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- PDB-1lwt: Crystal structure of the intein homing endonuclease PI-SceI bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lwt
タイトルCrystal structure of the intein homing endonuclease PI-SceI bound to its substrate DNA (Ca2+ free)
要素
  • ENDONUCLEASE PI-SCEI
  • PI-SceI DNA substrate bottom strand
  • PI-SceI DNA substrate top strand
キーワードHYDROLASE/DNA / HOMING ENDONUCLEASE / PROTEIN-DNA COMPLEX / INTEIN / ENDONUCLEASE / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / endosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / intron homing ...Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / endosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / intron homing / intein-mediated protein splicing / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / Golgi membrane / mRNA binding / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Homing endonuclease PI-Sce / Homing endonuclease / Hom-end-associated Hint / Hom_end-associated Hint / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Intein / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Intein DOD homing endonuclease ...Homing endonuclease PI-Sce / Homing endonuclease / Hom-end-associated Hint / Hom_end-associated Hint / Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Intein / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Homing endonuclease / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / Hint domain superfamily / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Beta Complex / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / V-type proton ATPase catalytic subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Moure, C.M. / Gimble, F.S. / Quiocho, F.A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the intein homing endonuclease PI-SceI bound to its recognition sequence.
著者: Moure, C.M. / Gimble, F.S. / Quiocho, F.A.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of PI-SceI, a homing endonuclease with protein splicing activity
著者: Duan, X. / Gimble, F.S. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2002年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: PI-SceI DNA substrate top strand
C: PI-SceI DNA substrate bottom strand
A: ENDONUCLEASE PI-SCEI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1513
ポリマ－74,1513
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.200, 87.400, 214.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 PI-SceI DNA substrate top strand


分子量: 11599.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 PI-SceI DNA substrate bottom strand


分子量: 11172.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 ENDONUCLEASE PI-SCEI / PI-SceI / VMA-derived endonuclease / VDE / SCE VMA intein


分子量: 51379.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VMA1 / プラスミド: PT7PI-SCEI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 (DE3)
参照: UniProt: P17255, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: PEG 3550, na citrate, ammonium acetate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 355011
2na citrate11
3ammonium acetate11
4na citrate12
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlprotein1drop
220 %(w/v)PEG33501reservoir
30.2 M1reservoir
42.5 %(w/v)sucrose1reservoir
50.1 Msodium citrate1reservoirpH5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 12363 / Num. obs: 12363 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.193 / Num. unique all: 999 / Rsym value: 0.193 / % possible all: 69.8
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 117632 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69.9 % / Rmerge(I) obs: 0.193

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LWS

1lws


解像度: 3.2→24.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 546 4.5 %RANDOM
Rwork0.242 ---
all0.248 11779 --
obs-11597 82.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.18428 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.535 Å2-25.273 Å215.737 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.53 Å / Luzzati sigma a free: 0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→24.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3539 1511 0 15 5065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.591.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.792.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.4 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 54 4.1 %
Rwork0.301 1639 -
obs--71.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.248 / Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.712
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.24
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.353 / Rfactor Rwork: 0.301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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