.15 M Ammonium Citrate tribasic, 0.072 M Succinic Acid, 0.18 M DL-Malic Acid, 0.24 M Sodium Acetate, 0.3 M Sodium Formate, 0.096 M Ammonium Tartrate Dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月8日 / 詳細: KB MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→38.9 Å / Num. obs: 68041 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/av σ(I): 12.8 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル

CC star: 0.94 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.4-1.4211.21.78912.833430.7850.5620.1699.9
7.67-38.99.40.0521.64160.9950.0180.05595.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.4 Å38.9 Å
Translation5.4 Å38.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZO720データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PFZ

2pfz


解像度: 1.4→24.36 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.67 / 詳細: Individual B-Factors, TLS, Occupancies
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1679 3476 5.12 %
Rwork0.1507 --
obs0.1516 67843 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.29 Å2 / Biso mean: 22.0333 Å2 / Biso min: 10.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→24.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2339 0 64 298 2701
Biso mean--37.13 31.88 -
残基数----304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052505
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7543385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.477357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006436
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4-1.420.35651400.29452555100
1.42-1.440.28961190.2766261299
1.44-1.460.29821220.2482549100
1.46-1.480.23851150.2352610100
1.48-1.510.25971280.22332565100
1.51-1.530.20741500.20452561100
1.53-1.560.23941540.19662612100
1.56-1.590.18651310.17792518100
1.59-1.620.21441240.16972577100
1.62-1.660.18981250.16432627100
1.66-1.70.16611310.15712589100
1.7-1.740.18941760.16442497100
1.74-1.790.17811220.15192592100
1.79-1.840.16721450.15212579100
1.84-1.90.15651550.1452562100
1.9-1.970.15511370.14772583100
1.97-2.050.1651330.14262577100
2.05-2.140.17611610.14252548100
2.14-2.250.15651710.13662579100
2.25-2.390.15221710.14532517100
2.39-2.580.14621470.14132599100
2.58-2.840.16211360.14962577100
2.84-3.250.17831370.14712586100
3.25-4.090.13941270.12692608100
4.09-24.360.14441190.1253258899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.93130.03840.40611.35860.31081.7285-0.0322-0.1051-0.04930.17610.04230.04570.1886-0.1758-0.01510.1472-0.00140.0070.11820.01180.126921.932-14.02413.249
21.0515-0.1674-0.21481.69440.06751.1393-0.08570.02390.0199-0.05940.1123-0.0346-0.0670.0858-0.02630.1654-0.0353-0.00330.14740.00980.159832.113-1.672-2.232
30.6580.10420.35390.72860.10441.2024-0.04860.1271-0.0328-0.07970.1035-0.04170.05570.0784-0.04780.1269-0.01560.00610.13370.00430.123627.876-12.115-7.026
40.51890.03830.29090.68270.30881.3065-0.0260.0828-0.0688-0.06250.05950.02070.11190.0716-0.03230.1506-0.01420.00070.1157-0.00210.144625.411-16.159-4.986
50.17280.19920.35151.00690.25451.0535-0.09290.1067-0.0682-0.0510.175-0.19760.13160.4311-0.06670.18560.01480.00420.2414-0.03310.202136.678-15.744-1.855
60.1787-0.0001-0.13991.6517-0.63430.6254-0.08690.09610.0736-0.17110.075-0.044-0.08970.0960.00780.1891-0.073-0.01610.18530.02310.178631.8354.083-8.162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 20:91 )A20 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 92:124 )A92 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 125:162 )A125 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 163:244 )A163 - 244
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 245:299 )A245 - 299
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND ( RESID 300:323 OR RESID 401:401 ) )A300 - 323
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND ( RESID 300:323 OR RESID 401:401 ) )A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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