PDB-6wg4: Crystal structure of human SMC1-SMC3 hinge domain heterodimer in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wg4

タイトル

Crystal structure of human SMC1-SMC3 hinge domain heterodimer in south-open conformation

要素

Structural maintenance of chromosomes protein
Structural maintenance of chromosomes protein 3

キーワード

CELL CYCLE / ATPase / DNA-binding protein / Genome organization / Sister chromatid cohesion / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

response to DNA damage checkpoint signaling / Cohesin Loading onto Chromatin / meiotic cohesin complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / lateral element / mediator complex binding / establishment of mitotic sister chromatid cohesion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Shi, Z.B. / Yu, H.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the human cohesin-NIPBL-DNA complex.
著者: Zhubing Shi / Haishan Gao / Xiao-Chen Bai / Hongtao Yu /

要旨: As a ring-shaped adenosine triphosphatase (ATPase) machine, cohesin organizes the eukaryotic genome by extruding DNA loops and mediates sister chromatid cohesion by topologically entrapping DNA. How ...

履歴

登録	2020年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年7月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wg4.cif.gz	192.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wg4.ent.gz	127.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wg4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wg4_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wg4_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	6wg4_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	6wg4_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wg4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	21658C 21663C 6wg3C 6wg6C 6wgeC 2wd5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rb0-2 1s9f-3 5cb1-1 3khg-2 6mjs-d 3rbe-2 5lj8-d 3v6h-2 6sr8-2 2xcp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Structural maintenance of chromosomes protein

B: Structural maintenance of chromosomes protein 3

42.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.291, 119.612, 127.119
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-596- ARG
2	1	B-791- HOH

#1: タンパク質	Structural maintenance of chromosomes protein 分子量: 20161.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMC1A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8JLG1, UniProt: Q14683*PLUS
#2: タンパク質	Structural maintenance of chromosomes protein 3 / SMC-3 / Basement membrane-associated chondroitin proteoglycan / Bamacan / Chondroitin sulfate ...SMC-3 / Basement membrane-associated chondroitin proteoglycan / Bamacan / Chondroitin sulfate proteoglycan 6 / Chromosome-associated polypeptide / hCAP 分子量: 22762.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMC3, BAM, BMH, CSPG6, SMC3L1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UQE7
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.52 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2% 1,4-dioxane, 0.1 Tris pH 8.0, 15% polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 21541 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 12.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.64 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 43.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / R_merge(I) obs: 1.108 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 751 / CC_1/2: 0.768 / CC star: 0.932 / R_pim(I) all: 0.389 / R_rim(I) all: 1.18 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WD5

2wd5

解像度: 2.31→43.56 Å / SU ML: 0.227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.8758

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2354	2000	9.29 %
R_work	0.1829	-	-
obs	0.1877	21536	81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→43.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2704	0	0	209	2913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	2817
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0518	3800
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0533	421
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0068	496
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	28.0029	387

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.31-2.37	0.2606	53	0.1988	455	X-RAY DIFFRACTION	27.06
2.37-2.43	0.2594	55	0.2212	581	X-RAY DIFFRACTION	34.1
2.43-2.5	0.2588	73	0.2255	711	X-RAY DIFFRACTION	42.04
2.5-2.58	0.3394	84	0.2016	929	X-RAY DIFFRACTION	53.74
2.58-2.68	0.2651	147	0.2164	1364	X-RAY DIFFRACTION	81.24
2.68-2.78	0.2828	165	0.2189	1680	X-RAY DIFFRACTION	98.03
2.78-2.91	0.2674	184	0.2108	1708	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.91-3.06	0.2873	168	0.2131	1692	X-RAY DIFFRACTION	99.09
3.06-3.25	0.2651	186	0.1995	1695	X-RAY DIFFRACTION	99.26
3.26-3.51	0.2095	169	0.1684	1724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.86	0.2064	177	0.1684	1727	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.86-4.42	0.2122	176	0.1466	1709	X-RAY DIFFRACTION	98.64
4.42-5.56	0.1939	184	0.1562	1746	X-RAY DIFFRACTION	99.9
5.56-43.56	0.2423	179	0.1962	1815	X-RAY DIFFRACTION	98.13

