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- PDB-6wev: Crystal structures of human E-NPP 1: bound to N-{[1-(6,7-dimethox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wev
タイトルCrystal structures of human E-NPP 1: bound to N-{[1-(6,7-dimethoxy-5,8-dihydroquinazolin-4-yl)piperidin-4-yl]methyl}sulfuric diamide
要素Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / human E-NPP 1 / drug discovery / inhibitors / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / inorganic diphosphate transport / GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / UTP diphosphatase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / dinucleotide phosphatase activity / phosphodiesterase I / nucleotide diphosphatase ...: / inorganic diphosphate transport / GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / UTP diphosphatase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / dinucleotide phosphatase activity / phosphodiesterase I / nucleotide diphosphatase / nucleic acid metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / nucleoside triphosphate catabolic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of bone mineralization / phosphate ion homeostasis / negative regulation of D-glucose import across plasma membrane / melanocyte differentiation / regulation of bone mineralization / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate-containing compound metabolic process / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / exonuclease activity / negative regulation of fat cell differentiation / bone mineralization / response to ATP / polysaccharide binding / phosphatase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / ATP metabolic process / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / insulin receptor binding / generation of precursor metabolites and energy / negative regulation of cell growth / cellular response to insulin stimulus / gene expression / nucleic acid binding / basolateral plasma membrane / immune response / lysosomal membrane / calcium ion binding / cell surface / protein homodimerization activity / : / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A ...Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-TZS / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Peat, T.S. / Dennis, M. / Newman, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Other government オーストラリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of human ENPP1 in apo and bound forms.
著者: Dennis, M.L. / Newman, J. / Dolezal, O. / Hattarki, M. / Surjadi, R.N. / Nuttall, S.D. / Pham, T. / Nebl, T. / Camerino, M. / Khoo, P.S. / Monahan, B.J. / Peat, T.S.
履歴
登録2020年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AbA: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
BbB: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,52317
ポリマ－210,1172
非ポリマー4,40615
水36020
1
AbA: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,6239
ポリマ－105,0581
非ポリマー2,5658
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BbB: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,9008
ポリマ－105,0581
非ポリマー1,8417
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.278, 158.993, 209.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AbABbB

#1: タンパク質 Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1 / E-NPP 1 / Membrane component chromosome 6 surface marker 1 / Phosphodiesterase I/nucleotide ...E-NPP 1 / Membrane component chromosome 6 surface marker 1 / Phosphodiesterase I/nucleotide pyrophosphatase 1 / Plasma-cell membrane glycoprotein PC-1


分子量: 105058.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENPP1, M6S1, NPPS, PC1, PDNP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P22413, phosphodiesterase I, nucleotide diphosphatase

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糖 , 4種, 7分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 28分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-TZS / N-{[1-(6,7-dimethoxy-5,8-dihydroquinazolin-4-yl)piperidin-4-yl]methyl}sulfuric diamide


分子量: 383.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.23 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 7.5 mg/mL protein against 19-22% PEG4000, 240-270 mM trilithium/triammonium/tripotassium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953736 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953736 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.322 Å / Num. obs: 61713 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4478 / CC1/2: 0.569 / Rpim(I) all: 0.74

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6WET

6wet


解像度: 2.9→47.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 16.889 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.897 / ESU R Free: 0.353 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 3122 5.066 %
Rwork0.2112 58507 -
all0.213 --
obs-61629 99.893 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 62.639 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.945 Å20 Å2-0 Å2
2--4.251 Å2-0 Å2
3----6.196 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12734 0 278 20 13032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01313438
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.66918315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2331.5927497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg20.7165.4731679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62622.589649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.288152051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg3.466153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1021564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022804
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.22459
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.210925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.26382
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.25966
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0150.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1570.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2080.22
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0710.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4366.7736455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4366.7726454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0410.158060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.03910.1518061
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3817.016983
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3467.0086973
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.01310.41610255
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.00810.41410244
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.852124.96254922
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.849124.96854918
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0950.0524808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.9750.3412010.3514276X-RAY DIFFRACTION99.7771
2.975-3.0570.3562280.3234169X-RAY DIFFRACTION99.841
3.057-3.1450.3532360.3094023X-RAY DIFFRACTION100
3.145-3.2420.2972060.2793932X-RAY DIFFRACTION99.8793
3.242-3.3480.282280.2553771X-RAY DIFFRACTION99.925
3.348-3.4660.291830.2453737X-RAY DIFFRACTION99.8981
3.466-3.5970.2341800.2193600X-RAY DIFFRACTION99.9736
3.597-3.7430.231980.2093427X-RAY DIFFRACTION99.6975
3.743-3.910.2171860.1893294X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.10.2211650.1843190X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.3220.2041590.1643017X-RAY DIFFRACTION100
4.322-4.5840.2141590.1482853X-RAY DIFFRACTION100
4.584-4.90.1931520.1362669X-RAY DIFFRACTION100
4.9-5.2910.2091310.162538X-RAY DIFFRACTION100
5.291-5.7950.2391110.1782342X-RAY DIFFRACTION100
5.795-6.4780.2191050.1922130X-RAY DIFFRACTION100
6.478-7.4770.274980.1951912X-RAY DIFFRACTION100
7.477-9.1490.263830.1841620X-RAY DIFFRACTION100
9.149-12.9050.219710.1981264X-RAY DIFFRACTION100
12.905-47.280.475420.372743X-RAY DIFFRACTION96.9136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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