PDB-6wem: Crimson 0.9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wem

タイトル

Crimson 0.9

要素

mCrimson 0.9

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / engineered protein

生物種

Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Ataie, N. / Tran Tang, C. / Sens, A. / Lin, M.Z. / Chu, J. / Ng, H.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crimson 0.9
著者: Ataie, N. / Tran Tang, C. / Sens, A. / Lin, M.Z. / Chu, J.

履歴

登録	2020年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wem.cif.gz	334 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wem.ent.gz	272.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wem.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wem_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wem_full_validation.pdf.gz	467.5 KB	表示
XML形式データ	6wem_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	6wem_validation.cif.gz	49.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/6wem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/6wem	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ip2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3nt3-3 5yt1-2 3m24-3 3bxb-6 3nt9-2 3nt3-2 5yt1-3 3nt3-4 3svu-3 3u8c-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: mCrimson 0.9

B: mCrimson 0.9

C: mCrimson 0.9

D: mCrimson 0.9

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mCrimson 0.9

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: mCrimson 0.9

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: mCrimson 0.9

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: mCrimson 0.9

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.546, 90.046, 129.518
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	mCrimson 0.9 分子量: 25567.150 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris HCl pH 6.5, and 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→40 Å / Num. obs: 53213 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.05 % / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 12.12
反射シェル	解像度: 2.04→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 8162 / R_sym value: 0.874

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IP2

3ip2

解像度: 2.04→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 11.626 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.188 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	2710	5.095 %
R_work	0.191	-	-
obs	-	53190	99 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.873 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.494 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.379 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7128	0	0	203	7331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	7461
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.97	1.673	10081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.409	1.592	15823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.677	5	912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.443	23.137	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.823	15	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.162	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	910
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	8364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.287	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	3338
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.79	2.142	3627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.79	2.141	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.683	3.196	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.683	3.197	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.983	2.594	3834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.983	2.595	3835
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.767	3.723	5535
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.767	3.723	5535
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.04→2.1 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	164	-
R_work	0.284	3346	-
obs	-	-	89.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.013	-0.1589	0.3065	1.2242	-0.3262	1.0197	0.0399	0.1093	0.0295	-0.0998	-0.0846	-0.1224	-0.0263	0.1434	0.0446	0.1312	0.019	0.008	0.0369	0.0388	0.104	58.4372	11.4971	34.7945
2	1.4164	-0.0832	-0.1575	0.6883	-0.1297	1.2579	-0.0688	-0.0769	0.0014	0.0606	0.0447	0.0773	0.1	-0.0016	0.0241	0.1614	0.0011	-0.027	0.0073	0.0117	0.0861	55.1668	0.1228	62.6497
3	1.6921	0.2932	0.0845	1.1385	0.3147	1.1473	-0.0133	-0.3054	0.0048	0.165	0.0039	0.0596	0.0648	-0.1249	0.0094	0.155	0.0246	0.0112	0.0846	0.0069	0.0099	23.3167	1.2252	60.1084
4	1.3043	-0.0735	-0.2599	1.2452	0.3981	1.0925	0.0439	0.0845	0.0694	-0.2125	-0.0183	0.0606	-0.1011	-0.0894	-0.0256	0.1555	0.0147	-0.0048	0.0119	0.001	0.049	27.0257	7.2036	30.4416

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 232
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	7 - 232
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	7 - 231
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	8 - 231

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)