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.18526644391	0.424312903525	-1.88166306254	6.91321215314	-2.10450413001	6.24499812019	0.254524991581	0.233667349863	0.283666238307	-0.273303160389	0.320336744124	0.683127802739	-0.579199854051	-0.637715233224	-0.585904598116	0.820622133986	-0.166650838957	0.0717828697127	0.947644744987	0.472186990922	0.758586211559	-3.83725282912	-22.7646713494	-30.9934366808
2	1.05891506991	1.24629784823	-1.25717048341	2.49576163932	-1.21642403806	1.56079455261	-0.0612165213406	0.165228407124	0.0401320731183	-0.349633714547	0.126808747749	-0.0173479473339	-0.186189532153	-0.106848434216	-0.0614951002016	0.466209923949	-0.0784374721406	0.0614379821783	0.6951995174	0.335782714067	0.385042793049	-14.0122968772	-40.0781572543	-29.7655890897
3	3.291524594	1.23182518038	-0.936630960335	6.95945197459	-0.16812234445	2.96127292314	0.275810590033	-0.190059578607	0.376378380368	0.679611285723	-0.183629843714	-0.0365649273023	-0.711963106387	0.282480368719	-0.0851476769513	0.588124053772	-0.135693973538	0.089960006389	0.899354679583	0.45390836442	0.831653396126	-3.42322816355	-29.3408072802	-20.580786166
4	3.93795465551	3.75877429463	-4.24432167436	7.07541092466	-1.47536788146	7.72794482732	-0.583942708933	0.0687555345546	-1.22637646186	-0.424720432685	0.230845163952	-1.42076995654	0.851715583772	0.863658062693	0.344647506522	0.505479648192	0.0362754109761	0.0873733974138	0.819655722271	0.00814609956459	0.688061511921	-10.9644719121	-59.1327039885	-25.6772603453
5	2.0679624907	0.759214454534	-0.790779306635	2.2431431524	1.7248659194	4.71685211227	-0.177702729725	0.371240274941	-0.0193316465018	-0.98931766279	0.213818239783	-0.632442103324	-0.429770388134	0.0870137428827	-0.0397816629813	0.573217876014	-0.0775053588245	0.194283951788	0.867521317471	0.302362936965	0.534648768557	-5.34946123675	-44.0769982151	-28.4116808461
6	3.43346445176	1.67997054651	-2.17188453658	2.34353986155	-1.17023884295	3.33529734931	-0.297140492727	0.236052336113	-0.255430214886	-0.323385095388	0.0843996735914	-0.200216573606	0.41660984268	-0.0396928500441	0.304192147144	0.196759499406	-0.0441156824394	0.0576573683482	0.469961565017	0.236215054007	0.306336632826	-20.9218871716	-54.2994905454	-19.3460476808
7	2.03451346568	0.309679052407	-1.32222608553	0.366762098224	0.0162858549163	1.00753048253	0.173943806457	0.209414513003	0.231299369827	-0.216366637313	-0.247997204438	-0.298648856234	-0.643787557655	0.422246413428	0.0755573449585	0.632593201126	-0.0495961436677	-0.0341021289514	1.00078275851	0.533888664097	0.767382241036	-24.0925925095	-37.7193399377	-29.9794945199
8	0.260757442581	-0.982887999987	0.724661108596	8.82317143528	-0.14603096296	3.31960931188	0.131806106947	0.527325879385	0.520540090732	-0.882901118912	-0.347831981708	-0.737611805441	-1.07183201795	0.780211159634	0.222009596068	1.24143687227	-0.100188384291	0.0613152150962	1.41689330644	0.655123867848	1.06797375039	-17.2298690006	-31.2536979242	-42.1288621544
9	1.12239901404	-0.11021519158	0.526342807062	1.14676029808	-0.338271635323	0.905138274302	-0.0698120111375	0.151517988846	0.215665989665	-0.118535741204	-0.0422363021173	-0.0341334723641	-0.122386812351	0.105606862272	0.0898500948308	0.300085866026	0.06602367372	-0.117630727641	0.303609221451	0.245657767338	0.428591811851	-38.9731219404	-40.0922903716	-16.4762648792
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12	0.470989213259	-0.33132594326	0.567759524097	2.38630173395	-1.20039757779	2.51396315405	-0.0141239704341	0.179331837186	0.132531925339	-0.297043569742	-0.0122552026024	0.0310489518872	0.00596300606549	-0.00728385008539	-0.0565010971275	0.140710560933	0.0112880416351	0.00472617631725	0.280400790736	0.278494152728	0.275589610197	-31.9688019521	-49.2083370737	-15.5076835363
13	6.20958570549	3.21143889318	3.12808878781	5.39445777801	6.26143076001	7.37338339694	0.223226239563	-0.613007449344	-0.0369354309678	1.18314943487	0.187783915151	-1.01505461387	0.866295733569	0.953303720546	-0.416730631002	0.578455684362	0.0294898705082	-0.191910066447	0.757880408294	0.115565316799	0.621873062208	-15.4461852047	-47.2814310739	9.15132630052
14	5.63305609659	1.83891103517	-0.655701927396	2.58194045531	0.759938732829	1.87460200842	0.0057358540171	-0.267055194179	0.181095797982	0.212869643268	-0.021413844272	-0.382327780073	-0.138540111097	0.370447737953	-0.029132832076	0.127014656795	-0.0396399850094	-0.107835286423	0.144837175862	0.0841597215264	0.349257838469	-27.2662971179	-45.7044224378	4.17780091886
15	5.7179381603	1.52611075472	2.12644125287	0.701977367556	1.5915100796	4.34804665568	0.0601601259805	-0.649094191687	0.427811890674	0.266780702827	0.319667932553	-1.02770524163	-0.417384408976	1.19223849041	-0.412521776394	0.517342897244	-0.293942551028	-0.241862702984	0.873518300888	0.0478008679143	1.04094855591	-11.556412932	-36.4305789652	7.97767130313
16	4.60523250338	-5.86611085236	-4.11163085365	7.60590808103	5.89098678182	6.87418244997	0.199253766525	-0.383067936202	1.05662613794	-0.742248794927	0.58585599054	-1.68336599293	-1.08915657021	1.39254984231	-0.813033438728	0.803655631678	-0.394059772884	-0.181687310527	0.778546838182	0.0100999509367	1.15188635545	-12.141340148	-32.9255963073	1.7997376711

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 499 through 514 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 515 through 543 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 544 through 582 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 583 through 594 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 595 through 613 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 614 through 655 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 656 through 666 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 667 through 674 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 500 through 522 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 523 through 543 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 544 through 559 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 560 through 594 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 595 through 605 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 606 through 627 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 628 through 652 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 653 through 664 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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